戊戌变法事败之后，慈禧屠杀新党的同时，已经决定废掉光绪，并立端郡王载漪的次子溥儁为大阿哥（皇储）。慈禧最终没有实现这个既定的废立，而软禁光绪之后，对外谎称皇帝有病。名义上光绪继续坐在皇帝位子上，这个结果不是慈禧所愿，但又不得不为，其中有着极其复杂的原因。
光绪皇帝
主要原因是朝廷内部的分歧，特别是慈禧的宠臣也不支持。一方面，包括荣禄在内的一部分大臣，并不赞成废掉光绪而另立新主。当时，慈禧最信任的就是荣禄和载漪，荣禄反对废立，甚至传言“不必重视北京的谕旨”。对此，慈禧虽然很不高兴，甚至对荣禄有了反感，但也不能不有所忌惮。毕竟她所赖以训政的两个支柱有一根不力，将动摇她的权威地位，而且会对她继续亲政有所掣肘。
慈禧太后
另一方面，东南各省督抚已与英美帝国主义达成“东南互保”协议，两江总督刘坤一、湖广总督张之洞与列强合作产生了连锁反应，两广总督李鸿章、闽浙总督许应骙、四川总督奎俊、铁路大臣盛宣怀、山东巡抚袁世凯，纷纷携手各参战国，实施互不侵扰的“东南互保”。湖广总督张之洞宣称：“坐拥东南，死不奉诏”，甚至提出一个骇人听闻的号召：一旦北京不保，共同推举李鸿章出任中国“总统”，以主持大局。此即所谓“李鸿章大总统”方案。
荣禄
再者，以英国为代表的列强势力，一向对光绪示好，支持帝党维新，公开反对慈禧亲政。一方面，光绪亲向西方，所谓维新，就是效仿西方，学习西方，实行资产阶级改革，这完全符合西方列强的政治利益。另一方面，国民认可光绪而抵触慈禧，废掉光绪可能引发政局动荡和社会动乱，从根本上毁掉西方列强的既得权益，直接导致经济上的重大损失。西方列强倾向光绪虽遭慈禧愤怒，但列强的态度影响甚至左右了朝廷上下相当一部分大员们的政治选择，对慈禧来说乃是最大的心理压力。
名不正，言不顺。慈禧废光绪而另立新主，不合礼仪法统，难服天下人心！这是促使慈禧最终对光绪只囚不废的根本原因。
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