丞相作為一個正式職務，從明朝初年就消失了。
屠夫皇帝朱元璋將隨他打天下的功臣幾乎全部殺光，他炮製胡惟庸案，把前任丞相李善長和現任丞相胡惟庸全家抄斬，株連致死的有好幾萬人之多。從那以後，丞相就沒有了，朱元璋把權力牢牢卡在自己手裡，召集了一幫小跟班當秘書，成立內閣，這些小跟班被命名為大學士。朱元璋恐怕沒有想到，這些小秘書後來竟替代了丞相的位置，大權獨攬，甚至個別人還爬到了皇帝頭上，皇帝一見他就嚇得發抖，比如那個叫張居正的湖北人。
明朝的中後期，沒有人再肯像朱元璋和他兒子朱棣那樣爭當勞動模範，都藏在深宮裡玩躲貓貓。原本只是皇帝顧問和隨從的殿閣大學士們就成了宰相，大學士官階本在六部尚書和侍郎之下，但後來他們成了宰相，六部堂官們反而成了大學士們的跟班。
上述情況從明朝延續到了清朝，殿閣大學士們仍然是宰相。
但到了抄家皇帝雍正在位的時候，情況發生了變化。
事情的起源是兩個蒙古大佬在西北發動的叛亂，一個是羅布藏丹增，一個是策妄阿拉布坦，這兩個名字很拗口的蒙古人讓雍正皇帝傷透了腦筋，同時，他覺得由殿閣大學士組成的宰相班子處理起這些軍務來十分不給力，原因如下：
首先，內閣的辦公地點在太和門外，離皇帝太遠，遇到緊急軍務不能第一時間和皇帝磋商處理，效率低、速度慢，會誤事。
其次，人多嘴雜路程遠，就容易洩密，也是勞動模範的雍正皇帝不希望這些事兒傳得沸沸揚揚，他想控制在一個小圈子範圍內。
基於以上考慮，雍正皇帝成立了對後世影響深遠的“軍機處”，軍機處的組織章程和辦事規範由張廷玉主持制訂。張廷玉三朝重臣，父親張英也是大學士，作風乾練忠謹，是清朝漢人中著名的能臣。
雍正七年的六月份，上諭任命了三個大臣入直軍機，成為最早的軍機大臣，他們都是雍正皇帝極為信任的心腹：
1.雍正皇帝的十三弟、怡親王允祥。允詳因為對雍正的無限忠誠和關鍵時刻對雍正的支持，成為鐵帽子王，這是大清帝國和平時期的第一個鐵帽子王。
2.大學士蔣廷錫。雍正對蔣廷錫也極為信任，三年前蔣廷錫母親去世，雍正皇帝命令他歸裡葬母，之後回京，在任守制。這其實就是奪情起復了，一般的大臣，哪有這個待遇。不過蔣廷錫的成就主要是文化上的。
3.張廷玉。前面已經說過，不再贅述。
軍機大臣逐漸成了處理軍政大事的權力中樞，而內閣大學士則被慢慢架空，但要說皇帝故意把偏心軍機處，倒也不一定，因為軍機大臣就是由大學士或別的重要職務兼任的。入直軍機的分成兩類，一類是老資格的大臣，叫做軍機處行走，或軍機大臣上行走，掌握核心權力；另一類是資格稍淺的，叫做軍機處學習行走，或軍機大臣上學習行走，處在向核心樞臣的過渡期。這是個挺有意思的稱呼，不知道還以為是運動員。
軍機大臣們每天都行走於自己的官署、軍機處和皇帝內廷之間，軍機處的辦公室極為簡陋，只是一處低矮的小平房，在乾清門進去的左手邊，一共五間，和紫禁城的巍峨壯麗比起來，軍機處簡直就是窩棚級別的，沒有人能想得到這裡是大清帝國的權力中樞，在裡面辦公的都是宰相級的大員。
到此時起，軍機大臣的權力已經慢慢超過了大學士，到中晚清時有一個說法，大學士有宰相之名，軍機大臣有宰相之實。協辦大學士、軍機大臣翁同龢就希望文華殿大學士李鴻章退休，從而自己就能順序頂上，把自己那個礙眼的“協辦”兩個字拿掉，當一個貨真價實的大學士——這種想法也有一定代表性。
更何況，晚清時的軍機處一般都有親王領銜，漸漸成了慣例，如恭親王奕訢、醇親王奕譞和慶親王奕劻等，而親王們是絕對不會兼任大學士的。這也從一個側面證明了，晚清時的軍機大臣，實權已經高過內閣大學士。但論尊貴程度，倒也沒有什麼大的區別。
值得一提的是，晚清時，由於權力下移，地方督撫權力日重，著名督撫任大學士的漸漸多起來，如曾國藩和李鴻章在任直隸總督或兩江總督時，同時也是內部大學士。但督撫從來沒有同時擔任軍機大臣的，剛才提到的曾國藩和李鴻章兩位晚清的股肱之臣，就從來沒有擔任過軍機大臣。而曾任直督和江督的袁世凱和張之洞，則是在卸任總督之後，才入直軍機的。
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