雍正时期，西藏内乱未平，青海战火又起，青藏高原依然动荡不安。
清初，蒙古族落首领顾实汗归顺清朝中央政府的领导。他去世后，他的子孙争位，四年没有结果，最后只能将青藏划分开，子孙们各管一处。
随后，西藏这一支，到了固始汗的曾孙这一代，被入侵的准噶尔军消灭政权。
青海这一支，缺乏统一领导，大体上各部独立为政，但都接受清朝的册封，其中顾实汗的孙子罗卜藏丹津的势力最大，他承袭亲王爵位后曾随同清军进藏，驱逐准噶尔势力。
从地位来说，顾实汗的孙子罗卜藏丹津算是青海地区的一把手，但他不满清朝将青海地区的政治权力分散给各部，他企图在其集中领导下恢复他的爷爷——顾实汗曾经一统青藏的辉煌。
1722年，康熙去世，镇守西部边疆的皇十四子回京奔丧，也有与亲哥哥雍正争夺帝位的意思，这让罗卜藏丹津看到了造反的机会。
他先联系策妄阿拉布坦，希望一起出兵反清，但策妄阿拉布坦不敢轻举妄动，只是怂恿罗卜藏丹津叛清。于是他召集青海、蒙古各部，公开发动武装叛乱，企图将青海从清朝的管辖下独立出去。
罗卜藏丹津下令各部恢复原来的称号，不再称清朝册封的王、贝勒、贝子、公等爵号，不受清王朝导，并集结兵力进攻西宁。虽然没有把西宁攻下，但中原通往西藏的道路却被切断，沿边震动。
雍正做出迅速而强烈的反应，任命年羹尧当总司令（抚远大将军），岳钟琪当副总司令（奋威将军），从陕甘调兵往青海平定反叛。青海地区的各部蒙古首领本就不情愿闹独立，只是受罗卜藏丹津的胁迫，听说清军将至，纷纷投降。
1724年，年羹尧根据有利形势，下令“分道深入，捣其巢穴”。岳钟琪抓住春草未长、叛军人畜乏粮、分散屯驻牧养的时机，长驱直入，奇兵奔袭叛军总部。率五千精兵，均是一人两骑，换马不换人，冒雪昼夜兼进，直扑罗卜藏丹津营帐。叛军遭遇突如其来的猛攻，顿时溃不成军。罗卜藏丹津见大势已去，趁乱换上蒙古妇女的衣饰，带了二百多人投奔准噶尔。其母、弟、妹、妹夫一并被俘。岳钟琪率军乘胜追击，一昼夜驰三百里，直到见不着敌人才还师。
平叛事件青海地区的蒙古族人带来了厄运，人口由康熙时期的20多万减至10多万。而清将岳钟琪兵不过万，只用了15天时间，平定青海叛乱，创造了历史上著名的成功战例。大将军年羹尧也凭借此役名扬朝野，震慑西陲。
至于罗卜藏丹津，后来在乾隆二十年（1755年），清军在平定准噶尔、攻占伊犁时将其俘获。但乾隆对他宽大处理，免去死罪，软禁北京，后来和他的亲属一起，被安置到内蒙古监视居住。
平定叛乱后，清朝采纳了年羹尧的建议，对青海行政建制进行重大改革，青海地区完全置于清朝中央政府直接管辖之下。例如根据“宜分别游牧居住”原则，将青海蒙古族仿照内蒙古分编为29旗，各旗划定游牧界限，规定不得强占牧地，不得互相统属，不得互相往来，这就从制度上杜绝了青海出现挑战中央的政治强人的可能。
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