1231年，窩闊臺在對金國發起全面進攻的同時，派撒禮塔出兵高麗。這是蒙古第一次入侵高麗。撒禮塔攻陷了高麗新鎮（義州）、鐵州（鐵山）等四十多座城池，高麗將領洪福源降蒙。
1232年正月，蒙古再次兵分兩路攻打高麗的龜州和靜州，高麗請和，蒙古留下七十二名達魯花赤和一些守備隊後撤兵。
1232年八月，撒禮塔在降將洪福源的配合下攻入高麗，佔王京南處仁城，被高麗僧金允候擊退。
1235年，窩闊臺命唐古拔都爾與洪福源出兵高麗。兩年的時間裡，席捲高麗半壁江山，但對於遷都在江華島的高麗王，卻始終無法給予致命一擊，在高麗王獻貢請和之下退兵。
1247年，因高麗拒絕納貢，又不肯遷都回陸上，貴由汗命阿母罕與洪福源攻佔威州平虜城。不久，因貴由去世，蒙古撤軍。
1252年十一月，蒙哥命也古為徵東元帥，與洪福源再徵高麗。雖然在陸上蒙古軍隊所向披靡，但七拼八湊出來的水師卻完敗於高麗大將李廣。
在忽必烈之前，蒙古一共發動了六次對高麗的戰爭，雖然一度佔據高麗的大半領土，但始終無法讓高麗徹底降服。高麗的對付蒙古的方法其實很簡單，他們拋棄陸上所有的城池與子民，任由蒙古擄掠與欺凌。縱橫於陸上的蒙古軍團，此時沒有任何的水師配備，高麗憑著實力超過蒙古的水師，死守江華島，以保王室不失。
而對於這片貧瘠的高麗土地，以掠奪為主業的蒙古人，根本沒興趣也沒辦法去治理。便如割韭菜一般，每過兩三年就過來割上一茬，然後施然離去。
高麗國土雖然因為蒙古人的屢次入侵而慘破，國民被擄掠無數。但高麗王室依舊存在，因此也不算亡國。
1259年3月，高麗與蒙哥汗的蒙古政權終於達成和議，太子王倎帶著國書去四川，朝覲正在攻宋前線的蒙哥。但是走到半路，卻得到了蒙哥死於戰場的消息。迷茫的王倎只好改道準備回國，路經汴梁時碰到從鄂州北撤的忽必烈，於是跟著他到開平，開始跟隨忽必烈的腳步。第二年三月，高麗國王去世消息傳來，忽必烈派兵護送王倎回高麗，即國王位。同時頒佈了赦免高麗國境內的制書，又授予王倎封冊、虎符和高麗國王印。還發布詔令撤回駐高麗境內的蒙古軍隊，歸還被擄掠及逃離的高麗百姓。
這次合作，忽必烈與王倎各取所需，合作愉快。王倎依靠忽必烈的力量，順利登上高麗王位；忽必烈則利用王倎的順服，從阿里不哥手中截獲了對高麗的控制權。
1264年，改名為王禃的王倎以內屬國國王身份覲見忽必烈，正式承認其宗主國身份。
1269年（至元六年）六月，高麗權臣林衍、林惟茂父子擊敗金仁俊，立王禃弟安慶公淐為王，控制了高麗軍政大權，同時對蒙古開始採取強硬態度，以抗蒙的名義來穩定自己的權力。
1270年四月，在忽必烈發兵支持下，高麗王室的親蒙派終於擊垮林惟茂，結束了高麗近百年的武臣政權，王禃重新獲得王位。這次，高麗王室再不敢違抗忽必烈的旨意，拆毀了江華島內城，正式把都城遷回陸地。同時解散了江華島的主力防衛部隊“三別抄軍”（左別抄、右別抄、神義別抄）。
三別抄因此以抗蒙名義發動暴動，將全羅道的珍島作為根據地。在高麗水軍的協助下，蒙古與高麗組成“討伐軍”，在1273年四月，終於殲滅別抄軍。高麗國內的反蒙勢力基本被肅清。
高麗“三別抄”軍
雖然與高麗王室已經結下了不薄的戰鬥友誼，但忽必烈對高麗的影響還是有限。於是，他採取另一特殊的方式來控制高麗，在高麗王屢次“請求”賜婚之後，他將13歲的皇女忽都魯揭裡迷失下嫁高麗世子王愖。在忽都魯揭裡迷失到達高麗後，王愖的前妃被降為貞和宮主，自此被打入冷宮。1274年七月，王禃去世，忽必烈詔令世子王愖繼國王位，忽都魯揭裡迷失便成為高麗國王后。
自此，高麗與元朝結成了政治聯姻，並形成元朝的定製：凡高麗國王尚蒙古公主者，一律授“駙馬高麗國王”。也就是說，任何高麗王子想成為國王，首要的條件得娶個蒙古公主回家供著。蒙古公主在高麗的地位也極其顯赫，不僅可以參政，許多高麗國事，都是身為王后的蒙古公主說了才算。這就意味著高麗國王，如果想對付蒙古的話，首先得過了老婆這一關。
通過這種獨特的方式，元朝牢牢地控制著高麗國的軍政大事。
忽都魯揭裡迷失
歷史上，中原政權與外部政權的聯姻，基本都是以“尚公主”形式進行和親。中原皇帝把女兒嫁出去後，基本是管不了的。無論這個女兒是生是死，甚至再嫁給自己的繼子，都無法過問插手。真正所謂是“嫁出去的女兒，潑出去的水”。
但是忽必烈憑著強大的軍事壓迫力，卻把嫁出去的女兒扶持成高麗的權威。而且逼迫著每一任的高麗國王必須具備蒙古的血統。以此，基本杜絕了高麗國內的反元事件，使高麗被改造成為由元朝嚴密控制的真正“內屬國”。
不過，即便是保持著與高麗國表面上的聯姻，忽必烈對於高麗，還是一直持著蔑視態度。他曾立下“賤高麗女子，不以入宮”的“世祖皇帝家法”（元史·順帝紀四）。
除了以公主來控制高麗王室之外，忽必烈還在高麗國內培植忠元的軍事勢力。
蒙哥時，曾要求高麗王子入質。當時的國王王瞰將清化侯王璟之子王綧認為義子，入質蒙古。忽必烈上位後，將長期居住於蒙古的王綧任命為高麗新附軍民總管，統領元朝境內的高麗歸附百姓。王綧先是隨忽必烈軍討伐李璮叛亂，又隨蒙軍回高麗平定國內叛亂。之後，還參與了渡海徵日、征伐乃顏的戰爭。為了對蒙古人表其忠心，王綧甚至將自己的三個兒子全部改為蒙古名字。
另一個頗代表性的是洪茶丘。洪氏之祖是唐末移居高麗的中原人氏，洪茶丘之父洪福源是最早降蒙的高麗將領，曾多次配合蒙古軍隊入侵高麗。洪茶丘襲其父官職後，相繼擔任東征右副都元帥和都元帥，與王綧一起掌管高麗歸附蒙古的百姓。此人一生勤懇，為協助元朝平定高麗國內叛亂而不懈努力，是忽必烈遏制高麗王室權力的忠實幹將。
1277年正月，忻都與洪茶丘又平定了高麗大臣金方慶的叛亂。自此，高麗國內的反元勢力徹底滅絕。高麗王室以其獨特的方式表達了對元朝的忠誠，元朝也肆無忌憚地在高麗國土上予取予得。在忽必烈連續發動的兩次攻日之戰中，高麗付出了巨在的人力與物力，自此之後，高麗再無力對元朝產生出絲毫的抵抗之心。雙方彼此和諧的關係也一直存續到了元朝滅亡之時。
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