戊戌變法事敗之後，慈禧屠殺新黨的同時，已經決定廢掉光緒，並立端郡王載漪的次子溥儁為大阿哥（皇儲）。慈禧最終沒有實現這個既定的廢立，而軟禁光緒之後，對外謊稱皇帝有病。名義上光緒繼續坐在皇帝位子上，這個結果不是慈禧所願，但又不得不為，其中有著極其複雜的原因。
光緒皇帝
主要原因是朝廷內部的分歧，特別是慈禧的寵臣也不支持。一方面，包括榮祿在內的一部分大臣，並不贊成廢掉光緒而另立新主。當時，慈禧最信任的就是榮祿和載漪，榮祿反對廢立，甚至傳言“不必重視北京的諭旨”。對此，慈禧雖然很不高興，甚至對榮祿有了反感，但也不能不有所忌憚。畢竟她所賴以訓政的兩個支柱有一根不力，將動搖她的權威地位，而且會對她繼續親政有所掣肘。
慈禧太后
另一方面，東南各省督撫已與英美帝國主義達成“東南互保”協議，兩江總督劉坤一、湖廣總督張之洞與列強合作產生了連鎖反應，兩廣總督李鴻章、閩浙總督許應騤、四川總督奎俊、鐵路大臣盛宣懷、山東巡撫袁世凱，紛紛攜手各參戰國，實施互不侵擾的“東南互保”。湖廣總督張之洞宣稱：“坐擁東南，死不奉詔”，甚至提出一個駭人聽聞的號召：一旦北京不保，共同推舉李鴻章出任中國“總統”，以主持大局。此即所謂“李鴻章大總統”方案。
榮祿
再者，以英國為代表的列強勢力，一向對光緒示好，支持帝黨維新，公開反對慈禧親政。一方面，光緒親向西方，所謂維新，就是效仿西方，學習西方，實行資產階級改革，這完全符合西方列強的政治利益。另一方面，國民認可光緒而牴觸慈禧，廢掉光緒可能引發政局動盪和社會動亂，從根本上毀掉西方列強的既得權益，直接導致經濟上的重大損失。西方列強傾向光緒雖遭慈禧憤怒，但列強的態度影響甚至左右了朝廷上下相當一部分大員們的政治選擇，對慈禧來說乃是最大的心理壓力。
名不正，言不順。慈禧廢光緒而另立新主，不合禮儀法統，難服天下人心！這是促使慈禧最終對光緒只囚不廢的根本原因。
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