平菇播種後至出菇前稱為發菌期。此段時期的技術管理程度如何，是決定平菇菌絲體能否在培養料中正常生長髮育，今後能否獲得平菇優質高產的關鍵時期。因此，加強平菇發菌期的管理至關重要。筆者在調查中發現，很多平菇生產者認為平菇易種，管理粗放，播種之後往往忽視了發菌期的科學管理，掉以輕心，從而導致了平菇的減產欠收，嚴重者失敗絕收。為了幫助廣大生產者正確掌握平菇發菌期的技術管理，現將秋栽平菇發菌期的技術管理要點淺述如下：
發菌期的管理歸納起來即為溫度、溼度和空氣的管理。
一、發菌期溫度的調控方法及原則。平菇生產中分有塑料袋栽培和畦床栽培兩種方式。無論哪種栽培方式，播種後自然溫度最好控制在28℃以內，料溫一定要控制在30℃以內。袋栽調控方法是增減碼袋層數，自然溫度在25℃以上時，菌袋最好呈“#”字形堆碼2—3層，並且每袋均應間隔2—3cm，以利通氣散熱。畦床栽培的在鋪料播種時，料床中間應縱向留一條寬20cm的通氣溝。播種後要控好光照，特別是陽光直射。溫度高時加蓋草簾，並向草簾上淋冷水降溫。遇到料溫持續上升不降，可將通氣溝上方薄膜升高20cm，加快膜內空氣循環流通，降低料溫。
平菇菌絲在生長髮育過程中會產生大量的新陳代謝活動，加上多種微生物也在料中生存繁殖，新陳代謝也很旺盛，將不斷產生呼吸熱，導致料溫逐步上升，正常情況下料溫要高出室溫2—3℃，如果忽視了管理，出現了異常情況，料溫會高出10多度。因此，袋栽平菇一定要勤檢查，一旦發現料溫升高，就應及時翻袋調堆，加強通風換氣。否則，一旦料溫超過極限溫度，就會灼傷菌絲，生活力下降，便會引起大量的青黴、木黴、毛黴、黃麴黴、鏈孢黴和鬼傘類等雜菌的危害，從而導致生產失敗。
二、水分管理。菌絲生長期一般不要直接向料面噴水，如果未長滿菌絲的培養料突遇生水，也會導致大量的雜菌汙染。其次是空氣溼度，發菌期培養室內及栽培場所的空氣相對溼度應控制在70％—75％左右。溼度太高，易引起雜菌、蟲害；溼度偏低，料內水分蒸發過快，使培養料含水量下降，均會影響菌絲的生長。因此，袋栽平菇袋口應封好，溼度太高時加強通風換氣；畦床栽培的，發菌期只要不出現高溫現象，料面覆膜一般不宜隨意揭開，以封閉式發菌較為安全。
三、通風管理。平菇是好氣性菌類。在新陳代謝過程中，不斷吸收氧氣，放出二氧化碳，使培養料內部和表面附近空氣中二氧化碳濃度逐漸增高。當二氧化碳比重增加到佔空氣的1％時，對平菇的生長和發育就有顯著的抑制作用。菌絲生長速度明顯下降和受阻。所以保持栽培場地的空氣新鮮是促進其正常生長的重要條件。管理上發菌前期因菌絲量少可少通風，中後期隨著菌絲量的增多則應多通風；高溫天氣早晚和夜間通風，溫度低則改為中午前後通風；陰雨高溼天氣應全天通風。實際生產中一定要根據不同的環境條件靈活掌握，既要滿足菌絲生長髮育時對氧氣的有效需求，又要不引起小環境的劇烈變化。
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