雖然住房和城鄉建設委員會對建設工程提供了一些合同簽訂的參照模板，但是在實踐中仍有很多簽訂的建設工程合同存在隨意性和任意性，致使在實際履行過程中糾紛不斷，給發包方、承包方、施工方等各方帶來了很大的困惑。下面主要談談建設工程合同不規範的表現及其弊端。
一是合同的訂立存在隨意性。我國合同法明確規定，建設工程合同應當採用書面形式 ，由此可見簽訂書面形式的合同書，是建設工程合同成立與否的一個先決條件。但從實踐層面和司法層面涉及的建設工程合同糾紛來看，很多糾紛是無合同施工的案件，這個比例大概在20%-30%之間，即便部分當事人雖然簽訂了合同，但卻未能在合同履行過程中，對變更事項作書面的記載，以致發生因約定不明，而對變更後的施工行為產生糾紛的情況。對於未簽訂書面合同的建設工程，雙方均認可只有口頭約定，但隨著時間的推移，當事人對約定的內容不能形成一致，這就為雙方產生矛盾或者糾紛奠定了不好的基礎，而且不利於法院及時準確地查明案件事實。甚至在部分建設工程糾紛中，當事人在事先未達成一致情況下就草率施工，工程動工之時就是糾紛發生之時，致使事實無法正常、準確的還原，導致雙方矛盾很尖銳激化。
二是書面合同的內容具有任意性，普遍存在約定不明、用語不規範等瑕疵。其中對質量問題的約定不明現象尤為普遍，部分當事人未認識到質量對於建設工程的重要性，或是未約定質量問題，或是未約定出現質量問題後的處理方式等。從司法實踐反映的情況來看，較為普遍的做法是扣留部分工程款做為質量保證金，但由於未約定提出質量問題的期限、出現質量問題如何賠償等事項，容易因被扣質量保證金的給付問題產生糾紛，發包方認為工程存在質量問題而拒付該款，承包方則認為發包方是在為拖延付款找藉口，實際上當事人更加關心的是做為該筆工程款的給付，而並非工程本身的質量。這樣，本因是雙方糾紛爭執焦點的質量問題，在一定程度上卻成為了各方圍繞工程款給付問題展開討價還價的籌碼，給法院準確查明案件事實帶來了一定的難度，也嚴重影響了各方當事人的各項工程的進展。
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