扫清了政敌，拉藏汗重新回到拉萨的布达拉宫，端坐在了曾祖留下的狮子宝座上，接管了一切权力，并任命一个叫隆素的人为新第巴。桑结嘉措已经败死，但由他所拥立的六世达赖仍然在位，当初发难便是从怀疑达赖的身份开始，如今大局抵定，拉藏汗不打算再认这个不守清规的年轻人做教主了。他上书康熙皇帝，陈述了诛杀桑杰嘉措的情由，并提出废黜六世达赖仓央嘉措的主张。
康熙皇帝原本就对桑结嘉措不满，看到有人替自己动手，自然满心欢喜，立刻于1706年“命护军统领席柱，学士舒兰为使，往封拉藏为‘翼法恭顺汗’”，并“令其拘假达赖喇嘛赴京”。六世达赖仓央嘉措在凄风苦雨中被押解出拉萨，同年12月，在到达青海西宁时病故，年仅24岁。这个无辜的诗人就这样葬送在了权力斗争的漩涡当中。人们同情他，不愿他就这么死去，传说他化妆脱逃，继续在蒙、藏及印度各地传教。
1707年，在拉藏汗的安排下，新任六世达赖阿旺伊西嘉措被迎回拉萨坐床。无论是世俗政权还是教权，拉藏汗都掌握在了手中，在权力的把持上，拉藏汗已经超过了他的曾祖顾实汗。什么东西都是过犹不及的，无论金钱、权力、地位还是荣耀，都不能贪图得太多，否则就会适得其反。
废黜仓央嘉措拥立阿旺伊西嘉措，使得整个汗国无论是西藏、青海还是康区都陷入了混乱，一半因为信仰，一半因为权力。反对拉藏汗的人越来越多，反对的理由也很充分：仓央嘉措虽然行为出轨，但毕竟是按照五世达赖喇嘛的遗言寻找到的，而且并没有什么大错，作为观世音菩萨的化身，怎么可以随便废黜？而你所找到的新六世，有什么证据说他就是真的转世灵童呢？
叛乱出现了，不是在西藏，而是在拉藏汗的大本营——青海。以罗卜藏丹津、察罕丹津为首的诸部首领宣布不承认阿旺伊西嘉措的达赖喇嘛身份，且不再听从拉藏汗的调遣，他们根据仓央嘉措的一首著名情歌“天空洁白的仙鹤，请它借给我双翅，不会远走高飞，到理塘转转就回”作为预言，于1710年在理塘找到了仓央嘉措的转世灵童格桑嘉措，拥立为六世达赖喇嘛，与拉藏汗分庭抗礼。先后三个达赖喇嘛出现，混乱的程度可谓无以复加。
拉藏汗对清廷一向恭顺，也是稳定青藏和黄教教廷的重要力量，大清皇帝自然不会坐视不管，在关键时刻给予拉藏汗支持。康熙皇帝正式册封阿旺伊西嘉措为六世达赖，并派军队到西宁等地对罗卜藏丹津、察罕丹津等首领进行武力威慑，逼迫他们将格桑嘉措送到西宁由清军看护。
拉藏汗对于清廷感激涕零，接受清廷派官员到拉萨与自己共同管理政务。宗主国的庇护，汗国的局势似乎是稳定下来了。失去了西藏僧俗的支持，政、教权力只是在沙滩上；失去了青海诸部的军队拥护，统治的根基已经松动。拉藏汗治下的汗国，稳定，也只能是似乎而已。作为圣城的拉萨，必定还要经过多次血与火的洗礼，才能真正归于安宁。
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