在原始社會里，用地下儲藏糧食等食物是最佳的方法。考古人員在田野發掘時，最常見的遺蹟考古術語稱“灰坑”。其形狀多為圓形、也有方形、長方形、和不規則形狀的，“磁山文化遺址”淸理出長方形窖穴較多，深淺不定、大小不等，它的用途也不單一，其中發現儲存糧食的最多和小葉樸堆積的以及其他用途的不等。
磁山遺址發掘淸理灰坑，據第一次發掘報告顯示清理灰坑達460多個，長方形小而深的窖穴最多，其中有糧食堆積或糧食痕跡的窖穴88個，有的地方疏鬆、有的地方比較密集，在探方內難以下腳。如第二發掘區的南端，第48探方、面積僅25平方米的範圍內清理窖穴18個，有的疊壓、有的相互打破，坑口之上基本不見文化層，有的被斷續存在很薄的文化層覆蓋。長方形的窖穴，其長度在0.9至1.3米丶寬0.6至0.9米之間，深度多在1至3米，最深者達6、4米，儲存88糧食窖穴中，純糧食厚度多在2米以上，存有葉樸的一個，厚20釐米左右。佟偉華先生對這88個糧食窖穴曾作過測算，窖內現存糧食量非常可觀、品種單一，顯然偶然，它是經過常年累月的農田耕作，在收穫的季節，打下的糧食不可能很快消費掉的情況下，釆用地下儲糧以備常用，在當時可以說是一大創舉。
《農業考古》雜誌中，對地下儲糧，曾有這麼一段話：“地下儲糧，自發現之時起，就表現了它強大的生命力，近萬年而不衰竭，究其原因，我們認為關鍵在於它能很好地保存糧食。”《新唐書·食貨志》也雲，“粟藏九年，米藏五年，下溼之地，粟藏五年，米藏三年”。在88個純糧食堆積的窖穴中，除少數糧食堆積內清出有完整的豬骨或狗骨外，其他不見任何遺物。這些完整的豬狗骨骼，是它們在覓食過程中不慎跌落在窖內，還是人為地置入其中，本文不再議論。在發掘到純糧食堆積中，常能聞到酒糟黴爛的醇香味。因為窖內潮溼沉積，出土的糧食結成塊狀，用手掰開其斷面，用肉眼也能看到擠壓後的糠皮痕跡，提取上來堆積在一起經過日曬風吹糠粉滿天飛揚。可笑的是我們釆集而來的糧食標本，囬晾曬時，被小豬咀滾得遍地粉末。
在編寫發掘報告的基礎工作中，為了對出土的標本有個科學的結論，石器和獸骨都經過專家鑑定。對出土炭化小酸棗似的植物果實，也有窖藏中出土“莞豆”狀的植物，還有釆集的炭化核桃皮，經科學院植物研究所鑑定：一種為“榛子”、另一種為“小葉樸”、核桃皮稱為“胡桃”。
窖穴中出土的糧食，為了這個權威性的結論，曾三進京城請求鑑定。第一次是筆者和佟偉華先生，攜帶標本到科學院植物研究所請予鑑定，結論是標本已成粉末狀，無法鑑定。回來後又從65號窖穴中提取的糧食標本裝在試管內，馬不仃蹄地到北京又成粉末，無有結果。最後佟偉華先生當時在“北大”攻讀碩士研究生時，利用回家探親的機會，將標本帶到北京請文物部門黃其煦先生採用“灰相法”鑑定出“其中有粟的痕跡”。
這一發現，中國不僅是將野生粟培植為人工粟最早的國家，同時也改變了世界《農史》的植粟年代。中國不僅將人工粟最早呈現給世人，利用地下窖藏儲糧最早，開創了人類的歷史先河。“磁山人”在地下儲糧首先是一大創舉，也是首先用運了春耕、夏耘、秋收、冬藏的古代農業耕作生產客觀規律，發展起來的。
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