例：A房地產公司為一般納稅人，2016年4月30日前以10000萬元獲得某地塊土地使用權，2018年評估後以20000萬元作為出資成立子公司B公司（同樣為房地產企業及一般納稅人）。問：A公司如何繳稅開票？B公司如何進項扣除？
以土地使用權作價出資入股，實質是以土地使用權獲得被投資企業的股權，屬於財稅〔2016〕36號文第十條有償轉讓土地使用權，應繳增值稅。
根據《關於進一步明確全面推開營改增試點有關勞務派遣服務、收費公路通行費抵扣等政策的通知 》（財稅〔2016〕47號）第三條規定，納稅人轉讓2016年4月30日前取得的土地使用權，可以選擇適用簡易計稅方法，以取得的全部價款和價外費用減去取得該土地使用權的原價後的餘額為銷售額，按照5%的徵收率計算繳納增值稅。
即轉讓4月30日前取得的土地使用權，A公司可選擇適用簡易計稅方法差額扣除，應繳增值稅=（全部價款和價外費用－土地使用權的原價）÷（1+5%）× 5%。=（20000-10000）÷（1+5%）×5%=476.20萬元。
這個問題不難，因為有明確的稅法規定。
有爭議的是A公司如何開票，是按差額開票還是全額開票？
B公司如何進項抵扣，是按A公司差額納稅476.20萬元進項扣除，還是按全額開票全額扣除，按20000÷（1+5%）×5%=952.38萬元進項扣除？
我的認為是A公司應該全額開票，進項發票952.38萬，子公司B公司按全額952.38萬作進項扣除，而不是A公司差額納稅的476.20萬。依據如下：
1．根據《國家稅務總局關於全面推開營業稅改徵增值稅試點有關稅收徵收管理事項的公告》（國家稅務總局公告2016年第23號）第四條中 “四、增值稅發票開具”規定，按照現行政策規定適用差額徵稅辦法繳納增值稅，且不得全額開具增值稅發票的（財政部、稅務總局另有規定的除外），納稅人自行開具或者稅務機關代開增值稅發票時，通過新系統中差額徵稅開票功能，錄入含稅銷售額（或含稅評估額）和扣除額，系統自動計算稅額和不含稅金額，備註欄自動打印“差額徵稅”字樣，發票開具不應與其他應稅行為混開。
根據以上政策，說明只有現行政策規定“適用差額徵稅辦法繳納增值稅，且不得全額開具增值稅發票的”，納稅人才能使用新系統中差額徵稅差額開票功能，除此之外，均不得使用“差額徵稅差額開票”功能，可以全額開票。納稅人自行開具或者稅務機關代開增值稅發票時，通過新系統中差額徵稅開票功能，目前僅“轉讓不動產”選擇適用簡易計稅方法計稅可使用該功能開具發票。
類似解答可見：
江西省國家稅務局全面推開營改增政策問題解答七
十四、轉讓2016年5月1日前購置的不動產能否使用差額徵稅開票功能？
答：根據《國家稅務總局關於全面推開營業稅改徵增值稅試點有關稅收徵收管理事項的公告》（國家稅務總局公告2016年第23號）第四條第（二）項規定，按照現行政策規定適用差額徵稅辦法繳納增值稅，且不得全額開具增值稅發票的（財政部、稅務總局另有規定的除外），納稅人自行開具或者稅務機關代開增值稅發票時，通過新系統中差額徵稅開票功能，錄入含稅銷售額（或含稅評估額）和扣除額，系統自動計算稅額和不含稅金額，備註欄自動打印“差額徵稅”字樣，發票開具不應與其他應稅行為混開。
銷售不動產（不含自建）選擇簡易徵收，以取得的全部價款和價外費用減去該不動產購置原價或者取得不動產時的作價後的餘額為銷售額，應當全額開具增值稅發票，不使用差額徵稅開票功能開票。
河北省國家稅務局 關於全面推開營改增有關政策問題的解答(之二)
二、關於適用一般計稅方法的房地產開發企業增值稅專用發票開具及申報問題
《國家稅務總局關於全面推開營業稅改徵增值稅試點有關稅收徵收管理事項的公告》（國家稅務總局公告2016年第23號）第四條第（二）款規定：“按照現行政策規定適用差額徵稅辦法繳納增值稅，且不得全額開具增值稅發票的（財政部、國家稅務總局另有規定的除外），納稅人自行開具或者稅務機關代開增值稅專用發票時，通過新系統中差額徵稅開票功能開具增值稅發票。”
由此可見，只有財政部、國家稅務總局明確規定“適用差額徵稅辦法繳納增值稅，且不得全額開具增值稅發票的”，才需要通過新系統差額徵稅開票功能開具增值稅發票。現行政策，對於房地產開發企業銷售額中扣除土地價款，未規定不得全額開具增值稅發票。因此適用一般計稅方法的增值稅一般納稅人，可以全額開具增值稅專用發票。
例如：A房地產公司將一棟樓價稅合計1000萬元銷售給M公司，並開具增值稅專用發票，經過計算這棟樓對應的土地成本為300萬元。第一步，計算銷項稅額。銷項稅額等於1000÷（1+11%）×11%=99.1萬元；第二步，計算銷售額。銷售額等於1000-99.1=900.9萬元；第三步，按照上述銷售額和銷項稅額的數據開具增值稅專用發票。M公司取得增值稅專用發票後，可以抵扣進項稅額99.1萬元；第四步，在《增值稅納稅申報表附列資料（一）》第14列“銷項（應納）稅額”，填報（1000-300）÷（1+11%）×11%=69.37萬元；第五步，A公司在《增值稅申報表》主表第1行“按適用稅率計稅銷售額”中，填報銷售額900.9萬元，並將《增值稅納稅申報表附列資料（一）》第14列“銷項（應納）稅額”69.37萬元，填報在《增值稅納稅申報表》主表第11行“銷項稅額”欄次中。
2．另一方面，按照增值稅“差額徵稅全額開票”原理，上家按差額徵稅，全額開票給下家，下一家繼續按差額徵稅，全額開票給下下家，下下家才能全額進項抵扣，直到客戶這一最終環節。
根據這個原理，下家房地產企業可進項抵扣總額，應是所有上游企業差額納稅合計，只有在收到全額髮票的情況下，方能作全額進項扣除。（這裡房地產企業土地價款，應視同虛擬進項發票）。
這裡，可以比照上例，“河北省國家稅務局 關於全面推開營改增有關政策問題的解答(之二)”所舉案例，來形象理解。
類似解答可見：
江西國稅關於全面推開營改增試點政策問題解答(八）
十一、納稅人轉讓2016年4月30日前取得的土地使用權選擇差額徵稅後，是否可以全額開具增值稅專用發票？
答：根據《財政部 國家稅務總局 關於進一步明確全面推開營改增試點有關勞務派遣服務、收費公路通行費抵扣等政策的通知》（財稅〔2016〕47號）第三條第（二）項規定，納稅人轉讓2016年4月30日前取得的土地使用權，可以選擇適用簡易計稅方法，以取得的全部價款和價外費用減去取得該土地使用權的原價後的餘額為銷售額，按照5%的徵收率計算繳納增值稅。
納稅人轉讓土地使用權按規定選擇差額納稅，現行政策未規定差額部分不得開具增值稅專用發票，因此可按取得的全部價款和價外費用開具增值稅專用發票。
因此房地產企業以營改增前獲得某地塊土地使用權投資設立子公司，選擇簡易計稅方法，應按全額開票給子公司，申報時作差額申報納稅。子公司作全額進項扣除。
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