衛所是明初確定下來的軍隊編制。十人為一小旗，五小旗為一總旗，二總旗為一百戶所，十百戶所為一千戶所，五千戶所為一衛。一般一衛為5600餘人。陸軍、水軍、騎兵編制統一，蓋莫能外。
嘉靖年間，隨著衛所制的破壞、募兵制的實行和戰爭的頻繁激烈，編制也發生了變化。水兵過去是衛所制，嘉靖時則按船大小和擔負任務的不同，實行不同的編制。車兵的編制為新創，與衛所制不同。騎兵和步兵的編制再不是衛所制，而是營哨制。
營哨制是明中後期的陸兵編制，但不統一。但就南方來講，大體是五人為伍，二伍為什，三什為隊，三隊為哨，五哨為總，五總為營。每營3000人左右。有的把“總”也稱為營，每營五六百人。北方和南方有的稱謂不同。如戚繼光在薊鎮的陸兵編制為十二人為隊，三隊為旗，三旗為局，四局為司，二司為部，三部為營。每營也是3000人左右。有的則是相同的。如徐光啟所練兵的編制為五人為伍，二十五人為隊，五隊為哨，五哨為部，五部為營。每營3000多人。明代軍隊後期的編制中大都有營、有哨，可稱為營哨制。
新的編制出現後，衛所軍中青壯軍卒都編在營哨中。衛所依然存在，但已不是戰鬥組織。
隨著軍隊編制的變化，各級長官的稱謂也與過去不同。一般來說，從過去的小旗、總旗、百戶、千戶、指揮使變成了什長、隊長、哨官、把總、參將。
衛所和營哨不同，其所擔負的任務也不完全相同。衛所是平時組織，駐守一地，訓練部隊，組織屯田。營哨則是機動作戰部隊，東征西戍而不負責屯田。衛所的軍官平時雖訓練部隊，戰時則不一定指揮其部隊作戰；營哨的軍官平時訓練部隊，戰時就帶領所練部隊作戰。營哨制比衛所制更有利於軍隊的平時管理和戰時作戰。明代中後期多實行一頭兩翼或一頭兩翼一尾陣，即以一部為正面主攻，兩部為側翼助攻，餘者策應。營哨制更適應這種戰術要求。
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