一、小產權房買賣合同效力問題。
1、本集體組織成員之間買賣小產權房一般認定合同有效。
2、本集體與他集體組織成員之間買賣小產權房一般認定合同無效。
3、集體組織成員與城鎮居民之間買賣小產權房一般認定合同無效。例外情形：城鎮居民在簽訂小產權房買賣合同後取得了該集體組織戶口並經相關部門批准，該房屋買賣合同一般認定有效。
二、小產權房買賣合同被認定無效之後的如何處理。
（1）《中華人民共和國合同法》第五十八條規定：合同無效或者被撤銷後，因該合同取得的財產，應當予以返還；不能返還或者沒有必要返還的，應當折價補償。有過錯的一方應當賠償對方因此所受到的損失，雙方都有過錯的，應當各自承擔相應的責任。（2）《關於農村私有房屋買賣合同的效力認定及案件的處理原則問題》中明確：合同無效的原因方面，出賣人負有主要責任，買受人負有次要責任；在合同無效的處理上，應全面考慮出賣人因土地升值或拆遷、補償所獲利益，以及買受人因房屋現值和原買賣價格的差異造成損失兩方面因素，平衡買賣雙方的利益，避免認定合同無效給當事人造成利益失衡。（3）《當前民事審判中需要注意的幾個法律適用問題》中也明確：在確定賠償買受人損失時，如訴爭房屋之後已處於拆遷程序之中，房屋重置和區位補償價格可參照拆遷程序中的評估結果予以確定；如尚未進入拆遷程序，可通過委託鑑定的方式確定房屋重置和區位補償價格。
上海地區對小產權房糾紛特別規定：
（1）對於發生在本鄉鎮範圍內的農村經濟組織成員之間的農村房屋買賣，該房屋買賣合同認定為有效；（2）對於將房屋出售給本鄉鎮以外的人員，如果取得有關組織和部門的批准，可以認定合同有效；（3）對於將房屋出售給本鄉鎮以外的人員，未經有關組織和部門批准的,如果合同尚未實際履行或者購房人尚未實際居住，使用該房屋的，該合同應做無效處理；（4）對於將房屋出售給本鄉鎮以外的人員，未經有關組織和部門批准，如果合同現實際履行完畢，且購房人已實際居住，使用該房屋的，對合同的效力暫不表態，承認購房人對房屋的現狀以及繼續佔有，居住使用該房屋的權利。
三、小產權房未辦理抵押登記時不被法院支持。
四、離婚時對小產權房處理問題。
1、對自建或購買本集體的小產權房法院會做出使用權裁定。
2、對購買非本集體的小產權房法院通常不做處理或尊重夫妻協定。
3、離婚時未取得小產權房權證的法院通常不做處理。
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