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腫瘤大小
腫瘤的大小已被反覆證實為乳腺癌的最重要的預後指標之一。許多研究表明乳腺癌患者的生存期因腫塊體積的不同而呈一種臺階式的改變：腫塊越大，生存期越短。腫瘤的大小還與腋淋巴結轉移以及遠處轉移的情況直接相關。
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淋巴結轉移
淋巴結的轉移與否以及轉移的數目亦是乳腺癌最重要的預後指標之一。淋巴結無轉移的預後較好，而淋巴結有轉移時，其預後較差。而有淋巴結轉移者的淋巴結轉移數目及轉移部位對預後的影響更大。轉移淋巴結數目越多，其預後越差。另外，淋巴結轉移的位置與預後亦有關，轉移位置越高，預後越差。
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乳腺癌的組織病理學類型
根據WHO的組織學分類法，乳腺癌可分為非浸潤性和浸潤性兩大類。非浸潤性癌預後明顯好於浸潤性癌。非浸潤性癌包括：導管內癌和小葉原位癌。在浸潤性癌中導管癌教常見，約佔65%-80%，其餘則被稱作特殊類型癌。依據預後的好壞又可將特殊類型癌分為預後良好，預後中等及預後不良。預後良好的乳腺癌類型有：腺管樣癌；浸潤性篩樣癌；黏液樣腺癌。預後中等的乳腺癌類型：髓樣癌；浸潤性小葉癌。預後不良的乳腺癌類型：伴化生的癌；印戒細胞癌；炎性乳腺癌；富脂質癌。
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乳腺癌組織病理學分級
乳腺癌組織學分級是早期乳腺癌極有價值的預後指標：Ⅰ級與Ⅱ級預後良好，Ⅲ級預後差。
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其他組織病理學性質
腫瘤的脈管浸潤是腫瘤的淋巴管滲透和血管浸潤的統稱。有脈管浸潤預後不好。
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雌、孕激素受體狀況
一般來說，激素受體陽性的腫瘤分化較好，發生內臟轉移的幾率較低，對內分泌治療敏感；而受體陰性的乳腺癌分化較差，容易發生內臟尤其是肝臟及腦轉移，並對內分泌治療反應較差。
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癌基因
Her-2/neu的表達和乳腺癌預後有一定的關係。目前認為在淋巴結有轉移的乳腺癌病人中，Her-2/neu蛋白的過度表達是預後不良的指標。而Her-2/neu在淋巴結陰性組病人中的預後價值還存在爭議。
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