始皇三十四年（前213年），在秦始皇于咸阳宫举行的宫廷大宴上，又发生了一场师古还是师今的争论。焚书之举正是由此引发的。
在宴会上，仆射周青臣，面腴秦始皇，吹捧他自上古不及陛下威德.博士淳于越针对周青臣的腴词提出了恢复分封制的主张。他说： 臣闻殷周之王千余岁，封子弟功臣，自为辅枝。今陛下有海内，而子弟为匹夫，卒有田常、六卿之臣，无辅拂，何以相救哉？事不师古而能长久者，非所闻也。今青臣又面腴，以重陛下之过，非忠臣。秦始皇听后不动声色，把淳于越的建议交给群臣讨论。丞相李斯明确表示不同意淳于越的观点。他反驳说：三代之争，何可法也.儒生 不师今而学古， 道古以害今，如不加以禁止，则 主势降乎上，党与成乎下，统一可能遭到破坏。为了别黑白而定一尊，树立君权的绝对权威，他向秦始皇提出焚毁古书的三条建议：
李斯
（1）除《秦纪》、医药、卜筮、农家经典、诸子和其他历史古籍，一律限期交官府销毁。令下三十日后不交的，处以黥刑并罚苦役四年。
（2）谈论《诗》、《书》者处死，以古非今者灭族，官吏见知不举者，与同罪。
（3）有愿习法令者， 以吏为师。秦始皇批准了李斯的建议。在宴会散后第二天，就在全国各地点燃了焚书之火。
不到30天时间，中国秦代以前的古典文献，都化为灰烬。留下来的只有皇家图书馆内的一套藏书。
在焚书的第二年，又发生了坑儒事件。坑儒不是焚书的直接继续，而是由于一些方士、儒生诽谤秦始皇引起的。秦始皇在攫取到巨大权力和享受到荣华富贵之后，十分怕死。在统一中国之后，他异想天开地要寻求长生不死药。方士侯生、卢生等人迎合其需要，答应为秦始皇找到这种药。按照秦律谎言不能兑现，或者所献之药无效验者，要处以死刑。侯生、卢生自知弄不到长生不死药，不但逃之夭夭，而且诽谤秦始皇天性刚戾自用，专任狱吏 ，事情无论大小，都由他一人决断，贪于权势 等等。秦始皇听后，盛怒不可抑止，以妖言以乱黔首 的罪名，下令进行追查，并亲自圈定460余人活埋于咸阳。这即是所谓的“坑儒”事件。
来看看“焚书坑儒”的实质，“焚书坑儒”的实质其实是统一思想的运动。当年秦始皇统一六国之后，在政治结构上，废除了分封制，在全国范围内施行郡县制；在文化上，统一了文字，以小篆为标准的官用文字；在经济领域内，统一货币，统一度量衡。这些措施都是国家大一统的基本要素，是国家强暴力能够控制的要素。但有些东西是国家强力结构很难驾驭的，特别是在秦朝初年，战国时期刚结束，百家仍然在争鸣中，思想领域内极度混乱，而一个国家能在多大程度上统一，最主要的条件是能在多大程度上形成共同的价值观，而思想混乱是形成共同价值观的大敌。
因此，光在政治、经济、文化等方面有大一统措施还不行，最关键最长远的统一要素是思想的统一，形成统一的核心价值观念，才能让政治、经济、文化等领域内的统一措施有效。而当时最大两种思想潮流就是儒家和法家，儒墨并称显学，但墨家更侧重对农业方法的创新，种地务农。和道家更注重研究身心，人性观的形成探索，名家更注重形而上哲学思考。
对于刚刚统一的秦朝来说，统一思想就是维护大一统的关键措施。因此，秦始皇在找到了几个儒生茬之后，一场统一思想的文化运动就开始了，手段是激烈了点，但客观效果明显的。虽然统一的秦朝只持续了十几年，但秦朝以后的所有统治者，无一不把统一思想看成维护统治的关键手段，到汉武帝罢黜百家，独尊儒术，中国大一统思想正式形成。此后所有的统治者，基本上都把儒家思想作为国家的核心思想。这里需要特别说明一下，秦朝“坑儒”，和汉朝的“尊儒”，其实质是一样的，都是要统一思想。
实际上从汉朝以来，所有的封建统治者，基本上都是施行的“阳儒阴法”，或者是“实法名儒”，就是表面上是采用儒家观点，实际上却是法家的手段。皇帝用法家的方法统治天下，而用儒家的学说教化百姓。法家强调的是法、术、势，古人把这些东西当成是帝王术，作为驾驭百姓群臣的方法；而儒家学说主要是强调仁和礼，仁和礼最大的益处就是从道德上形成行为自觉，而不用采取暴力措施，是维护等级制度的好工具，所以历代统治者都用儒学教化天下。
因为秦始皇焚书坑儒留下千古骂名，给人看为大暴君，其实是冤枉秦始皇了。这个数字事实上是非常小的。在长长的中国历史长河中。杀人成千上万的事情多不胜数。但是，这件事情最大程度上得罪了文人儒生集团，儒家从战国以来一直是个非常猖狂的集团，它反映了要想治国必须以儒术为中心，所以和墨家不合，汉武帝独尊儒术罢黜百家，更让儒家有重要的权力。他们得志后，把罪人指向秦始皇，所以秦始皇成为万世暴君、遗臭千年。比如:刘向杜撰的《唐雎不辱使命》与《荆轲刺秦王》。
本来在事实上焚书坑儒就不是什么大过，焚书坑儒在当时只是为了加强君主专制才那样做的，而且，当时的博士淳于越口口声声地说“不遵从以前的制度和风俗，是不会长久的”，反对郡县制；李斯反对这种说法，才建议始皇焚书的，而且焚毁的只是那些《诗》、《书》、百家语和史书，医药、算卦、农业方面的书并没有焚毁啊。由此，才为坑杀术士铺下了道路。
其实之前，方士侯生、卢生替始皇帝求长生不老药，一直没有寻到，却拿着始皇给的赏赐假心装作忠心。到了焚书后的第二年，方士侯生、卢生与儒生私下批评秦始皇为人反面，始皇得知大怒，认为“平日里这么信任他们，他们却欺骗和背叛我”，这才下令让御史大夫查办，最后认的认，供的供，才有后面的“坑杀术士”。
秦始皇并没有杀淳于越，坑杀术士也是依法处理，欺骗国家财产，在古代是欺君之罪，欺君之罪就是杀头的罪，在今天也是死罪，不是死罪，也是终身监禁。虽然失去很多价值的书，令人感叹，但是秦始皇焚书与坑儒是合情合理。
对于坑儒，史学家们仍有争论。一般来说有三种看法：
（1）第一是历史上并无焚书坑儒一事，这纯属后人的杜撰。持这一观点的是民国时期兴起的“疑古派”，近几十年的出土文物，有力地支持了司马迁《史记》的真实性，从而证明了“疑古派”观点的不成立；
（2）第二是的确坑了一些人，不过那只是些方士，或称术士。秦始皇焚《诗》、《书》，医、卜之类的文籍，不在焚烧之列。司马迁所著的《史记》中，从未提起过“坑儒”二字。且司马迁与汉武帝年龄相仿，按最迟计算（汉武帝崩于公元前87年），司马迁距离焚书坑儒发生的时间，最远不过120多年。120年的时间跨度，是什麽概念？就相当於今天的2012年到1896年（清光绪年间）的跨度。司马迁从十多岁起，就开始遍游中国，二十三岁的时候，其父司马谈去世，司马迁就已经接任其父的职务，担任汉太史令了。如果从司马迁20岁开始算起（-147年），距离焚书坑儒（-212年）的时间跨度，不过65年而已。即相当於2011年往前推65年（相当於中华民国时期的1946年）。在这样一个狭小的时间跨度之内，以司马迁的学识和所处高层的地位，焚书坑儒这样大的事件，不可能不清楚。
3．在关于郡县制的辩论中，丞相李斯斥责儒者依古制实行分封制的主张不合时宜。
所焚何书？为何而焚？
最主要的一本是《尚书》，因为尚书记载上古圣王的治世理念，而秦始皇自以为“功高三皇,德迈五帝”，所以要用自己的治世观念代替上古圣王的治世思想，欲厚今乃焚古。
其次是《诗经》，因为诗经中多赞颂历代君王，始皇不愿有六国遗党颂六国先王。
但，最最重要的或是一本方士《道经》。这道经非现在的老子道德经。此经唯留十六字，十六字心传。
“人心惟危，道心惟微；惟精惟一，允执厥中。”（《古文尚书·大禹谟》）
《荀子·解蔽篇》中也有类似的引注，称：“《道经》曰：‘人心之危．道心之微。’危微之几，惟明君子而后能知之。”（由此推断曾有一本道经，绝非仅有现存的十六字。）
所坑何人？为何而坑？
所坑非儒，而是方士。
因方士所言长生非始皇帝所能修成，长生也非是小小丹药所能达到。（己心不净，何以修行？何以长生？人人本有长生草，己心不净，田园荒芜，何以种得长生。海外三仙山，蓬莱，方丈，瀛洲，不过是人身三大丹田。外求何处求……）
方士接近始皇，非要炼药寻丹，乃是要传《道经》于天下。
始皇恼羞成怒，认为方士们在耍弄自己。于是，先焚道经，后坑方士。
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