海瑞是劇中的主角和最為正面的人物，作者在他身上寄予了最多的理想。他就像孫悟空一樣從最基層橫空出世，將天宮攪了個天翻地覆。但孫悟空是石頭縫裡蹦出來的，他卻不是，他上有高堂老母，下有妻女，還擔負著為海家傳宗接代的重任。而他卻沒有裕王那麼高貴的血統，也沒有徐階那麼顯赫的地位，甚至連個進士出身都沒有，只中過舉人，年過四十仍然只是一個縣的教諭。
毀堤淹田之後，嚴黨想趁機強迫災民“改稻為桑”。裕王黨處於對抗浙江嚴黨的需要，把以“抗上”聞名的海瑞提名為受災最重的淳安縣縣令，成為裕王黨放在浙江棋盤上的一枚棋子。但他們沒想到的是，這枚小棋子不到出色地完成了他自己的使命，實現了對改稻為桑國策的破壞，還把整個大明政壇攪了個天翻地覆，打破了整個朝局原有的平衡，不但在倒嚴時出力很大，後來還將矛頭指向了最高統治者——嘉靖皇帝！
當時在朝的主要官員如嚴嵩、徐階之流，司禮監掌印太監呂芳，無不竭力維護朝局的平衡，連裕王也深知進退之道。嚴黨跟裕王黨的爭鬥也只是在私下裡進行，明爭有明爭的分寸，暗鬥有暗鬥的規則。比如，嚴黨趁火打劫推行改稻為桑，罷免了不聽話的胡宗憲浙江巡撫一職，但嚴世蕃又深知浙江那群貪官的厲害，而選了翰林出身有政治操守的高翰文擔任杭州知府。胡宗憲為維持朝局平衡和東南抗倭的需要，情願自斷臂膀，殺了杭州知府馬寧遠，而將毀堤淹田的事情掩蓋下來。諸如此類。
但海瑞不受這些潛規則的約束。在淳安縣，他為維護百姓的利益，敢將省裡的公文當成廢紙。在參與審理巡撫鄭泌昌與布政使兼按察使何茂才貪汙案時，直著脖子一審到底，連毀堤淹田的的真相一股腦兒全部審了出來，並且如實記錄在案。真相不僅牽涉到內閣，還牽涉到內廷甚至皇帝，使得負責織造局和市舶司的內廷太監楊金水當場發瘋，連奉旨監審的錦衣衛都聽不下去了。當擔任主審的浙江巡撫趙貞吉拒絕署名的時候，他就只署自己的名，寄給朝廷。即使當朝廷發回重審，鼓勵罪犯翻供，也不更改初審結果，還蒐集了更多的證詞。更為駭人的是，當皇帝喬遷新宮群臣進賀表的時候，他卻備好棺材，向皇帝上書直言極諫幾十年不顧國計民生的缺失，皇帝被他氣得吐血！
他一心為民請命，得到了什麼呢？！因為海瑞為官清廉，全家跟他過著苦巴巴的日子。他在興國縣為百姓向大戶爭水時，唯一的女兒掉到河裡死了，妻子動了胎氣而小產；因向皇帝上書入獄，使得妻子在生孩子時無人救助，難產而死。若非群臣救助和嘉靖皇帝的一念之仁，海瑞本人也只有一個結局——死！
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