1723年8月末，羅卜藏丹津在青海察罕託羅海舉行會盟，相約各部臺吉、各寺廟活佛、主持等共同反清。清廷的失信，早已讓和碩特諸臺吉大為不滿，只是缺少一個領頭人而已，羅卜藏丹津登高一呼，頓時得到眾人響應。除了察罕丹津、額爾德尼額爾克托克托奈兩人死心塌地投靠清廷之外，阿喇布坦鄂木布、阿旺丹津、巴勒珠爾阿喇布坦、吹拉克諾木齊、阿喇布坦蘇巴泰、羅卜藏察罕等17名臺吉參與會盟，擁立羅卜藏丹津為“達賴洪臺吉”，並決定，眾臺吉具令呼舊日名號，一概不許呼王、貝勒、貝子、公等清朝封號。
除了世俗貴族，各大寺廟的喇嘛僧人也積極參與了羅卜藏丹津的行動。德慶寺住持察罕諾門罕、郭隆寺達克瑪活佛也參加會盟，在他們的帶動下，西寧一帶格魯派大小寺廟及中甸、阿岡、多卜藏馬嘉、鐵布、納珠公寺、朝天堂、卓子山、先密寺、興馬寺、西脫巴等地的蒙古、藏、土族人眾，近20萬人參與反清，聲勢浩大。
既然舉事，便要兵貴神速。會盟一結束，羅卜藏丹津及諸臺吉便率軍分路攻取了西寧的南川、北川、西川、鎮海堡、申中堡和歸德等地。一時間，川、陝及甘、涼、肅州地區大受震動，清朝的西部戰雲密佈。原本想在來年開春才解決青海問題的雍正皇帝見事態已不可收拾，立即急令陝甘總督年羹堯為“撫遠大將軍”，四川提督嶽鍾琪為“奮威將軍”，率軍兩萬入青海“平叛”。
年羹堯早就做好了進軍青海的準備，雖然倉促上陣，倒也從容不迫。十分周密的將進剿大軍分為三路。一路北進，扼守布陲吉爾河，防其北犯；一路南行，駐守裡塘、巴塘、察木多等地，斷其入藏之路；一路為主力軍，由奮威將軍嶽鍾琪直接指揮，由西寧、松潘、甘州等處，分路進攻南川、北川、西川、鎮海堡和歸德等地。大戰在即。
戰爭剛一開始，羅卜藏丹津便犯了一個致命的錯誤。雖然在他的麾下有青海幾乎所有的僧俗人眾，但大多數都是百姓和僧侶，並非作戰部隊。他所能掌握的野戰軍實力並不雄厚。而在攻下西寧周邊的各個要塞、堡壘後，他分兵據守，使得手中的兵力更為分散，給了清軍各個擊破的機會。
1723年10月，年羹堯的大軍攻入青海。12日向正在攻打鎮海堡的和碩特軍發起攻擊。攻打鎮海堡的和碩特軍統帥是阿旺丹津，遭到清軍攻擊後死戰不退，並向羅卜藏丹津請援。20日，羅卜藏丹津派派3000人增援。雙方反覆爭奪，死傷枕籍，激戰5日，清軍援軍陸續開到，和碩特軍死傷慘重，被迫撤退。
與此同時，羅卜藏丹津正親自率領5000人據守申中堡，與清軍進行輪番爭奪。鎮海堡的失敗，使得那裡的滿洲兵、綠營兵幾千人前來支援，羅卜藏丹津洪獨力難支，遂率眾撤出了申中堡。兩處失利，引起連鎖反應。西寧北面的新城堡、上北塔和下北塔的眾喇嘛組成僧軍死守堡壘，清軍屢攻不下。羅卜藏丹津撤出申中堡後，堡外清軍綠營兵參將宋可進率領3000人立即轉向攻打，眾喇嘛腹背受敵，全部戰死。
初一交戰，和碩特一方先機盡失，從主動迅速陷入被動。1724年正月，奮威將軍嶽鍾琪率領的中路主力軍前鋒，抵達西寧東北的郭隆寺一帶。這裡沒有羅卜藏丹津的軍隊，但寺中喇嘛與百姓自發起來對抗清軍。12日，雙方交戰於郭隆寺東北的哈喇直溝。清軍“直前奮戰，斬賊數千，據其三嶺，毀其十寨”，喇嘛僧眾戰死無數。13日，清軍進至郭隆寺附近的山谷，千餘名喇嘛前來伏擊，被清軍打退，只得逃入山洞。清軍聚薪放火，眾喇嘛不願逃出，被活活燻死於洞內。
掃清外圍後，清軍攻入郭隆寺，達克瑪活佛以下6000名喇嘛全部戰死，郭隆寺被燒成白地。這一戰，是清軍入青海最激烈一戰，僅川陝官兵腰刀砍缺者就有三四百口，年羹堯也說：“自三藩平定以來未有如此大戰者。”人均說佛教摧毀鬥志，郭隆寺喇嘛們的壯舉，足以提出強有力反證。由於大批清軍的推進，羅卜藏丹津及諸臺吉的隊伍，被迫陸續西撤。而清軍則乘勝追擊。
1724年2月，嶽鍾琪分兵三路，開往青海湖北岸的伊克哈爾濟。在伊克哈爾濟地方，阿喇布坦鄂木布、巴勒珠爾阿喇布坦兩臺吉及其屬下被清軍俘虜。2月14日，一路清軍開赴青海湖西北的希爾哈地方。臺吉吹拉克諾木齊率所部抵抗，旋被擊敗，吹拉克諾木齊及屬下300餘人逃至烏蘭白克地方，但還是被清軍抓獲。同時，清軍副將軍阿喇納自天青察罕哈達西趨哈喇淖爾，臺吉阿喇布坦蘇巴泰率部拒清軍不敵，盡棄牛羊逃走。其餘兩路均取得勝利，嶽鍾琪自率精兵5000人，自布爾哈達、察罕哈達經哈喇淖爾，2月20日進抵柴達木。
2月22日，嶽鍾琪大軍進至柴達木以東的烏蘭穆和爾，對羅卜藏丹津的營地發起突然襲擊。其時，羅卜藏丹津部屬尚未起床，人不及衣，馬未銜勒。在突襲之下倉皇逃散，潰不成軍。羅卜藏丹津的母親阿爾泰夫人、妹夫克勒克濟農藏巴吉查及其屬下人口均被清軍俘獲。羅卜藏察罕臺吉等率領屬下被迫歸降清軍。羅卜藏丹津僅率200餘人出逃。
清軍以每天數百里的行進速度追趕數日，羅卜藏丹津身邊人馬日益減少，眼看難以倖免。所幸，山窮水盡之時，逃至青海和西藏交界處桑駱海，這裡紅柳蔽天，目望不及，清軍迷失方向。羅卜藏丹津騎白駝，穿越紅柳，投奔了準噶爾汗國的策妄阿拉布坦。
至此，羅卜藏丹津的叛亂完全歸於失敗。勝利者有足夠的理由對失敗者進行清算。羅卜藏丹津逃到準噶爾後，清廷對青海僧俗百姓進行大屠殺，先後有8萬餘人遇害，和碩特蒙古人口銳減，實力大衰。而對於大多參與羅卜藏丹津叛亂的寺廟，清廷更是認為“成藏垢納汙之地”，大力進行消減，對寺院的喇嘛人數及房屋規模加以嚴格限制，規定“寺廟之房不得超過200間，喇嘛多者300人，少者十數人”，並由中央政府定期稽查。
羅卜藏丹津逃至準噶爾汗國後，受到策妄阿拉布坦、噶爾丹策零兩代汗王的保護，甚至引發了清準之間的大戰。但在1755年，準噶爾汗國滅亡，他還是做了清朝的俘虜，被押送北京。乾隆皇帝以蒙古各部都已歸服，若殺他只會“有損聖德”，便免其死罪，並賞給房屋，令其居住，同時授任其二子為藍翎侍衛。羅卜藏丹津後來老死於北京，竟然得了善終。只是，那些追隨他的子民們，卻沒有那麼好的結局了。
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