我們前面已經說過，萊布尼茨的體系中顯露了一系列內在矛盾。這些矛盾之所以被遺留下來，一方面是因為萊布尼茨的思想總是有頭無尾，如果他能夠前後一致地發展他的思想，或許這些矛盾是可以消除的；另一方面是因為他奇特的折中立場，他一邊堅守著根深蒂固的宗教信仰，一邊又從自己的立場出發急切地沉湎於新的自然科學知識中而不能自拔。在這裡我們只想指出他的幾個矛盾之處。
關於空間，萊布尼茨一方面認為，世界只是由（無廣延）的單子及其觀念構成的，此外別無其他。倘若我們的感官認知所顯示的是，世界是一個在空間中具有廣延性的連續統一體，那也只是一種錯覺，因為事實是，它表面上是連續統一體，而實際上則是由點狀的單子組成的集合體。這是純粹的唯心主義，也就等於是否定了空間的現實性。但是另一方面，萊布尼茨又認為，有無數個單子在世界上並存。如此說來，那麼這些單子除了在空間中存在之外還能去哪裡呢？萊布尼茨思想的另一個矛盾在於，一方面，他宣揚前定和諧說，這也就是一種決定論，因為世界的發展歷程已經被上帝預先規定了；而另一方面，他又承認人的意志自由，如他的神正論所言。
在萊布尼茨的哲學觀和他的基督教信仰之間也存在著矛盾，他不僅堅守著這種信仰，而且針對像培爾那樣的懷疑論者，他還想利用自己的學說為基督教作辯護。萊布尼茨在他的神正論中指出，在上帝創世時，人的痛苦就已經預先註定了，因此，他反問道：我們如何知道人的幸福就是世界的唯一的和主要的目的呢？上帝的世界目的並不僅限於世界的一部分，而是擴及整個造化世界，並且這個世界目的也不應該僅僅為滿足這被造物的一部分而做出犧牲，不管它是多麼高級的造物！這與基督教的思想並不完全一致，在基督教那裡，上帝的神聖計劃恰恰就是拯救人類。總而言之，在萊布尼茨的思想體系裡，拯救的觀念並無立足之地。因為，如果上帝一開始就已經如此完美地創造了單子，以至於上帝的任何干預都不需要了，所以，和任何其他的“奇蹟”一樣，期望通過超自然的神恩的力量獲得拯救，這既是不可能的，也是多餘的，儘管萊布尼茨仍然斷言這種可能性的存在。
從一個更高的層面上調和這些矛盾並非不可能，決定論和自由之間的矛盾，空間的觀念性與現實性之間的矛盾，以及其他等等矛盾都在康德的著作中得以澄清了。如果從萊布尼茨的立場出發，這是根本不可能的事情。在我們今天看來，單子的概念（在古希臘哲學中就已出現，萊布尼茨只是換了一種說法），更像是一種與現實不相符的虛構，或者說是一種時代的產物，在那個時代，人們對物質的粒子結構以及生命體的細微構造還不甚瞭解。
我們不應該因為以上做出的批判而否定萊布尼茨基本思想的偉大以及它產生的巨大影響。萊布尼茨是個全才。他的偉大在於，他使看上去相互對立的東西能夠彼此協調一致起來，並能夠將其組合成一個整體。他的主要思想——他的體系也是以這些思想為基礎的，而且這些思想在萊布尼茨後繼者的哲學發展中也佔據著重要地位——可被總結如下：1.宇宙完全合乎理性的思想，亦即宇宙的邏輯規律性；2.個體在宇宙中的獨立的意義的思想；3.萬物完美和諧的思想；4.宇宙在數量上和質量上無限的思想；用機械論解釋自然的思想。
由於萊布尼茨沒有將他的思想組織成一個完整的體系，所以他也沒有遺留下一個哲學“學派”。要不是克里斯蒂安·沃爾夫（1679—1754）嘗試補做了萊布尼茨沒有做的事情，把他的思想放到一個體系裡，並使之廣為人知，那麼萊布尼茨思想在他死後立即就得以產生廣泛影響幾乎是不可能的事。沃爾夫在虔信派勢力的逼迫下放棄了大學的教席，後來又被腓特烈大帝召回普魯士（哈勒大學）。直到康德時期，“萊布尼茨—沃爾夫體系”一直在德國哲學中起主導作用。沃爾夫的功績還在於，他在用德語寫的著作中（他的其他著作都是用拉丁語寫成的）創造了一套哲學術語，此後的啟蒙運動時期的思想家們就採用了他的這些術語。
萊布尼茨從來都沒有公開執教過。有一個現象值得我們注意，這就是，從1571年（弗朗西斯·培根出生）至1750年（康德在哥尼斯堡作講師），沒有一個一流的哲學家曾經長期在大學執教過，這一時期的思想家們，要麼是世俗世界中的人，如培根或萊布尼茨，他們與王公貴族們交往甚密，要麼就像斯賓諾莎那樣離群索居。
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