根据农业部发布的《到2020年农药使用量零增长行动方案》中“预防为主、综合防治”的方针，通过对易发病虫害的机理剖析进行，结合农业管理以及相应的药剂预防，阻挡病菌发生的途径，从源头做起。
添加复合微生物菌剂
菌剂添加的主要目的在于土壤结构的修复、土壤病菌的抑制、土壤化学性状的平衡三个方面。根据土壤污染的情况确定菌剂添加的数量，常规做法为：在早春以及越冬前的灌溉根据2kg/亩的数量随水稀释即可，如果土壤板结、酸碱化严重时根据严重情况在2-5kg/亩进行调整。
根据在昌平区果园的研究操作发现，使用微生物菌剂可以分解土壤中残留的杂草、落叶以及残留的根系，可以明显提高有机质的含量、刺激土著有益微生物，通过生态位占据、优势主导现象以此来抑制病菌的滋生。而且，我们还发现，由于有益微生物的存在土壤中的蚯蚓数量呈显著上升，在使用初期蚯蚓数量增加了120％-150％，每用手抓一把土平均有7-9条蚯蚓（小型），通过生物和物理两方面来达到对土壤的修复。
控制肥料的投入
通过世界知名农学家徐会连博士的研究发现：病虫害的发生与作物体内的氮素营养代谢水平相关。作物体内过剩的氮素养分会引发病虫害的发生，通过控制肥料（尤其是氮素的投入）的施入可以降低作物体内剩余的氮素养分，并以此来降低病虫害的发生。而法国生物学家弗朗西斯经过多年的研究也发现，植物对于抵御害虫侵袭的能力与自身物质的平衡具有一定的关系，当植物体内养分积累过多时，从自然平衡的角度来讲，就会有昆虫前来取食以维持区域养分的均衡性。“取食共生理论”认为，生长在健康植物上的害虫只会挨饿。因为害虫体内没有水解蛋白酶，水解蛋白酶的作用主要是帮助切断蛋白质分子的肽键，将蛋白质分子分解为氨基酸分子，以便于吸收。害虫不可以直接吸收蛋白质，因此，必须在植物的汁液中找到足够的氨基酸，以补充自身蛋白质，繁衍后代。从害虫的角度来看，健康的植物并不可口，因此健康的植物不会遭遇严重的虫害。在相同环境下，体内氨基酸含量多的植物更受害虫的青睐。
而且，通过肥料的控制投入，还可以提高农产品的品质，降低肥害，也就是降低硝酸盐的含量。研究表明，硝酸盐本身对于人体并没有危害，但是硝酸盐会在人体内转化成亚硝酸盐，而过量的亚硝酸盐会导致高铁血红蛋白症的发生以及诱发癌症等一系列疾病。通过我们的实验证明，控制肥料的投入不仅可以降低病虫害发生的几率，还可以降低果实中硝酸盐的含量，通过从超市中随机采购并检测发现：传统模式种植中的苹果硝酸盐含量为280-425mg/0.5kg，而使用该模式所种植出的苹果中硝酸盐的含量仅为≤15mg/0.5kg，远远低于标准值。而且苹果中的抗氧化物质大幅度提升，其切口暴露在空气中可保持24h以上不变色。
果园生草
果园生草这一技术点被普及了很多年，但是现在使用这项技术的生产者依然很少，仍然是受到传统化学农业清耕法的影响。在山西永济无公害苹果栽培也有这项技术特点，其总结有三点：深翻改土、树盘覆草和行间生草。我们所使用的只有两点：树盘覆草和行间生草，而对于土壤的改良主要靠微生物、土壤动物和草的根系共同来完成。
对于行间生草，我们所做的也与传统种草有所不同，传统种草中通常采用三叶草、鼠茅草等单个草种，这样的话很难适应复杂多样的果园生态，而且极易脱离控制，形成草害。我们通过多样草种的结合，通过具有耐踩踏、易分蘖等多种草类的优势互补，达到最佳的效果。而且通过一年生与二年生草类的结合既可以达到以草改土的目的，又便于管理，不易形成草害。
种草不仅有利于土壤的改良，也可以吸引更多的害虫天敌，丰富生态链。还可以起到防止土壤流失、抑制杂草生长、刺激果树生长等特性。当草长高后，可以使用割草机进行人为收割，收割后的杂草既可以发酵液体有机肥，也可以作为饲料进行过腹还田，也可以直接覆盖在输盘范围内进行直接还田即可。除此之外，在草坪的覆盖下，土壤中的病菌难以通过农事操作等与作物直接接触，降低由土传病菌所引发的病害。
增施有机肥
传统种植中常使用有机肥与深耕共同进行土壤改良，但是根据最新研究发现：有机肥在没有进行充分腐熟的情况下，如果在秋季深埋到土壤中，那么在春天气温回升后非常容易引起“烧根”的情况发生，典型病症是树叶黄化、树势衰弱，如果将土拨开，会发现根系呈黑色，严重腐烂，最终死亡。主要就是因为，土壤中微生物的含量与土壤的深度有关，土壤表层的微生物最多，越深的土壤微生物含量逐渐减少。而且表层的微生物以好氧型为主，深层次土壤则以厌氧型为主，有机肥被施用在以厌氧菌为主的深层土壤中，会继续进行厌氧发酵，释放的硫化氢等气体会聚集在根系周围造成气体毒害所致。
以往使用的有机肥多为有机肥厂上所销售，更多的则为自家堆沤发酵。有机肥厂虽使用菌剂进行发酵，但是收到经济效益的影响，发酵时间较短，难以充分腐熟，在自家发酵的堆肥则没有发酵菌剂的协助，即便有时间上的保证也很难腐熟。我们在实践时通过使用发酵菌剂自己进行发酵，也在时间上保证腐熟的程度。
除此之外，我们在使用的方法上也与以往不同。通过将经过发酵的生物有机肥进行表面撒施，如果土壤过干可以进行浅翻。在这种情况下，土壤表层的好氧性微生物可以持续将有机肥充分腐熟，并将有机质分解为作物可以利用的形态。而且分解释放的养分会随着下雨渗透、土壤动物的活动将土壤表层的养分携带至土壤中以供根系吸收。
在有机肥发酵和使用的时机上也有所调整。在6月份气温最高时就开始进行发酵，而使用时期则为10-11月份，也就是果实采摘之后随着月子肥使用。主要因素有两个：一、从秋季开始气温逐渐下降，6-8月是气温最高的时候，微生物的活性最强，发酵所需时间最短。
二、8、9月份左右果园农事操作较多，很难分出精力进行有机肥的发酵，而在6、7月份，农事操作较少且不集中，在这个时期进行有机肥发酵不论是从哪方面而言都是最佳选择，而且秋季所使用的有机肥质量也最优。
生物保护膜
在农业环境中，病菌的来源主要有两点：土壤残留以及通过风等媒介而来。通过土壤修复改良以及微生态的平衡来抑制土传病害的发生，而且通过合理施肥、土壤肥力的提升等措施提高果树对于病虫害的抵抗能力。但是在某些外界因素的影响下，果树仍然会遭到病菌的侵袭。在这样的背景下，通过喷洒生物保护膜来阻止病菌的入侵。生物膜中所携带的天然带正电荷物质可以与带负电荷的病菌结合，使其难以进入果树组织内部。
生物保护膜
在农业环境中，病菌的来源主要有两点：土壤残留以及通过风等媒介而来。通过土壤修复改良以及微生态的平衡来抑制土传病害的发生，而且通过合理施肥、土壤肥力的提升等措施提高果树对于病虫害的抵抗能力。但是在某些外界因素的影响下，果树仍然会遭到病菌的侵袭。在这样的背景下，通过喷洒生物保护膜来阻止病菌的入侵。生物膜中所携带的天然带正电荷物质可以与带负电荷的病菌结合，使其难以进入果树组织内部。
以虫控虫
根据多年的观察发现，当前单一化种植模式的推广及普及是农业虫害大量爆发最重要的原因，因此人们提倡多作物混合种植以减少害虫爆发率。而且，通过我们在自然农法国际研究开发中心的实验证明，在多作物混合种植的情况下，害虫天敌显著增加，而这里面还有一个很重要的原因就是杀虫剂的禁用，通过多种作物混种以及不使用杀虫剂来构建农业生态系统。除此之外，从保护土著天敌的角度出发，可以种植一些诱集植物，使得害虫天敌在某一区域内聚集生活，快速促进区域性完整食物链的建立，起到控制害虫数量的作用并长期保持稳定。
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