1622年，努爾哈赤迎來了他一生中最為重要的對手，孫承宗和袁崇煥，但此時的努爾哈赤並沒有意識到這一點，他正忙著應付另一件棘手的事。
奪取遼瀋使努爾哈赤登上了人生事業的頂峰，然而軍事上的巨大勝利讓努爾哈赤有些自鳴得意，但是突然猛增的土地、財富和人口讓沒有太多管理經驗的女真人有些措手不及，緊張與興奮過後，努爾哈赤又陷入了深深的猜疑和恐懼，曾經作為明朝民族壓迫政策反抗者的努爾哈赤，又對遼東廣大的漢人實施起了民族壓迫政策。
佔領遼瀋之後，因為擔心漢人會報復，努爾哈赤命令女真人與漢人合食同居，以便於對漢人的監視和控制。但這一做法，讓很多女真人藉機肆意強佔漢人的田地和財物。本來的共同居住，成了一場變相的搜刮財物的暴行，這使女真人與漢人本就強烈的矛盾更加激化。遼瀋大地上，漢人紛紛逃亡，民間武裝反抗此起彼伏。
其實，除了武裝反抗以外，還有一些人選擇了投毒，他們會在牲口圈裡下毒，毒死努爾哈赤的戰馬，往水井裡下毒，毒死喝水的女真人。因此，努爾哈赤多次下令，漢人給的所有東西不能吃，漢人賣的東西不能吃，不能去漢人家裡做客，甚至到最後還有女真人在街頭被殺，於是，努爾哈赤下令，女真人出行必須帶武器，不能單獨行動。一旦有不帶武器單獨行動遇害的，沒有撫卹。
遼瀋漢人持續不斷的反抗，激怒了疲於應付的努爾哈赤。肉體消滅成為最後的辦法。於是一場殘暴血腥的大屠殺開始了。遼瀋大地一片血雨腥風。清朝的官修史書《滿文老檔》真實地記載了這次大屠殺。
這次屠殺殺了很多人，皇太極自己也說：至此賢良獨身幾被殺絕。努爾哈赤下令，無谷之人殺，獨身之人殺，有錢人殺，有資產且有能力作亂的人不可靠，也要殺。此外，努爾哈赤還要去甄別八旗官員，看看哪些人不可靠，凡是他認為不可靠、不值得存留的人也殺。這就是歷史上有名的遼瀋大屠殺，這之後遼瀋幾乎成了一座空城。
然而，努爾哈赤的血腥屠殺除了激起漢民一浪高過一浪的反抗，原本還有許多人對努爾哈赤的後金政權抱有幻想，現在也加入到了反抗的隊伍中。在他們的眼裡，努爾哈赤並不比明朝的皇帝好到哪裡去。要想免遭八旗鐵騎的欺凌蹂躪，只有拼死抵抗。一向英明勇武的後金汗在遼陽這塊他自認為的“天賜之地”上，被折磨得心力憔悴。於是，努爾哈赤想到了遷都。
1625年3月，在東京城遼陽居住了四年的努爾哈赤突然向貝勒大臣們宣佈遷都，新的都城在瀋陽，那時的瀋陽只能算是遼陽的一個衛城。而且遼陽城正在建造當中，大多數貝勒大臣都認為此時遷都有些太過草率，但是努爾哈赤仍堅持自己的的想法，並且三天後，他和他的家眷們就離開了遼陽，定居瀋陽。
就這樣，遼陽的大規模營造驟然停止，瀋陽城開始沸騰起來，從遼陽轉移過來的數萬工匠日以繼夜，一座座宮殿和廟宇在瀋陽拔地而起，在努爾哈赤的催促下，大正殿和十王亭首先建成。
大正殿是汗王處理政務、商議軍政大事的地方。建築既別出心裁又寓意深刻。八角八邊寓意著八旗之意，表現了八旗組織在後金國家不可替代的重要作用。
在大政殿前方的左右兩側，各排列著五座方亭，稱為十王亭。這是努爾哈赤時期最有權勢的八個旗主和兩位王爺的辦公場所。國家的一切大事都由汗王和這十位大臣討論實施。努爾哈赤將女真族的八旗制度，用建築的形式固定下來。
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