日本國土面積狹小，2010年的全國農用地總量僅為459萬公頃，從事農業生產的農戶約為390萬，農戶人均農用地面積為1.18公頃，遠低於歐美髮達國家。然而，在資源稟賦極其不足的條件下，日本政府及時調整農業方向，發展生態農業，逐步實現了農業的現代化和農民增收等多項目標。

基於土壤改良的有機農業

日本目前注重有機農業的發展，即在生產中不採用通過基因工程獲得的生物及其產物，不使用化學合成的農藥、化肥、生長調節劑、飼料添加劑等物質，而是遵循自然規律和生態學原理，協調種植業和養殖業的平衡，採用一系列可持續發展的農業技術，維持農業生產過程的持續穩定。農戶通過選用抗性作物品種，利用秸稈還田、施用綠肥和動物糞便等措施培肥土壤，保持養分循環；同時，採取物理和生物的措施防治病蟲草害；採用合理的耕種措施保護環境，防止水土流失，保持生產體系及周圍環境的生物多樣性。

最初日本的有機農業是從土地整治和改良開始的。在日本農業的發展過程中，也曾經因為農藥、化肥的過量施用，造成土壤的板結、酸化、鹽漬化、水資源汙染等問題。意識到“化學農業”弊端之後，日本開始進行了大規模的土地整治和改良。

從20世紀60年代中期開始，日本就開始推行這一計劃，一直到21世紀第一個10年才基本完成。該計劃主要是將原本小片、分散、坡度高且難以適應機械化耕作的水田標準化，通過工程改造，統一為長100米、寬30米、水平高度小於2.5釐米的“標準水田”，以方便機械化作業。這一措施，通過零碎農田重新規劃，將日本分散的農田加以集中，並在此基礎上，為改造後的水田提供良好的農業作業輔助措施，如興修排灌設施、平整農田道路、加強農田連片等，有利於耕地標準化作業和管理，使新的農業作業區能夠適應機械化耕作。在耕作方式上採取輪作休耕，保持生物多樣性平衡。

日本農地改良成效十分顯著，截至2015年，日本全國共建立了4710所土地改良區，共新造農地110萬公頃，約佔總耕地面積的1/4，有效彌補了耕地的非農佔用。儘管受工業化、城鎮化影響，日本的耕地面積總體不斷下降，但耕地質量和農業綜合生產能力明顯提高。

農業機械化、精細化、生態化

由於國土面積狹小，可用耕地面積有限，地形並不利於農業耕作，農戶的農業生產往往以家庭經營方式為主。日本80%的國土為山地和丘陵，耕地面積僅為國土面積的13%。相比美國的大規模機械化模式，日本結合自身實際，走上了一條獨特的小規模精細機械化模式。到目前為止，日本基本已實現農業生產全過程的機械化，水稻栽插和收穫的機械化普及率分別達到98%和99%。

日本現在已經有一整套相當成熟的種植規範，如果按照嚴格的流程進行種植，即使是毫無種植基礎的小農戶，也能種出高品質的農產品。日本重視農業生產中配套的水利工程設施的建設，灌溉流壩、水塘等遍佈日本鄉村。截至2015年底，日本的灌溉水塘多達30萬處，其中面積在2公頃以上的水塘接近7萬個。

日本注重新型肥料和功能性肥料的研製與應用，在生產中重視再生資源的利用。例如，將家畜糞便經堆放發酵後就地還田作為肥料使用，將汙水經處理後得到的再生水用於農業灌溉等，這都是充分利用農業再生資源的措施。發展多樣的水稻種植模式，稻作-畜產-水產三位一體，即在水田種植稻米、養鴨、養魚和繁殖固氮藍藻的同時，形成稻作、畜產和水產的水田生態循環可持續發展模式。

農產品的高附加值與安全化

日本通過精細化的工業種植，生態化的生產，生產出高品質、高附加值的高端農產品。日本農業發展則倡導精細化的生態種植，且已形成其精緻農業的特色與招牌。日本注重產品精美包裝，並和產業化農產品加工品進行配合銷售。自20世紀60年代以來，日本鄉村旅遊、生態旅遊發展受到重視，湧現出一大批“小而精”的農場類型代表。

日本對農產品質量的控制，從構建風險監測和評估體系、監管體系建設、法律法規體系建設、標準體系、認證認可體系、預警體系、應急體系、教育培訓體系等抓起，形成了消費者廳、食品安全委員會、農林水產省、厚生勞動省四部門協調質量監管，直接面向農戶、生產業者、銷售商、消費者實施監管，注重從源頭控制到餐桌的全鏈條農產品質量監管機制。中央食品農產品部門、地方政府主管部門、生產業者、消費者共同協調，責任共擔，具有日本自身特點的質量管理體系，保證農產品的安全性。