俗语道“治国容易治家难”，看似奇怪，却是真理。古今中外不知多少英雄在治国上政绩斐然，家庭却是混乱不堪。策妄阿拉布坦与康熙打了半辈子交道，各有胜败，但在家庭问题上竟然都没能处理妥当，以至于最后连善终与否都为人所怀疑。从1723年以后，策妄阿拉布坦的健康便每况愈下，逐渐不太过问汗国事务，大部分由其长子噶尔丹策零代行职权。
噶尔丹策零的母亲贡嘎拉布丹是和硕特汗国拉藏汗的妹妹，是策妄阿拉布坦的大妃，虽然母国被丈夫所灭，但也三从四德，没有对丈夫离心，一直受到信任。再加噶尔丹策零自己智勇双全，储君的地位本是无可动摇的。可在1723年，贡嘎拉布丹去世，土尔扈特汗国公主出身的侧妃色特尔扎卜便在后宫中地位显赫起来，其所生的罗卜藏索诺在攻打哈萨克立下战功后，母子二人便开始积极运作夺取储位。
噶尔丹策零有着汗国大多数贵族的支持，而罗卜藏索诺除了有外祖父家土尔扈特汗国的支持，也有部分贵族，如罗布藏丹津、罗布藏车凌等把宝押在他一方。兄弟二人明争暗斗，除了公开翻脸，几乎无所不用其极。但所幸策妄阿拉布坦虽然身体衰弱，神志还很清晰，始终没有让两个儿子火并起来。可汗位只有一个，做父亲的再想公平，在这个问题上也终究会彻底偏向一方。噶尔丹策零颇负人望，但外祖父家无所依仗，罗卜藏索诺虽然才能不如兄长，但却有着强大的外援。要把一碗水端平，实在是太难了。
1725年，兄弟相争的结局似乎揭晓了。罗卜藏索诺一系列夺权活动让策妄阿拉布坦最终下了决心，对次子的势力进行打击，甚至想将其处死，罗卜藏索诺仓皇出逃。按照噶尔丹策零的意思，应该兴起大狱，彻底铲除弟弟和后母的势力，但策妄阿拉布坦年事已高，不愿把事情做绝，没有听从。罗卜藏索诺虽然出逃，他的支持者们仍然留在汗廷。这个优柔寡断的决定很快便引发了准噶尔历史上一个重大疑案的爆发，而案件的受害者，便是策妄阿拉布坦自己。
1727年，一支土尔扈特汗国使团来到了伊犁，他们的任务，是代表土尔扈特汗国阿玉奇汗前来商议两国和亲的。可是，使团到达没有多久，准噶尔帝国的统治者，在中亚舞台上叱咤风云38年的策妄阿拉布坦便突然去世，毫无征兆的暴死在宫帐之中，享年62岁。
这是一起类似于“玄武门之变”的宫廷惨剧，因为这是兄弟相残，但也是类似于“烛影斧声”的悬案，因为一个最高统治者不明不白的死亡。大多数史书倾向于是侧妃色特尔扎卜从来自娘家的使团手中获得了毒药，毒死了策妄阿拉布坦，并命自己的党羽准备发动政变，处死噶尔丹策零，让自己的儿子罗卜藏索诺夺取汗位。噶尔丹策零利用自己的威望，获得了大多数贵族的支持，平定了叛乱，处死了后母和她的三个女儿，并将土尔扈特汗国使团成员逮捕，处死了大半。原本属于罗卜藏索诺一党的罗布藏丹津、罗布藏车凌等人也遭到了审判。
但这种说法的来源，都是噶尔丹策零在登上汗位后对父亲的去世和自己的继位所作的解释，虽不能说完全不可信，但胜利者的诉说总是让人有些怀疑。另一种说法，是色特尔扎卜原本是想毒死噶尔丹策零，却误毒死了策妄阿拉布坦，这也看起来有些离奇。
历史上的疑案最吸引人的地方便是有多种可能性，且每个可能性都是既合理又能挑出毛病的。没有更多的史料让我们了解过程的细节，但结果却是实实在在的。那便是，噶尔丹策零成为这场惨剧的最大获益者，铲除了弟弟和后母的势力，成为了准噶尔汗国第五代汗王，而准噶尔汗国也进入了鼎盛的噶尔丹策零时代。
策妄阿拉布坦在位时，汗国在与清朝的战争中，虽然有胜有败，但失去的总是比获得的多。而继承康熙皇位的雍正皇帝在针对准噶尔的问题上也是一如既往的强硬。噶尔丹策零要想维持汗国的生存乃至于超过父亲，就必须比父亲更能整合汗国的力量。为此，他进行了一系列改革。
策妄阿拉布坦时代，准噶尔汗国的属民分为十二个鄂托克，由汗王册封的台吉掌管，而当噶尔丹策零继位时，由于人口的增加，掌管各鄂托克的台吉们变得位高权重，隐隐对汗权产生了威胁。噶尔丹策零于是另设十二个鄂托克，从旧鄂托克中分出属民，规定各鄂托克属民都在6000左右，以散各台吉之势。同时，困扰准噶尔几代汗王的吉尔吉斯人，噶尔丹策零也妥善处理，在其中设立三鄂托克，并给予一定的自治权，保证他们留在汗国内而不再反复。
为了应付对外作战，噶尔丹策零还设立了独立的军事组织“昂吉”，整个汗国设有二十一昂吉。昂吉不是传统的军民合一组织，而是完全的常备军，不从事生产，所有军需均由锡尔河、阿姆河、撒马尔罕、塔什干、布哈拉等地的城镇供应，平日里便是进行军事训练，随时准备搏杀疆场。
另外，噶尔丹策零还继承和发扬了叔祖噶尔丹的战术，请瑞典人列纳特教自己的人民铸造火炮，并让他组建了1000人的专门炮兵部队——“包沁”。这个列纳特是俄瑞战争中被俄罗斯俘虏的，后在俄军中服役，1720年斋尔湖之战中又被准噶尔军俘虏。噶尔丹策零使他成为汗国的科技顾问，在他的指导下，准噶尔人掌握了制造轻型火炮的技术，结束了火炮进口的历史。
从巴图尔珲台吉至今，准噶尔的汗王中除了噶尔丹，最有治国才能的便是噶尔丹策零，这一系列改革竟然在他继位后一年中便完成了。汗国不但没有因为策妄阿拉布坦的暴死而发生内乱，反而更加团结和强大。这对于远在北京的雍正皇帝，实在不是好消息。而更为糟糕的是，雍正皇帝对于这一切懵然不知，还以为噶尔丹策零年少可欺。
当噶尔丹策零派使者通知他自己继位，并希望友好相处的时候，雍正皇帝傲慢的提出必须将青海反清起义的领导者罗卜藏丹津绑送北京，才能“始建友好之谊”。同时，以宗主国皇帝的身份册封噶尔丹策零为“珲台吉”。
1728年夏，噶尔丹策零接见清朝使臣，明确的表示，罗卜藏丹津是自己父亲在世时前来投奔的，自己将他出卖是背叛父亲，因此不能满足清朝的要求。同时，准噶尔并不是清朝的臣属，不能接受册封，雍正皇帝的谕旨不开封退回。被扫了面子的雍正皇帝自然不会讲这口气生咽下去，立即开始调兵遣将，准备征伐准噶尔。1729年3月，命领侍卫内大臣、三等公傅尔丹为靖边大将军，沿额尔齐斯河进军，川陕总督、三等公岳钟琪为宁远大将军，进驻巴尔库尔，分北、西两路向准噶尔进军。
清朝的反映如此之快，来势如此之猛，出乎了噶尔丹策零的意料。为了争取时间，他派使臣前往清军大营，谎称自己已经打算将罗卜藏丹津送往北京，但没想到清军来犯，只好又将其送回伊犁。西路军总指挥岳钟琪信以为真，将使臣送往北京，攻势停了下来。1730年三月，使臣到达北京，雍正皇帝也被蒙骗，认为噶尔丹策零已经服软，便将“进兵之期，暂缓一年”。
获得了充足准备时间的噶尔丹策零在汗国进行了总动员，命大将马木特和堂侄策凌纳姆扎尔率军26000驻扎木鲁河，防备西路清军；堂叔大策零顿多布和堂弟小策零顿多布率军30000驻守额尔齐斯、乌龙古、博克塞里一代，防备北路清军，并命令频频骚扰，暂时不与之决战。原本占尽先机的清军顿时陷入全面的被动挨打，个个边境卡伦屡屡遭袭，兵员、牲畜、物资损失无算，西路军的岳钟琪左支右绌，狼狈不堪。
为了扭转被动局面，北路清军总指挥傅尔丹奏请在科布多筑城，作为进攻准噶尔的桥头堡。雍正皇帝认为可行，予以准奏。1731年五月， 傅尔丹率军20000进驻科布多，开始筑城。这对于准噶尔来说，清军此举等于是卡住了自己在阿尔泰地区的咽喉。为了阻止清军，骚扰之类的小打小闹已不能解决问题，只能用一场决战来迫使其退回。于是，大小策零顿多布这对叔侄于六月率军30000前进至从阿尔泰山博克托岭到科布多的必经之地——和通脑儿。
这对叔侄都是智勇双全的将领，为了能够一举摧毁清军主力，两人将主力埋伏，只派两千轻骑前往科布多诱敌。傅尔丹毕竟也是清军方面大员，并没有马上被诱，仍然坚守营盘，加紧筑城。一计不成，策零顿多布叔侄又派出一名探子故意被清军抓住，忍受严刑拷打后，“勉强”供出准噶尔军人马不足的“机密”。
这一次，一直希望能够重创准噶尔军挽回颓势的傅尔丹终于坠入彀中，9日亲率主力10000余人出城寻敌，18日与准噶尔军诱敌的2000人遭遇，准噶尔军且战且退，将清军引诱至博克托岭。20日，当一路劳顿的清军还在“乘胜追击”的感觉中洋洋自得时，早已经枕戈待旦的准噶尔军在大小策零顿多布率领下对清军发动了总攻。
由瑞典人列纳特指挥的炮兵对清军狂轰乱炸，待炮火停止后，准噶尔骑兵从四面八方包抄而来。已经被火炮轰击得晕头转向的清军顿时大乱，无法保持队形。傅尔丹连忙指挥全军后撤，可已经混乱军队的撤退很快演变成了溃逃，自相践踏，死伤枕籍。准噶尔军乘胜追击，在和通脑儿将清军追上，将之分割包围，清军的指挥系统完全混乱，将领们只能各自领兵拼死抵抗。在大兵团作战中，这样的境况无异于毫无还手之力。
很快，清军的抵抗被粉碎。散佚大臣达福、将军常禄、副将巴塞、查弼纳、马尔萨等战死，前锋统领丁寿、参赞苏图、副都统戴豪、印务侍郎永图、觉罗海兰、将军马尔齐等突围无望而自尽，士卒战死4000余人，被俘5000余人，北路军主力荡然无存。只有主将，靖边大将军傅尔丹在亲兵的保护下突围，率残军逃回科布多。
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