1723年8月末，罗卜藏丹津在青海察罕托罗海举行会盟，相约各部台吉、各寺庙活佛、主持等共同反清。清廷的失信，早已让和硕特诸台吉大为不满，只是缺少一个领头人而已，罗卜藏丹津登高一呼，顿时得到众人响应。除了察罕丹津、额尔德尼额尔克托克托奈两人死心塌地投靠清廷之外，阿喇布坦鄂木布、阿旺丹津、巴勒珠尔阿喇布坦、吹拉克诺木齐、阿喇布坦苏巴泰、罗卜藏察罕等17名台吉参与会盟，拥立罗卜藏丹津为“达赖洪台吉”，并决定，众台吉具令呼旧日名号，一概不许呼王、贝勒、贝子、公等清朝封号。
除了世俗贵族，各大寺庙的喇嘛僧人也积极参与了罗卜藏丹津的行动。德庆寺住持察罕诺门罕、郭隆寺达克玛活佛也参加会盟，在他们的带动下，西宁一带格鲁派大小寺庙及中甸、阿冈、多卜藏马嘉、铁布、纳珠公寺、朝天堂、卓子山、先密寺、兴马寺、西脱巴等地的蒙古、藏、土族人众，近20万人参与反清，声势浩大。
既然举事，便要兵贵神速。会盟一结束，罗卜藏丹津及诸台吉便率军分路攻取了西宁的南川、北川、西川、镇海堡、申中堡和归德等地。一时间，川、陕及甘、凉、肃州地区大受震动，清朝的西部战云密布。原本想在来年开春才解决青海问题的雍正皇帝见事态已不可收拾，立即急令陕甘总督年羹尧为“抚远大将军”，四川提督岳钟琪为“奋威将军”，率军两万入青海“平叛”。
年羹尧早就做好了进军青海的准备，虽然仓促上阵，倒也从容不迫。十分周密的将进剿大军分为三路。一路北进，扼守布陲吉尔河，防其北犯；一路南行，驻守里塘、巴塘、察木多等地，断其入藏之路；一路为主力军，由奋威将军岳钟琪直接指挥，由西宁、松潘、甘州等处，分路进攻南川、北川、西川、镇海堡和归德等地。大战在即。
战争刚一开始，罗卜藏丹津便犯了一个致命的错误。虽然在他的麾下有青海几乎所有的僧俗人众，但大多数都是百姓和僧侣，并非作战部队。他所能掌握的野战军实力并不雄厚。而在攻下西宁周边的各个要塞、堡垒后，他分兵据守，使得手中的兵力更为分散，给了清军各个击破的机会。
1723年10月，年羹尧的大军攻入青海。12日向正在攻打镇海堡的和硕特军发起攻击。攻打镇海堡的和硕特军统帅是阿旺丹津，遭到清军攻击后死战不退，并向罗卜藏丹津请援。20日，罗卜藏丹津派派3000人增援。双方反复争夺，死伤枕籍，激战5日，清军援军陆续开到，和硕特军死伤惨重，被迫撤退。
与此同时，罗卜藏丹津正亲自率领5000人据守申中堡，与清军进行轮番争夺。镇海堡的失败，使得那里的满洲兵、绿营兵几千人前来支援，罗卜藏丹津洪独力难支，遂率众撤出了申中堡。两处失利，引起连锁反应。西宁北面的新城堡、上北塔和下北塔的众喇嘛组成僧军死守堡垒，清军屡攻不下。罗卜藏丹津撤出申中堡后，堡外清军绿营兵参将宋可进率领3000人立即转向攻打，众喇嘛腹背受敌，全部战死。
初一交战，和硕特一方先机尽失，从主动迅速陷入被动。1724年正月，奋威将军岳钟琪率领的中路主力军前锋，抵达西宁东北的郭隆寺一带。这里没有罗卜藏丹津的军队，但寺中喇嘛与百姓自发起来对抗清军。12日，双方交战于郭隆寺东北的哈喇直沟。清军“直前奋战，斩贼数千，据其三岭，毁其十寨”，喇嘛僧众战死无数。13日，清军进至郭隆寺附近的山谷，千余名喇嘛前来伏击，被清军打退，只得逃入山洞。清军聚薪放火，众喇嘛不愿逃出，被活活熏死于洞内。
扫清外围后，清军攻入郭隆寺，达克玛活佛以下6000名喇嘛全部战死，郭隆寺被烧成白地。这一战，是清军入青海最激烈一战，仅川陕官兵腰刀砍缺者就有三四百口，年羹尧也说：“自三藩平定以来未有如此大战者。”人均说佛教摧毁斗志，郭隆寺喇嘛们的壮举，足以提出强有力反证。由于大批清军的推进，罗卜藏丹津及诸台吉的队伍，被迫陆续西撤。而清军则乘胜追击。
1724年2月，岳钟琪分兵三路，开往青海湖北岸的伊克哈尔济。在伊克哈尔济地方，阿喇布坦鄂木布、巴勒珠尔阿喇布坦两台吉及其属下被清军俘虏。2月14日，一路清军开赴青海湖西北的希尔哈地方。台吉吹拉克诺木齐率所部抵抗，旋被击败，吹拉克诺木齐及属下300余人逃至乌兰白克地方，但还是被清军抓获。同时，清军副将军阿喇纳自天青察罕哈达西趋哈喇淖尔，台吉阿喇布坦苏巴泰率部拒清军不敌，尽弃牛羊逃走。其余两路均取得胜利，岳钟琪自率精兵5000人，自布尔哈达、察罕哈达经哈喇淖尔，2月20日进抵柴达木。
2月22日，岳钟琪大军进至柴达木以东的乌兰穆和尔，对罗卜藏丹津的营地发起突然袭击。其时，罗卜藏丹津部属尚未起床，人不及衣，马未衔勒。在突袭之下仓皇逃散，溃不成军。罗卜藏丹津的母亲阿尔泰夫人、妹夫克勒克济农藏巴吉查及其属下人口均被清军俘获。罗卜藏察罕台吉等率领属下被迫归降清军。罗卜藏丹津仅率200余人出逃。
清军以每天数百里的行进速度追赶数日，罗卜藏丹津身边人马日益减少，眼看难以幸免。所幸，山穷水尽之时，逃至青海和西藏交界处桑骆海，这里红柳蔽天，目望不及，清军迷失方向。罗卜藏丹津骑白驼，穿越红柳，投奔了准噶尔汗国的策妄阿拉布坦。
至此，罗卜藏丹津的叛乱完全归于失败。胜利者有足够的理由对失败者进行清算。罗卜藏丹津逃到准噶尔后，清廷对青海僧俗百姓进行大屠杀，先后有8万余人遇害，和硕特蒙古人口锐减，实力大衰。而对于大多参与罗卜藏丹津叛乱的寺庙，清廷更是认为“成藏垢纳污之地”，大力进行消减，对寺院的喇嘛人数及房屋规模加以严格限制，规定“寺庙之房不得超过200间，喇嘛多者300人，少者十数人”，并由中央政府定期稽查。
罗卜藏丹津逃至准噶尔汗国后，受到策妄阿拉布坦、噶尔丹策零两代汗王的保护，甚至引发了清准之间的大战。但在1755年，准噶尔汗国灭亡，他还是做了清朝的俘虏，被押送北京。乾隆皇帝以蒙古各部都已归服，若杀他只会“有损圣德”，便免其死罪，并赏给房屋，令其居住，同时授任其二子为蓝翎侍卫。罗卜藏丹津后来老死于北京，竟然得了善终。只是，那些追随他的子民们，却没有那么好的结局了。
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