劉福通在潁州發動起義後，對在江淮一帶從事秘密活動的彭瑩玉及其徒弟們鼓舞很大，彭瑩玉人稱“彭和尚”，因善於治病而受到群眾的廣泛愛戴，1351年8月，他于徐壽輝在湖北蘄春起義，起義農民因頭裹紅巾，所以也稱紅巾軍，為與劉福通領導的北方紅巾軍相區別，故也被稱為南方紅巾軍。
他們於當年十月便攻克蘄水（即今湖北浠水），並以蘄水為都城，建立了天完政權，所謂“天完”就是在“大元”之上各加一橫一寶蓋，寓意“天完”壓倒“大元”
與此同時，全國各地紛紛起兵響應，起義漸成星火燎原之勢，1357年，劉福通兵分三路伐元，三路大軍攻陷了許多城池，沉重打擊了元朝的統治，但由於缺乏科學的作戰計劃，彼此間缺乏有力的配合，最終被元軍各個擊破！
此時，南方紅巾軍內部也發生了變化，彭瑩玉在戰鬥中犧牲，陳友諒篡奪了天完政權，並改國號為“大漢”，劉福通、彭瑩玉等人領導的紅巾軍起義，雖然沒能最終推翻元朝的統治，但卻給蒙古貴族以致命的打擊，為後繼者推翻元朝打下了堅實的基礎。
真正完成滅元事業的是朱元璋，朱元璋 濠州鍾離（也就是今天安徽鳳陽人），1328年出生在一個貧苦的農民家庭，1344年春，淮河兩岸瘟疫流行，朱元璋的父母和長兄相繼病逝，17歲的朱元璋不得不入皇覺寺為僧，不久又四處化緣，從而積累了豐富的社會經驗。
1352年，25歲的朱元璋參加了郭子興領導的紅巾軍，朱元璋作戰英勇，逐漸成為起義軍的重要領導，他軍紀嚴明，又知人善用，表現出傑出的領導才能。
1360年，朱元璋佔領了南方重鎮 江蘇南京，在行軍中他蒐羅到眾多人才，如李善長、劉基、朱升、宋濂等，李善長希望他效法漢高祖劉邦，任用賢才、不亂殺人，如此就不難成就帝業。劉基 足智多謀 精通韜略，經常為朱元璋出謀劃策，往往能出奇制勝。朱升則向朱元璋建議“高築牆 廣積糧 緩稱王”的策略。
經過幾年的努力，朱元璋的軍事和經濟實力迅速壯大起來。
當時東南的地方政權除了朱元璋以外，還有割據長江中游的陳友諒，佔據蘇州的張士誠，以及偏安浙江的方國珍，朱元璋首先集中力量對付實力強大的陳友諒，先後兩次大敗陳軍，陳友諒勢力被消滅後，1367年 張士誠和方國珍的政權，很快也被朱元璋剷除，接著，朱元璋又分別攻取了廣東和福建，至此，東南半壁江山已基本歸屬朱元璋。
同年 朱元璋決定北伐元朝，文臣宋濂為他草擬了著名的《討元檄文》，文中正式提出了 驅逐胡虜 恢復中華 立綱陳紀 救濟斯民 的口號，朱元璋派大將徐達、常遇春率軍25萬進行北伐，而此時的元朝內部，順帝不顧形勢垂危，仍沉迷於酒色，大臣之間依然爭權奪利，北伐軍勢如破竹。
公元1368年八月初二 攻入元大都，元朝滅亡。至此統治中國97年之久的蒙古族，再次退居北方草原。
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