第一步 分清需就地分攤繳納企業所得稅的分支機構
根據《國家稅務總局關於印發〈跨地區經營彙總納稅企業所得稅徵收管理辦法〉的公告》（國家稅務總局公告2012年第57號，以下簡稱57號公告）第四條規定，總機構和具有主體生產經營職能的二級分支機構，就地分攤繳納企業所得稅。
其中，二級分支機構，是指彙總納稅企業依法設立並領取非法人營業執照（登記證書），且總機構對其財務、業務、人員等直接進行統一核算和管理的分支機構。
同時，57號公告第十六條規定，總機構設立具有主體生產經營職能的部門，且該部門的營業收入、職工薪酬和資產總額與管理職能部門分開核算的，可將該部門視同一個二級分支機構。
注意
有五類二級分支機構，不就地分攤繳納企業所得稅。其中包括：
1. 不具有主體生產經營職能，且在當地不繳納增值稅、營業稅的產品售後服務、內部研發、倉儲等彙總納稅企業內部輔助性的二級分支機構；
2. 上年度認定為小型微利企業的；
3. 當年新設立的二級分支機構；
4. 當年撤銷的二級分支機構；
5. 彙總納稅企業在中國境外設立的不具有法人資格的二級分支機構。
第二步 計算各分支機構分攤的比例
總機構應按照上年度分支機構的營業收入、職工薪酬和資產總額三個因素計算各分支機構分攤所得稅款的比例，三因素的權重依次為0.35、0.35、0.30。
具體計算公式為：某分支機構分攤比例＝（該分支機構營業收入÷各分支機構營業收入之和）×0.35＋（該分支機構職工薪酬÷各分支機構職工薪酬之和）×0.35＋（該分支機構資產總額÷各分支機構資產總額之和）×0.30。
第三步 計算各分支機構分攤的稅額
彙總納稅企業按照《企業所得稅法》規定彙總計算的企業所得稅，包括預繳稅款和彙算清繳應繳應退稅款，50%在各分支機構間分攤，各分支機構根據分攤稅款就地辦理繳庫或退庫；50%由總機構分攤繳納。
第四步 各分支機構按期季度預繳稅款
企業所得稅分月或者分季預繳，由總機構所在地主管稅務機關具體核定。彙總納稅企業應根據當期實際利潤額，按照57號公告規定的預繳分攤方法計算總機構和分支機構的企業所得稅預繳額，分別由總機構和分支機構就地預繳；在規定期限內按實際利潤額預繳有困難的，也可以按照上一年度應納稅所得額的1/12或1/4，按照57號公告規定的預繳分攤方法計算總機構和分支機構的企業所得稅預繳額，分別由總機構和分支機構就地預繳。預繳方法一經確定，當年度不得變更。
第五步 分支機構根據總機構年度彙算清繳情況，分攤應繳或應退稅額
彙總納稅企業應當自年度終了之日起五個月內，由總機構彙總計算企業年度應納所得稅額，扣除總機構和各分支機構已預繳的稅款，計算出應繳應退稅款，按照57號公告規定的稅款分攤方法計算總機構和分支機構的企業所得稅應繳應退稅款，分別由總機構和分支機構就地辦理稅款繳庫或退庫。
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