對財稅〔2017〕37號第二條
部分內容的理解與困擾
《財政部 稅務總局關於簡併增值稅稅率有關政策的通知》（財稅〔2017〕37號）第二條規定如下：
二、納稅人購進農產品，按下列規定抵扣進項稅額：
（一）除本條第（二）項規定外，納稅人購進農產品,……從按照簡易計稅方法依照3%徵收率計算繳納增值稅的小規模納稅人取得增值稅專用發票的，以增值稅專用發票上註明的金額和11%的扣除率計算進項稅額；……。
（二）營業稅改徵增值稅試點期間，納稅人購進用於生產銷售或委託受託加工17%稅率貨物的農產品維持原扣除力度不變。
（五）納稅人購進農產品既用於生產銷售或委託受託加工17%稅率貨物又用於生產銷售其他貨物服務的，應當分別核算用於生產銷售或委託受託加工17%稅率貨物和其他貨物服務的農產品進項稅額。未分別核算的，統一以增值稅專用發票或海關進口增值稅專用繳款書上註明的增值稅額為進項稅額，或以農產品收購發票或銷售發票上註明的農產品買價和11%的扣除率計算進項稅額。
假設，某公司購進農產品進行初加工（即生產銷售稅率9%的貨物）和深加工（即生產銷售稅率為13%的貨物），供應商全部是小規模納稅人，且能夠取得按照簡易計稅方法依照3%徵收率計算繳納增值稅的專用發票。
個人理解：
1、2019年4月1日之後，納稅人自小規模納稅人處購進農產品，取得按照簡易計稅方法依照3%徵收率計算繳納增值稅的專用發票，除用於深加工外，以增值稅專用發票上註明的金額和9%的扣除率計算進項稅額。
2、納稅人自小規模納稅人處購進農產品，取得按照簡易計稅方法依照3%徵收率計算繳納增值稅的專用發票，用於深加工， 2019年4月1日之後，按當期領用材料已抵扣進項稅額/9%*1%（不考慮2019年4月1日之前購進且已按當時扣除率抵扣進項稅額的情形）加計扣除。本條即所謂為了避免因進項抵扣減少而增加稅負，進行的農產品深加工加計扣除。
3、 如果納稅人2019年4月1日之後，自小規模納稅人處購進農產品，取得按照簡易計稅方法依照3%徵收率計算繳納增值稅的專用發票，所購進農產品既用於深加工，又用於初加工，應當分別核算用於深加工和初加工的農產品進項稅額，才可以按增值稅專用發票上註明的金額和9%的扣除率計算進項稅額，並對深加入部分加計扣除。否則，只能按增值稅專用發票上註明的增值稅額為進項稅額。
個人困擾：
1、本條第（二）項規定了用於深加工貨物，可以加計扣除。
2、本條第（一）項規定了除了用於深加工貨物外，以增值稅專用發票上註明的金額和9%的扣除率計算進項稅額。
3、如果納稅人所購進農產品既用於深加工，又用於初加工，出於各種原因，未分別核算用於兩種稅率貨物生產或委託加工的農產品進項稅額，可不可以不進行加計扣除，而只以增值稅專用發票上註明的金額和9%的扣除率計算進項稅額？只能按增值稅專用發票上註明的增值稅額為進項稅額的原因是什麼呢？懲罰性的嗎？
可他並沒有去偷逃國家稅款啊，國家給的深加工優惠不要還不行嗎？
4、更為重要的是，文件要求分別核算用於深加工和初加工的農產品進項稅額。
怎麼樣分別核算進項稅額？我們知道，如果企業只有農產品加工銷售業務，其當期應繳稅額基本計算公式為：當期銷項稅額-當期可抵扣進項稅額+進項稅額轉出。難道分別核算的時候，當期的進項稅額只能抵扣當期相應稅率貨物的銷項稅額？
農產品的收穫具有季節性特點，所以農產品的收購也具有季節性特點，所以農產品加工企業的進項稅額也會在農產品收穫季節增加很多，變成留抵稅額。如果一家農產品加工企業能夠分開核算深加工和初加工的農產品進項稅額，但是，在收穫之後的相當長一段時間內他們只是做初加工，是不是被分別核算為深加工部分的進項稅額不能抵扣？
5、更為重要的是，有沒有企業會在憑票扣除的時候，說我不能分別核算用於生產銷售或委託受託加工17%稅率貨物和其他貨物服務的農產品進項稅額，從而按照簡易計稅方法依照3%徵收率計算繳納增值稅的專用發票上註明的增值稅額為進項稅額？
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