馬穆魯克軍隊興盛時期的規模，雖然不像他們的敵人時常想象的這麼大，但也極其龐大。在13世紀下半葉的拜巴爾統治時期，馬穆魯克軍隊人數大大增加，大約共計有4萬人，他們中的4000人為馬穆魯克。20年後，著名的誇拉溫蘇丹有6000至7000名馬穆魯克。他的兒子在攻擊阿克城時投入了7萬名專業騎兵與15萬名訓練不佳的志願者步兵。蘇丹蓋拉溫在1313年對蒙古軍隊的戰役，動員了100個埃米爾中的22名，而根據之後的調查資料，當時仍有2.4萬名馬穆魯克留在埃及，其中1.24萬人是埃米爾的馬穆魯克。另外，其他省份還有1.3萬名馬穆魯克軍人外加9000的埃爾塔自由民軍隊，這還不算輔助軍的人數。總的輔助人數已經不可靠，但人數必然十分龐大，他們中不僅有阿拉伯貝都因人和土庫曼的部落，還有半遊牧的阿拉伯人，庫爾德人以及各族安置的村民。
13世紀的馬穆魯克軍隊從他們最強大的敵人——蒙古軍隊那裡學習了很多，這些包括了蒙古軍事組織的許多方面：戰術，武器裝備甚至是戰爭思想。但有趣的是，他們幾乎沒有從歐洲學到什麼，以至於馬穆魯克王朝直到滅亡時也沒有引入歐洲在15世紀晚期逐步普及的板甲。當然在13世紀馬穆魯克的科技水平和訓練水準，相比13世紀的十字軍確實要更勝一籌。這些穆斯林騎兵展示了他們良好的紀律性，特別是在失敗後的號召力與凝聚力。雖然馬穆魯克基本上依靠傳統的穆斯林和中亞突厥人的戰法，但在其他方面，馬穆魯克軍隊有著更高效的組織性。雖然軍隊仍然被劃分為不同的部分，他們也擁有不平等的地位，但馬穆魯克和自由民軍隊沒有很明顯的區別。
馬穆魯克軍隊指揮官對於很多細節都很注重，如果發動一次猛烈的突襲，指揮官會盡量保證風與太陽在他們的身後，太陽在身後不會影響衝鋒騎兵們的視線，而跟隨強勁的風向有助於衝鋒。如果有大風或塵土刮在軍隊的臉上，馬穆魯克的騎兵會下馬步行作戰。馬穆魯克指揮官認為，對一場戰鬥來說，最佳的防衛位置是小山的背後。那裡可以防止意外的攻擊，而如果從那兒發動的伏擊，敵人也很難防禦。不過，馬穆魯克軍隊的核心要被設置在高地上，以便讓指揮官可以看見戰場上的全景。馬穆魯克基本的戰鬥隊形和過去一樣，仍是傳統的：一箇中心與兩翼。如果敵人在數量上處於劣勢，他們就會被馬穆魯克軍隊包圍。除非馬穆魯克指揮官沒有采用兩翼擴展的分散陣型，馬穆魯克部隊長久以來一直有這樣的習慣，用一支包括步兵部隊的軍隊防守左翼，而將最精銳最具攻擊性的騎兵放置在右翼。在1260年的艾因賈魯會戰，他們就是這樣攻擊並追趕崩潰的蒙古騎兵至山頂然後消滅他們的。這些馬穆魯克的成功戰術也被附近阿克的十字軍傳到了意大利南部，在那裡，同樣的方法僅僅8年之後就被安努查理在塔里亞柯佐戰役中使用。
馬穆魯克其他戰術策略包括箭雨覆蓋。在1244年他們依靠這招阻止了一支十字軍騎兵在加沙的衝鋒，隨後就是在1260年的艾因賈魯特會戰和1281年的霍姆斯會戰中，箭雨覆蓋也發揮出了重要的作用。另外就是肉搏戰術，當馬穆魯克騎兵對蒙古人衝擊時，他們會盡量尋求近戰，這樣他們就可以發揮平時刻苦訓練的優勢，使用他們的重矛、劍與釘錘以獲得勝利。當馬穆魯克到達敵軍陣線時，他們還會用選擇的優秀騎兵弓箭手射殺敵人的旗手或鼓手，使敵軍無法進行戰場聯絡。
軍事科學也在這個軍事化的國家被認真對待。幾個世紀以來阿拉伯人和波斯人所寫的書籍軍事理論都在埃及軍隊中流行，但真正的特點是——馬穆魯克王朝由下級軍官撰寫的實用軍事論文開始出現，顯示了馬穆魯克軍隊中基層軍官的素質水平，馬穆魯克王朝另一個特點是關注間諜與情報，重視政治與軍事謀略中的保密工作，並喜歡精心設計詭計。蘇丹自己的馬穆魯克大多居住在開羅巨大的要塞中，而絕大多數的埃米爾和他們的軍隊也駐紮在開羅附近。因此，蘇丹往往通過馬穆魯克來監控他的高級軍官或官員，馬木魯克騎兵高光時刻就是薩拉丁統治時期從基督徒手中重新奪回聖城耶路撒冷。
