1898年6月11日，光绪皇帝颁布“定国是诏”，实行变法，史称“戊戌变法”。9月21日，慈禧太后发动政变，“变法”历时103天，史称“百日维新”。谭嗣同、林旭、杨锐、杨深秀、刘光第、康广仁6人被逮捕处死。
袁世凯
一直支持维新变革的袁世凯不但没有受到牵连，而且此后仕途顺利，步步高升，事实真像传说的那样，是袁世凯出卖了光绪帝吗？在董福祥、聂士成、袁世凯统帅的北洋三军中，其他两军均逐渐式微，为什么唯独袁世凯的军队发展壮大了呢？
可以说，袁世凯依靠新建陆军而使仕途一路升迁；同时，新建陆军也随着袁世凯的步步高升而逐渐发展壮大。
由于朝廷在新建陆军上花费巨大，因此新建陆军格外受到朝廷的重视，加上袁世凯的练兵有方，军队面貌焕然一新，成效显著，袁世凯受到慈禧太后等人赏识。1896年4月，监察御史胡景桂参奏袁世凯“尅扣军饷，诛戮无辜”等罪名，在兵部尚书荣禄的遮掩下，袁世凯不但没有获罪，反而被提升为直隶按察使，仍专管练兵。1897年，清政府又整饬军队，编建精锐军，分中、前、左、右、后五军，由荣禄、聂士成、马玉崑、袁世凯、董福祥五人分别率领。
1898年6月，慈禧太后任命荣禄为直隶总督兼北洋大臣，统率董福祥的甘军、聂士成的武毅军和袁世凯的新建陆军，并称“北洋三军”。
慈禧
戊戌变法后，慈禧太后为巩固京畿重地，命直隶总督荣禄为钦差大臣，节制北洋各军，组编武卫军。武卫军由5支军队编成，以聂士城的武毅军为武卫前军，驻芦台；董福祥的甘军为武卫后军，驻荆州、通州；宋庆的毅军为武卫左军，驻山海关内外；袁世凯的新建陆军为武卫右军，驻小站。荣禄另募新兵万人为武卫中军，驻南苑。实际上每军各踞一方，自成势力。
此时，袁世凯已升至工部右侍郎。很多人都认为，在戊戌变法中，是袁世凯出卖维新派才导致了变法的失败。但事实是怎样的呢？
1898年9月16日，在小站的袁世凯应召赴京觐见光绪帝，得到光绪帝的赏识，升任京卿二品候补侍郎，专办练兵事务。袁世凯在京期间，维新派代表谭嗣同紧急拜见他，请求其派兵进京，呼应发动政变。但袁世凯考虑到京城内有旗兵数万人，自己的军队只有六七千人，当即予以回绝。那么，袁世凯告密了吗？根据袁世凯的一贯风格，他断不会在帝党与后党两股势力角力之时，过早地将自己暴露在一个危险的境地，甚至冒着前程尽毁、命悬一线的风险赌上一把。袁世凯深知帝党没多大的胜数，后党实力雄厚，而他站在同情光绪帝与维新派的立场上，应该选择静观其变，坐待事态发展再选边站队。事实上，他也是这样做的。
此外，袁世凯出卖维新派的说法证据不足。第一，如果说袁世凯告密，时间就应该在1898年9月19日这一天，因为18日夜间谭嗣同将“围园杀后”计划通报袁世凯，但慈禧直到21日才动手，这不符合慈禧当机立断的风格。第二，袁世凯无论是直接向慈禧告密，还是通过第三人间接告密，事后都会留下证据，哪怕是间接的证据。但后来袁世凯被革职罢官，有人提出要将他置于死地，光绪之弟载沣也对他恨之入骨，却没有一个人能拿出袁世凯出卖变法的任何证据。第三，“戊戌六君子”被杀的同一天，慈禧太后任命荣禄为军机大臣，取代袁世凯担任直隶总督兼北洋大臣。袁世凯在戊戌变法后的职务变动，表明他不是扑灭变法的“功臣”，慈禧对他也是不信任的。在9月21日这一天，慈禧可能通过其他信息来源，获知维新派“围园杀后”的计划，而后采取措施的。袁世凯以他久经沙场、老谋深算的历练在关键时刻涉险过关，才有了后来在政治舞台上大显身手的机会。
《马关条约》签订后，西方列强争先恐后掀起瓜分中国的狂潮，都想在中国攫取更多利益。西方列国的不法恶行，激起了中国人民的反抗。1899年10月，义和团运动在山东爆发，发展迅速，引起西方列强的不满，要求清政府撤换山东巡抚。
1899年12月，清政府委任袁世凯为山东巡抚。袁世凯把山东原有勇队15000人编成武卫右军先锋队，重新训练。以后又陆续将勇队改编成左翼防军、右翼防军和海防防军，部署山东全省各地，在全省范围内对义和团进行全面弹压。山东的义和团首领王立言、王玉振、朱士和及其骨干分子全部被袁世凯击毙，义和团在山东全省消失。
1900年，八国联军侵华，袁世凯在山东率兵自保，按兵不动。7月20日，八国联军侵占北京，荣禄的武卫军前、后、左、中四路几乎全部溃败，聂士成战死。袁世凯的武卫右军丝毫无损，战争结束时，袁世凯所掌控的兵力已超过原来新建陆军的两倍以上，实力得到进一步发展。
李鸿章
1901年，直隶总督兼北洋大臣李鸿章因劳累过度，吐血不止而死。在李鸿章、刘坤一的举荐下，就在李鸿章去世的同一天，慈禧太后电令袁世凯代理直隶总督兼北洋大臣。1902年6月实授，又赏加他为太子少保。袁世凯成了权倾一时的封疆大臣。
袁世凯出任直隶总督兼北洋大臣以后，仿照武卫右军编制创建北洋常备军右镇，后又续编为5个镇和1个京旗常备军。每镇辖步兵两协、四标、十二营约12500多人。两镇为一军。李鸿章死后，淮军群龙无首。袁世凯在接管李鸿章在北洋经营数十年的官办企业的同时，一并把他的幕府班底也网罗过来。主要有：
杨士骧，安徽泗州人，进士出身，李鸿章的亲信幕僚。袁世凯奏举他为直隶布政使、山东巡抚。
杨士琦，杨士骧之弟，袁世凯让他充任洋务总文案。
孙宝琦，浙江杭县人，长期为李鸿章属吏，袁世凯奏举他任驻法、德公使。
赵秉钧，河南汝州人，擅长缉捕，袁世凯委派他创办巡警。
此外，还有梁士诒、胡惟德、陈壁、吴重熹、齐耀琳、朱家宝、张镇芳、周学熙、孙多森等。
这些淮系官僚有着丰富的政治经验，得到袁世凯的提携后，他们对袁感恩戴德，誓尽肱股之力，使得袁世凯的势力得以迅速扩大。
1901年，清政府决定废除绿营制度，在全国范围内编练三十六镇新式陆军，袁世凯于1902年6月在保定成立北洋军政司（后改称“督练公所”），自兼督办。同年底，朝廷任命袁世凯为京旗练兵大臣，负责北方各省的新军训练。
1903年4月，荣禄病死，庆亲王奕劻入军机为领班大臣，掌握政府实权。奕劻与袁世凯素来交好，朝政方面更加倚重袁世凯。1903年12月，清廷成立了中央练兵处，统管全国的练兵。奕劻为总理练兵大臣，袁世凯为会办大臣。袁世凯自此掌管全国的军制和军饷。
1905年，袁世凯把北洋陆军编为六镇，共约7万人，拥有全国最精良的装备。除第一镇是旗兵外，其余五镇的重要骨干几乎都是小站练兵时袁世凯的得力干将：第一镇统制先后为铁良、凤山、何宗莲；第二镇统制先后为王英楷、马龙标、张怀芝、王占元；第三镇统制先后为段祺瑞、段芝贵、曹锟；第四镇统制为吴凤岭；第五镇统制先后为吴长纯、张永成、张树元；第六镇统制先后为王士珍、赵国贤、段祺瑞。当时担任协统的有雷震春、陈光远、李纯，担任标统的有王占元、卢永祥、鲍贵卿、王怀庆、田中玉、杨善德、孟恩远、唐天喜、王振畿、赵玉珂、王同玉等，担任营管带的有何半林、陆锦、李长泰、李厚基、施从滨、阎相文等。
此外，1902年宋庆死后，武卫左军（前称毅军）也逐渐由姜桂题接管。袁世凯也把它纳入北洋系统。
在编练新军的过程中，袁世凯还创办了一批新式陆军学堂，如行营将弁学堂、北洋武备速成学堂、保定陆军小学堂等。通过这些学堂，袁世凯培养了一大批具有现代军事观念的中下级军官，成为北洋军队的骨干力量。
至此，北洋军已由最初的7000多人增长到八九万人，成为清王朝新军的劲旅。随着北洋军的扩张，逐渐形成了以袁世凯为领导的军事政治团体——北洋集团。
中国是传统的农耕大国，自古有金秋时节阅兵的惯例，称为“秋操”。这个季节，正好是一年中的农闲时节，粮食收获归仓，民众有饭吃，草盛马肥，军粮也不愁。1905年，清帝国在河北河间举行了“河间秋操”，这是晚清陆军参演人数最多的一次阅兵。
1906年10月，在河南彰德举行了一次大阅兵。彰德秋操由袁世凯总负责，编练新军成全国性行动，各省都有新军组织阅兵方阵参加演练，而且还派出了官员与有志之士前来观摩。这其中不乏喝过洋墨水的年轻海归。他们不但前来观看考察，还被袁世凯委以裁判教官之任。当时云南省派来一位24岁的下级军官，被袁世凯一眼相中，任命其为秋操审判员。这个气宇不凡的年轻人就是蔡锷。
秋季大阅兵不是风风光光地亮个相，而是模拟战争时的景象，要让新军真正适应战争的艰苦环境。后来，冯玉祥回忆秋操时常常抱怨：“一整天没有吃饭，饿得肚里辘辘作响，又加演习时背负极重，路上泥泞油滑，士兵受的苦真是一言难尽。”士兵一天不吃饭、负重行军，很可能是当时有意设计的考验战士生存极限的一个环节，就像现在的“铁人三项”。
河间秋操时还发生了一次士兵踩踏事件。一支上千人的演练队伍接到命令，赶往一处寺庙集结地宿营休整。结果，整批的队伍都挤进庙里，一下子就挤满了人。而后面还有部队往里挤，人撞人，人挤人，有的士兵被挤得站在人身上，有的士兵倒地直叫唤，有的干脆蹬着人头爬到了墙上……整个队伍混乱不堪，直到长官到达后才得以平息。原来这是事先计划安排上的失误，最多只能住两个营的寺庙，却要十多个营住进去。到彰德秋操时，演练前期的准备功课都做得比河间秋操时好多了，各项工作都有章可循，演练部队各就各位，服从指挥，步调一致，秩序井然。
在彰德秋操的大阅兵中，有一支崭露头角的新军令大家眼前一亮，称赞其为“东南各省首屈一指”，这是哪一支新军呢？
这就是湖北新军派来的演练团队。湖北新军和领队总管黎元洪在南北新军面前着实露了一把脸。秋操前，大家普遍认为袁世凯编练的北洋新军肯定执此次秋操之牛耳。可在秋操的表演环节中，湖北新军个个英勇，枪法精准，士气高昂，军容严整。黎元洪指挥得法，一声令下，新军队列闻声而动，整齐划一，雄壮威武，一时令观摩的王公大臣刮目相看。后来黎元洪被推举为革命军湖北军政府都督，成为中国历史上唯一一个两任大总统和三任副总统的人，这与彰德秋操一举成名不无关系。
1907年3月，徐世昌授任东三省总督，奏准调第三镇和两个混成协随他赴东三省，北洋势力随之延伸至东北各省。
除了编练新军，袁世凯还依照西法，在保定创办巡警局，以赵秉钧为总办，创办了巡警学堂，组织巡警队。他还以推行“新政”为名，改革教育、路矿、通商、外交、财政等事务，控制了直隶、山东、河南、东北等一大片地盘，使北洋集团成为清末统治阶层中实力最为雄厚的一个军事政治集团。
袁世凯集重权于一身，引起了一批满族皇亲如军机大臣、陆军部尚书铁良等的不满。袁世凯在河南彰德组织新军大阅兵，开始老百姓都躲得远远的，因为按照惯常，大批清兵出动常有扰民现象。可头几天有人看了会操，军纪非常严明，军人买东西一律付钱，行军中没有士兵敢出队买吃喝，一传十，十传百，当地的老百姓都赶来围观。看到袁世凯训练出来的军队排列整齐、雄壮威武，觉得为汉人争了脸。这些情景令慈禧生发担忧，新军如此训练有素，兵权掌握在汉人手中，怕不是好事。
1908年11月，光绪皇帝和慈禧太后相继病死，3岁的溥仪继位，由其父载沣摄政。摄政王载沣是光绪皇帝的弟弟，摄政王深信“戊戌政变”是袁世凯告了密，欲杀袁世凯替光绪皇帝报仇。
载沣为此征询奕劻、张之洞等人的意见。他们都极力反对杀袁世凯，认为袁世凯手握重兵，杀他将激起兵变，令政局更难驾驭。冷静下来的摄政王发布谕旨：“袁世凯现患足疾，步履维艰，难胜职任，袁世凯着即开缺，回籍养疴。”1909年1月6日，曾经威风八面的袁世凯，黯然离京回豫。
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