在明朝崇禎在位的17年，經歷七次瘟疫。京城死於鼠疫的高達60%，曾有學者稱，明朝亡於鼠疫。據《明實錄》記載，明朝多發瘟疫，也是爆發瘟疫最多的朝代，瘟疫高發於春季和夏季。
崇禎6年，山西大疫，崇禎7、8年，鬧饑荒，俗話說“大災之後必有大疫”，果不其然突降瘟疫，疫情兇猛，一夜之間變空城。一直到10年，山西已經死了過半的人。
崇禎14年，連續乾旱4年鬧饑荒。古代社會防災能力差，一旦自然災害發生，百姓沒有東西可吃，有的就吃樹皮草根，有的餓死，有的逃荒，有的染上病菌。屍體沒有人處理，天氣一熱就病毒細菌滋生，鼠蟻蚊蟲到處傳播，瘟疫就此蔓延開來。
崇禎16年，明帝國大廈將傾。政治，軍事和經濟上的失敗，加上頻繁的自然災害，瘟疫，四月的時候，京城每天死亡的人數有萬人。八月，天津爆發肺鼠疫，十室九空，有的戶丁盡絕，死亡的速度相當快。十月底，京城死了20%的人口。瘟疫加大了明軍的戰鬥力。加上戰爭讓整個明帝國一起爆發裹足不前，深陷泥潭。農業歉收，內憂外患，整個明朝危機四伏，險象環生。
在明朝滅亡前的那幾年，複合式的災難頻頻爆發，災害引發了各地饑荒瘟疫，很多農民為了生存，不得已加入闖王大軍，開始大規模的人口遷徙。其中有一些感染的士兵帶到了別的地方。雖然軍隊之中有不少人感染瘟疫而死去，但是軍隊規模還是很大，就因為闖王一直流竄疫區。慢慢的就形成了物競天擇適者生存，形成了個別免疫。但也有人解釋說，之所以明朝的瘟疫沒對李自成有造成影響，是因為跳蚤怕馬身上的味道，顯然這個說法有點站不住腳。
大瘟疫使得京城內外，災疾流行，人民死者甚多，軍士將士減損20萬，李自成破關之前，大明其實已經搖搖欲墜，防衛軍完全不堪戰鬥，李自成才如此容易攻破京城。在京城人口密集，有皇族、官員、商販、百姓等等，加上京師屯兵，人口密集，空氣流通困難，病菌繁殖，當時的防疫能力很弱，也沒有現在抽水馬桶，只有旱廁之類，這樣增加了傳染的渠道。
瘟疫肆虐之下的明軍，“鳩形鵠面”充數而已，當時的馬也不幸被感染，三萬的戰馬只留下一千多匹。軍隊感染過半、臣子慵懶、官員腐敗、閹黨亂政、財政不支加速了風雨飄搖的大明王朝的衰亡。
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