根據《中華人民共和國土地增值稅暫行條例》及實施細則相關規定：

轉讓國有土地使用權、地上的建築物及其附著物並取得收入的單位和個人，為土地增值稅的納稅義務人，應當依照本條例繳納土地增值稅。

轉讓國有土地使用權、地上的建築物及其附著物並取得收入，是指以出售或者其他方式有償轉讓房地產的行為，納稅人轉讓房地產所取得的收入，包括貨幣收入、實物收入和其他收入。

那麼，房地產開發企業土地增值稅清算時，出現以下三種情形該如何確認土地增值稅收入呢？

情形一、全額開具商品房銷售發票

案例1 某房地產有限公司銷售給甲公司一棟商用辦公樓，合同總金額1200萬元（不含稅），發票開具不含稅金額也是1200萬元，但甲公司尚有100萬元的購房款一直未支付。那麼在進行土地增值稅清算時，該房地產公司收入額應按多少確認？

根據《國家稅務總局關於土地增值稅清算有關問題的通知》（國稅函〔2010〕220號）規定：

土地增值稅清算時，已全額開具商品房銷售發票的，按照發票所載金額確認收入。

該房地產公司銷售的商品房雖然未全額收到購房款，但因按全額開具了商品房發票，因此應按照不含稅價格1200萬元確認土地增值稅收入。

情形二、未開具發票或未全額開具發票

案例2 某房地產有限公司銷售了兩套商品房，甲套商品房合同金額200萬元（不含稅），由於客戶只交了首付款30%，因此發票也只開了60萬元；乙套商品房合同金額150萬元（不含稅），客戶同樣只交了首付款30%，但該房地產公司尚未開具發票。那麼在進行土地增值稅清算時，針對甲、乙兩套商品房收入額應按多少確認？

根據 《國家稅務總局關於土地增值稅清算有關問題的通知》（國稅函〔2010〕220號）規定：

未開具發票或未全額開具發票的，以交易雙方簽訂的銷售合同所載的售房金額及其他收益確認收入。

因此，該房地產有限公司銷售的甲乙兩套商品房，合同總金額合計350萬元（不含稅），雖然客戶只交了首付款，房地產公司僅開具了部分發票，但在進行土地增值稅清算時，按上述規定，則應按照合同約定的總金額350萬元（不含稅）確認為土地增值稅收入。

情形三、銷售合同面積與實際測量面積不一致

案例3 某房地產開發有限公司與客戶簽訂商品房銷售合同，銷售合同所載商品房面積為120平方米，房屋達到交付條件後，經有關部門實際測量後發現面積為126平方米，針對該問題經與客戶協商後，客戶補繳了6萬元（不含稅）的購房款。那麼，針對客戶補繳的6萬元（不含稅）購房款在土地增值稅清算時收入額如何確認？

根據 《國家稅務總局關於土地增值稅清算有關問題的通知》（國稅函〔2010〕220號）規定：

銷售合同所載商品房面積與有關部門實際測量面積不一致，在清算前已發生補、退房款的，應在計算土地增值稅時予以調整。

因此，該房地產開發有限公司收到的客戶補繳的6萬元（不含稅）購房款，在土地增值稅清算時應予以調整。