近代中國海軍的起源可以追溯到李鴻章協助曾國藩同太平軍作戰時期。那時他成為熟悉軍事的專家，並且認識到擁有一支海軍的重要性。及至1862年春，他奉命馳援江蘇，同太平軍作戰，才開始認識到歐洲海軍的挑戰。他率領淮軍及淮揚水師乘所僱英國輪船從安慶沿江抵達上海。
接著同英國和法國在上海的軍隊協同作戰，並且得到常勝軍的幫助。他對於西方大炮的精純，子彈的細巧，西式操練的雄整，印象非常深刻。他深感中國在軍事能力方面遠遠遜於西方大國。他決心向其他國家學習，他誡諭部屬“虛心忍辱，學得西人一而秘法”。
他曾勸曾國藩仿效日本和俄國，“卑禮下人，求得英法秘巧，……中土若於此加意，百年之後，長可自立”。他清楚地認識到中國為兇惡的敵人環伺，國家處於危急之中。他深感中國正面臨“三千年一大變局”。發展海軍是李鴻章對外關係和自強政策最優先考慮的重點。
鴉片戰爭後形勢突變，大海失去了以往寧靜和平的面貌，西方列強從東南沿海競相湧來。東南邊疆門戶洞開，海防的重要性日益突出。早在鴉片戰爭前，以“遇事敢言”著稱於世的鴻臚寺卿黃爵滋向朝廷提出：清朝水師成員都為老弱病殘，兵器殘缺不全，甚至戰船都用舊釘子和薄模板釘成，這樣的水師怎能拱衛大清國門?
鴉片戰爭後，李鴻章為首的一些大臣更是呼籲大力加強海防建設。李鴻章在奏摺中言辭懇切地說：東南海疆長達萬里，現在外人通商傳教來往自如，甚至內地各省和京師都集中不少洋人，他們表面是友誼的和平使者，實則陽奉陰違、笑裡藏刀。且西洋輪船電報一瞬千里，軍火器械工力百倍，均為幾千年未有之變局。我們再拿傳統制夷謀略應付，顯然行不通。
曾國藩是提出建設新式海軍的第一人。鎮壓太平天國過程中，湘軍水師的實力遠遠超過太平天國水營，加之有外國兵輪“助剿”，曾國藩深感到水軍強大之重要。曾國藩非常清楚，舊式水師對國內叛亂尚可應付，然對境外強敵則無異於以卵擊石。曾國藩向朝廷建議，如今中國已開設幾家造船廠，等船造好後不妨仿照西方兵法建設一支新式海軍。
1862年，曾國藩趁海關稅務司英人李泰國回國休假時，託他代為購置軍艦。李泰國滿口答應。回國後為中國挑選了七艘船艦。後來李泰國竟擅自作主，任命英海軍上校阿思本為中國艦隊司令，並私籤合同，宣稱這支艦隊只接受英國皇帝指揮，有選擇地接受中國皇帝指揮。
李泰國天真而愚蠢的想法隨即遭到清政府的嚴詞拒絕。李鴻章總理衙門寫信道：“要使這批船成為中國自己的船隻，不能變成李泰國霸佔的船，中國才不至於在危急的時刻無所依靠而驚慌失措。”最後，清政府除買船花費外，又白白損失90萬兩白銀，將所購船隻全部轉手賣與他國。這就是近代史上著名的“阿思本事件”。此後十餘年間，無人再敢提及籌建海軍。
1870年，李鴻章署任直隸總督，決心加強海防。李鴻章好友丁日昌向他建議：當今最具威脅的國家乃是一直為國人不齒的日本。日本目前雖亦被美國敲開大門，但大有忍辱負重、臥薪嚐膽之勢，遲早會成為中國的大敵!但門外有虎有狼，我們不能只是不時扔一塊肉出去，以求它們暫時不餓，而應習套狼之法、造打虎之器。
學辦法和造武器的前提是說服清廷捨得出錢。其實所有問題都集中於一個“變”字，改變舊思想以看清新形勢，改變舊辦法以引進新技術，改變舊內容以注入新活力，改變舊的落後捱打局面以自強新世界。丁日昌提出根據中國海疆自然條件，應建北、東、南三洋海軍。
北洋駐天津，東洋駐吳淞，南洋駐南澳，一旦危急，三洋即可聯成一氣。丁日昌的方案令李鴻章拍案叫絕，然清政府認為此方案還“存在制度上的嚴重缺陷”，並未重視這項提案。1870年代後，國內的太平天國運動剛剛平滅，域外強敵就來騷擾，日本在東南海疆屢屢作亂，沙俄則對西北內陸虎視眈眈。
19世紀70年代，沙俄趁新疆內亂之機出兵侵佔伊犁，日本則派兵侵入臺灣。清政府左右為難：海、塞防兼顧，兩面出兵應敵，保住西北、安定東南，自然上策，可清廷根本不具備應敵的兵力和財力;若二者不能兼顧，則最好捨車保帥以保一方，但哪個是刻不容緩，哪個又能暫時放棄?
李鴻章這時挺身而出，主張以海防作為經營重點：伊犁已被俄國所佔，短時期內收復決非易事，且以目前軍力收復西北實為力不從心，不如令西征諸軍嚴守邊境，同時在前線屯兵耕種，積蓄力量。節省軍餉應全部用於東南海防。湖南巡撫王文韶則堅決反對。
他認為，天下事分兩種，一種是重要之事，即“本”，另一種是次要之事，即“末”。重要之事又分兩種：一是重中之重，刻不容緩;另一種是雖重要卻非目前必須。關於海、塞防問題，西北塞防是本中之本。只要俄國人不能逞志於西北，西方各國必不致挑釁於西南。
這時，同治帝為八大胡同的風流一夜獻出年輕的生命，臉上帶著楊梅大瘡和對清朝的無限擔心永遠離開了人世。生母慈禧顧不得為自己青年喪夫、中年喪子苦命而悲哀，用最快速度選定一個“合適”的皇位繼承人。光緒帝甫一即位，中斷的海、塞防之爭又起。山西巡撫鮑源深上奏，陳明目前國家財力緊張，應停止西征、固守關塞。陝甘總督左宗棠馬上反對，認為停兵節餉與投降無異，非但隴西不保，甚至危急北路的科布多和烏里雅蘇臺。
大學士文祥亦支持左宗棠。海、塞防之爭不斷升級，總理衙門不久出臺處理決定：一、籌建海軍，加強海防，海防經費有限，難以籌措三洋海軍，先以北洋試點;二、陝甘總督左宗棠長期屯兵西北，政績卓著，是督辦新疆軍務的最佳人選;三、將海防籌餉作為第一要事，劃撥粵海關、潮州關等地四成洋稅和江、浙等省厘金，每年約四百萬兩白銀。中國第一支近代海軍誕生了!近代海、塞防之爭的焦點並不在於是否建立一支現代化的海軍，而在於當海陸危機同時出現時應丟卒保車還是二者兼顧。
海防主將李鴻章上折首先闡明海軍與陸軍之關係。中國陸地邊境遠遠多於海疆，陸軍乃立國根基。陸軍改良必須配備洋槍、炮隊。域外強敵多從海上進犯，因此必須訓練一支強大水師。李鴻章提出了自己的海防法寶，一為“守定不動之法”，二是“挪移泛應之法”。關於海軍經費，李鴻章認為只要分配合理，統一籌劃，用有限的錢辦有效的事依然可行。
李鴻章再次強調海防之重要性。他認為，新疆完全可用招撫之法和平解決，即使一時不能解決也不要緊，如同人失去了一隻手，雖痛苦卻無大礙;然海防問題如不能解決，國家則面臨顛覆的危險，如同人生了心臟病，不得一刻拖延。
清政府本擬委派李鴻章、沈葆楨二人會同辦理海防事務，李鴻章負責北洋，沈葆楨負責南洋，這樣既接近丁日昌的方案，又可限制李鴻章，不致海軍大權集中於其一人手中。然沈葆楨不久離任南洋大臣，機遇與挑戰再次眷顧了李鴻章。為早日同國際接軌，李鴻章奏請將清朝的三角龍旗改為三尺寬四尺長的長形國旗。不久，北洋海軍軍艦上飄揚起莊重大方的長形國旗。
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