行政賠償時點確定，需要綜合衡量我國國家賠償制度總體上呈現出填平補齊的定位，既要考慮土地違法行為發生的時間及背景，也要讓權利人的損失得到有效彌補和賠償，實現國家賠償制度目的和當事人權利保護的平衡。
行政賠償模式和標準，在一定程度上導致土地行政違法成本較低，不足以懲戒和制止土地違法行為，但立足於現行法律規定來看，讓受害人的權利得到有效恢復或補救，是我國行政賠償制度的鮮明特色，懲罰性賠償標準目前在我國行政賠償制度上還缺乏相應的法律支撐。
計算賠償標準需要注意區分不同屬性土地權利的價值。如果集體土地未經徵收由政府直接出讓乃至後續又經由市場拍賣等方式流轉，政府違反徵地程序給村集體組織造成的損害與土地性質轉為國有建設用地後的拍賣所得之間，並不具有對應性和等價性。未經徵地即轉化土地性質為國有並轉讓，侵害了村集體組織的徵地補償權利，而並非損害土地轉成國有建設用地後的土地出讓利益，而徵地補償標準具有法定性，並不是由拍賣或評估來決定的。
訴訟標的 是行政訴訟中審理和裁判的對象。行政賠償訴訟在行政訴訟制度框架中，一直居於獨特地位，訴訟標的差異就是重要方面。尤其是與撤銷訴訟相比，行政賠償訴訟屬於給付之訴，訴訟標的不再是行政行為的合法性和適當性，而是原告的賠償請求是否能夠成立或得到法院支持。《最高人民法院關於審理行政賠償案件若干問題的規定》第二十九條規定：人民法院審理行政賠償案件，就當事人之間的行政賠償爭議進行審理與裁判。賠償訴訟主要審理賠償爭議並就此作出裁判，賠償決定並非是行政賠償案件的訴訟標的，但是，並不意味著法院可以對行政機關作出的賠償決定視而不見，甚至完全拋開行政機關作出的賠償決定而逕行進行審查和裁判。這是因為，一方面，這種認識符合法律設置行政賠償訴訟程序的邏輯。國家賠償法第十四條第二款規定，賠償請求人對賠償的方式、項目、數額有異議的，可以向人民法院提起訴訟。這就是說，賠償請求人提起訴訟之前，行政機關已對其賠償請求作出了予以行政賠償的決定，如果當事人有異議，提起訴訟的事實和理由主要在於行政機關決定賠償的方式、項目和數額等方面。既然賠償請求人和行政機關都是圍繞行政賠償決定的相關內容進行訴辯，那麼人民法院即使是圍繞當事人之間的賠償爭議進行審理，行政賠償決定也是完全繞不過去的，甚至還是案件審理的重要參照系。另一方面，這種認識也符合行政權與審判權的分工規律。行政權與審判權的分工和各自效能最大化，是權力配置的基本遵循，對於專業性、政策性、技術性較強的領域，審判權要對行政權基於專業和職能的判斷和裁量給予必要的尊重，只有在行政裁量明顯不當的時候才予以糾正。對其他行政行為的合法性審查如此，對行政賠償訴訟亦應如此。土地行政賠償案件更具有特殊性，往往涉及許多歷史與現實、政策與法律相互交織的問題，對行政機關基於自身土地管理職能回應賠償請求人賠償請求作出的賠償決定，同樣需要法院在審理賠償案件時予以關注。當然，以行政賠償決定作為賠償訴訟審理的參照系，並不是說要按照撤銷訴訟的模式進行審理和裁判，人民法院經審理，如果賠償請求人對賠償決定範圍、項目和數額的異議都不成立，則可以判決駁回訴訟請求，如果賠償請求人的異議成立，則一般並不撤銷賠償決定，而是根據案件實際情況對賠償爭議作出裁判。
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