1.物流計劃管理
物流計劃管理是指在整個物流系統規劃的約束下，對物流過程中的每個環節都進行科學的計劃管理，具體體現在物流系統內各種計劃的編制、執行、修正及監督的全過程。
2.物流組織管理
物流組織管理是指在綜合考慮外界環境和自身條件的情況下，遵循分工協作、集權與分權相結合的原則，合理確定管理幅度和管理層次，構建電子商務物流管理的組織模式，制定崗位責任制及明確操作流程。
電子商務的發展使得產業界和理論界對物流管理重新認識，反映在物流組織機構上，就是從基層的個別活動管理上升到總體的物流系統管理，公司總部由此設立了專門管理物流活動的職能結構，主要有以下幾種組織形式：
（1）營業總部物流組織
將總部的物流機構重新歸併到電子商務專門銷售管理部門，把它視為電子商務公司的特有的職能部門，與計劃、財務、生產部門維持相對獨立性。
（2）物流項目組織
因電子商務而產生的物流採用第三方物流模式交給物流專業公司去完成，日常業務物流由物流部門完成，公司總部只在必要時組織項目班子解決與物流有關的重大事項，如第三方物流的招投標。
（3）物流子公司結構
將物流活動移交給專業物流公司去進行，總公司和物流公司的關係是母子公司，是控股與被控股的關係。這種模式即可獲得物流的“第三利潤”，又可使公司專心從事電子商務，但需要商務本身具有一定規模。
（4）儲運物流組織
這種模式是將過去物資儲運部門進行改組，由儲運部門負責電子商務物流的管理。儲運物流組織主要適合於一些大型多元化公司，其電子商務業務範圍僅僅限於與公司生產經營直接相關的物資供應和產品銷售，因而物流組織沿襲原有機構。
（5）產銷一體化組織
電子商務物流活動延伸到企業供產銷、人財物的各個領域，物流對應的組織就是形成產銷一體化組織，它不僅是一個部門，而且是物流部門之間形成的系統。這是電子商務發展到高級形態的適用模式。
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