1398年，朱元璋去世。由於太子朱標早死，由皇太孫朱允炆即位，年號建文，即明惠帝。建文帝為鞏固中央集權，與親信大臣齊泰、黃子澄等密謀削藩。 周王、代王、齊王、湘王等先後或被廢為庶人或被逼自殺。 同時以邊防為名調離燕王朱棣的精兵，欲剷除燕王。朱棣在姚廣孝的建議下以“清君側，靖內難”的名義起兵，經過四年的奪位戰爭，最後率軍南下，攻佔京師（今南京），史稱靖難之役。建文帝在宮城大火中下落不明。1402年，燕王朱棣即位，改元永樂。
朱棣即位後，對異議者強力鎮壓，諸如黃子澄、齊泰等建文舊臣等
明成祖朱棣
都被殺。其中以方孝孺的“誅十族”和景清的“瓜蔓抄”最為慘烈。明成祖還恢復了明太祖時期後來被廢除的錦衣衛，另外他還設置了另外一個特務組織——東廠，廠衛制度由此確立。
1405年，朱棣將北平改名北京，稱行在，設立北平國子監等衙門。1416年，朱棣公佈遷都的想法，隔年開始大規模營建北京，1420年完工，1421年遷都北京。
永樂時期武功昌盛，明朝收復安南，設交趾布政司。朱棣又親自率兵五徵漠北打擊北元分裂後的韃靼與瓦剌。冊封瓦剌三王，使與韃靼對立；見瓦剌中興之勢，又助韃靼討伐瓦剌，不使任何一方獨大。 同時授予兀良哈蒙古的朵顏、泰寧和福餘三個衛所自治權。朱棣還於1406年和1422年對兀良哈蒙古進行鎮壓，以維持這一地區的穩定。 東北方面，朱棣還安撫東北女真各部，在歸附的建州女真、海西女真設置衛所，並派亦失哈安撫黑龍江下游的野人女真。1407年亦失哈在混同江廟街的對岸塔林設奴兒干都司，亦失哈並於1413年視察庫頁島，宣示明朝對此地的主權。
朱棣實行積極的外交策略，自1405年開始派鄭和下西洋，與各國進行政治經濟來往 ，增長財政收入 的同時將朝貢制度推向巔峰。其艦隊規模空前龐大，最遠到達東非索馬里地區，擴大明朝對南洋、西洋各國的影響力。 《明史》評價明成祖時期的國力“遠邁漢唐” 。
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