根據農業部發布的《到2020年農藥使用量零增長行動方案》中“預防為主、綜合防治”的方針，通過對易發病蟲害的機理剖析進行，結合農業管理以及相應的藥劑預防，阻擋病菌發生的途徑，從源頭做起。
添加複合微生物菌劑
菌劑添加的主要目的在於土壤結構的修復、土壤病菌的抑制、土壤化學性狀的平衡三個方面。根據土壤汙染的情況確定菌劑添加的數量，常規做法為：在早春以及越冬前的灌溉根據2kg/畝的數量隨水稀釋即可，如果土壤板結、酸鹼化嚴重時根據嚴重情況在2-5kg/畝進行調整。
根據在昌平區果園的研究操作發現，使用微生物菌劑可以分解土壤中殘留的雜草、落葉以及殘留的根系，可以明顯提高有機質的含量、刺激土著有益微生物，通過生態位佔據、優勢主導現象以此來抑制病菌的滋生。而且，我們還發現，由於有益微生物的存在土壤中的蚯蚓數量呈顯著上升，在使用初期蚯蚓數量增加了120％-150％，每用手抓一把土平均有7-9條蚯蚓（小型），通過生物和物理兩方面來達到對土壤的修復。
控制肥料的投入
通過世界知名農學家徐會連博士的研究發現：病蟲害的發生與作物體內的氮素營養代謝水平相關。作物體內過剩的氮素養分會引發病蟲害的發生，通過控制肥料（尤其是氮素的投入）的施入可以降低作物體內剩餘的氮素養分，並以此來降低病蟲害的發生。而法國生物學家弗朗西斯經過多年的研究也發現，植物對於抵禦害蟲侵襲的能力與自身物質的平衡具有一定的關係，當植物體內養分積累過多時，從自然平衡的角度來講，就會有昆蟲前來取食以維持區域養分的均衡性。“取食共生理論”認為，生長在健康植物上的害蟲只會捱餓。因為害蟲體內沒有水解蛋白酶，水解蛋白酶的作用主要是幫助切斷蛋白質分子的肽鍵，將蛋白質分子分解為氨基酸分子，以便於吸收。害蟲不可以直接吸收蛋白質，因此，必須在植物的汁液中找到足夠的氨基酸，以補充自身蛋白質，繁衍後代。從害蟲的角度來看，健康的植物並不可口，因此健康的植物不會遭遇嚴重的蟲害。在相同環境下，體內氨基酸含量多的植物更受害蟲的青睞。
而且，通過肥料的控制投入，還可以提高農產品的品質，降低肥害，也就是降低硝酸鹽的含量。研究表明，硝酸鹽本身對於人體並沒有危害，但是硝酸鹽會在人體內轉化成亞硝酸鹽，而過量的亞硝酸鹽會導致高鐵血紅蛋白症的發生以及誘發癌症等一系列疾病。通過我們的實驗證明，控制肥料的投入不僅可以降低病蟲害發生的幾率，還可以降低果實中硝酸鹽的含量，通過從超市中隨機採購並檢測發現：傳統模式種植中的蘋果硝酸鹽含量為280-425mg/0.5kg，而使用該模式所種植出的蘋果中硝酸鹽的含量僅為≤15mg/0.5kg，遠遠低於標準值。而且蘋果中的抗氧化物質大幅度提升，其切口暴露在空氣中可保持24h以上不變色。
果園生草
果園生草這一技術點被普及了很多年，但是現在使用這項技術的生產者依然很少，仍然是受到傳統化學農業清耕法的影響。在山西永濟無公害蘋果栽培也有這項技術特點，其總結有三點：深翻改土、樹盤覆草和行間生草。我們所使用的只有兩點：樹盤覆草和行間生草，而對於土壤的改良主要靠微生物、土壤動物和草的根系共同來完成。
對於行間生草，我們所做的也與傳統種草有所不同，傳統種草中通常採用三葉草、鼠茅草等單個草種，這樣的話很難適應複雜多樣的果園生態，而且極易脫離控制，形成草害。我們通過多樣草種的結合，通過具有耐踩踏、易分櫱等多種草類的優勢互補，達到最佳的效果。而且通過一年生與二年生草類的結合既可以達到以草改土的目的，又便於管理，不易形成草害。
種草不僅有利於土壤的改良，也可以吸引更多的害蟲天敵，豐富生態鏈。還可以起到防止土壤流失、抑制雜草生長、刺激果樹生長等特性。當草長高後，可以使用割草機進行人為收割，收割後的雜草既可以發酵液體有機肥，也可以作為飼料進行過腹還田，也可以直接覆蓋在輸盤範圍內進行直接還田即可。除此之外，在草坪的覆蓋下，土壤中的病菌難以通過農事操作等與作物直接接觸，降低由土傳病菌所引發的病害。
增施有機肥
傳統種植中常使用有機肥與深耕共同進行土壤改良，但是根據最新研究發現：有機肥在沒有進行充分腐熟的情況下，如果在秋季深埋到土壤中，那麼在春天氣溫回升後非常容易引起“燒根”的情況發生，典型病症是樹葉黃化、樹勢衰弱，如果將土撥開，會發現根系呈黑色，嚴重腐爛，最終死亡。主要就是因為，土壤中微生物的含量與土壤的深度有關，土壤表層的微生物最多，越深的土壤微生物含量逐漸減少。而且表層的微生物以好氧型為主，深層次土壤則以厭氧型為主，有機肥被施用在以厭氧菌為主的深層土壤中，會繼續進行厭氧發酵，釋放的硫化氫等氣體會聚集在根系周圍造成氣體毒害所致。
以往使用的有機肥多為有機肥廠上所銷售，更多的則為自家堆漚發酵。有機肥廠雖使用菌劑進行發酵，但是收到經濟效益的影響，發酵時間較短，難以充分腐熟，在自家發酵的堆肥則沒有發酵菌劑的協助，即便有時間上的保證也很難腐熟。我們在實踐時通過使用發酵菌劑自己進行發酵，也在時間上保證腐熟的程度。
除此之外，我們在使用的方法上也與以往不同。通過將經過發酵的生物有機肥進行表面撒施，如果土壤過幹可以進行淺翻。在這種情況下，土壤表層的好氧性微生物可以持續將有機肥充分腐熟，並將有機質分解為作物可以利用的形態。而且分解釋放的養分會隨著下雨滲透、土壤動物的活動將土壤表層的養分攜帶至土壤中以供根系吸收。
在有機肥發酵和使用的時機上也有所調整。在6月份氣溫最高時就開始進行發酵，而使用時期則為10-11月份，也就是果實採摘之後隨著月子肥使用。主要因素有兩個：一、從秋季開始氣溫逐漸下降，6-8月是氣溫最高的時候，微生物的活性最強，發酵所需時間最短。
二、8、9月份左右果園農事操作較多，很難分出精力進行有機肥的發酵，而在6、7月份，農事操作較少且不集中，在這個時期進行有機肥發酵不論是從哪方面而言都是最佳選擇，而且秋季所使用的有機肥質量也最優。
生物保護膜
在農業環境中，病菌的來源主要有兩點：土壤殘留以及通過風等媒介而來。通過土壤修復改良以及微生態的平衡來抑制土傳病害的發生，而且通過合理施肥、土壤肥力的提升等措施提高果樹對於病蟲害的抵抗能力。但是在某些外界因素的影響下，果樹仍然會遭到病菌的侵襲。在這樣的背景下，通過噴灑生物保護膜來阻止病菌的入侵。生物膜中所攜帶的天然帶正電荷物質可以與帶負電荷的病菌結合，使其難以進入果樹組織內部。
生物保護膜
在農業環境中，病菌的來源主要有兩點：土壤殘留以及通過風等媒介而來。通過土壤修復改良以及微生態的平衡來抑制土傳病害的發生，而且通過合理施肥、土壤肥力的提升等措施提高果樹對於病蟲害的抵抗能力。但是在某些外界因素的影響下，果樹仍然會遭到病菌的侵襲。在這樣的背景下，通過噴灑生物保護膜來阻止病菌的入侵。生物膜中所攜帶的天然帶正電荷物質可以與帶負電荷的病菌結合，使其難以進入果樹組織內部。
以蟲控蟲
根據多年的觀察發現，當前單一化種植模式的推廣及普及是農業蟲害大量爆發最重要的原因，因此人們提倡多作物混合種植以減少害蟲爆發率。而且，通過我們在自然農法國際研究開發中心的實驗證明，在多作物混合種植的情況下，害蟲天敵顯著增加，而這裡面還有一個很重要的原因就是殺蟲劑的禁用，通過多種作物混種以及不使用殺蟲劑來構建農業生態系統。除此之外，從保護土著天敵的角度出發，可以種植一些誘集植物，使得害蟲天敵在某一區域內聚集生活，快速促進區域性完整食物鏈的建立，起到控制害蟲數量的作用並長期保持穩定。
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