肇始於晉代的峨眉山佛教，因東晉名僧惠持和尚創立普賢寺（今萬年寺）而走向了普賢信仰的道路，特別是中唐“華嚴四祖”澄觀和尚（738—839年）“巡禮峨眉”，作《華嚴經疏鈔》將其視作“普賢境界”，使峨眉山普賢信仰得到了進一步發展。到了明代，更是由於帝王的極力扶持和峨眉山僧眾的不懈努力，峨眉山最終成為了中國朝拜普賢菩薩的勝地，中國佛教四大名山之一，並擁有“秀甲天下”的美譽和“神州第一山”的讚譽。
明太祖朱元璋年輕時曾出家為僧，並且親自參加了元末農民戰爭，深知宗教對維護封建統治的作用，所以登上帝位後採取儒、釋、道三教並用的政策。峨眉山佛教在北宋時經帝王的扶持，發展成了繼五臺山之後的中國佛教中心—普賢道場。南宋末至元，四川長期處於戰亂動盪之中，峨眉山佛教的發展停滯不前。洪武十一年（1378年），朱元璋因“峨眉乃普賢應化之地，久乏唱導之師”，敕遣南京天界寺僧寶曇和尚（1334—1393年）前往峨眉山住錫。寶曇“居八年，蜀人鹹被其化。時諸藩邸王侯士庶，施者日至。乃於絕頂光相寺，範銅鑄大士像，構重板屋，以覆志。”（《補續高僧傳》卷二十五，示應傳）朱元璋特賜御詩二首以示褒揚，其中一首為：“山中靜閱歲華深，舉世何人識此心。不獨峨眉幻銀色，從教大地變黃金。”
寶曇圓寂後，朱元璋“遣官諭祭，飯僧三千員，荼毗會者以萬計。”（《補續高僧傳》卷二十五，示應傳）曾經與朱元璋一同在濠州龍興寺出家的廣濟禪師，在朱元璋登上帝位後，因避詔見而隱峨眉山牛心寺。蜀藩王朱椿贈詩讚揚：“高僧飛錫去人間，弘誓何年不出山。有地盡成銀色界，無心常似白雲閒。”
明神宗時，因峨眉山僧別傳建寺造林之功，詔其入京，賜以紫衣、金牌、經書及幡幢法物，並賜號“洪濟禪師”；又因山僧福登募造金殿之功德，於萬曆四十年（1612年）賜號“真正佛子”，當其圓寂後又賜金建，並敕令“凡登未完之功，悉令完之。”
明代帝王們除對峨眉山僧進行褒揚之外，還不斷地敕賜佛經、寺額、法物和外國貢物給峨眉山寺廟和僧人。明憲宗成化二年（1465年）賜靈巖寺“會福寺”額；明神宗萬曆十五年（1587年）賜圓覺庵“護國草菴寺”額，萬曆三十年（1602年）賜普賢寺“聖壽萬年寺”額。據《峨眉山志》記載，明英宗在天順四年（1460年）賜給峨眉山靈巖禪寺一部《大藏經》，明神宗於萬曆二十七年、四十年、四十二年先後賜給白水寺、慈延寺、永明華藏寺各一部《大藏經》，此外，明神宗於萬曆賜給別傳禪師《華嚴經》24部，慈聖皇太后於萬曆十五年（1587年）賜給圓覺庵烏思藏經銀書寫的西域經三本。萬曆十九年（1591年），大佛禪院落成後，明神宗賜給五大典十二部，慈聖皇太后則賜給《華嚴經》、《法華經》各一部及金貝葉經一函。在海會堂有明神宗敕賜的金繡千佛袈裟、紫衣及丁雲鵬所畫八十八祖像。在護國草菴寺中“慈聖皇太后賜有珍珠傘，御書佛號金繡長幡，並九層沉香塔，高丈許，覆以層樓，雕鏤金彩，工極天然。”（清譚鍾嶽《峨山圖說》）
明代帝王還不斷賜金修建峨眉山佛寺。位於絕頂的普光殿，在成化二年（1466年）毀於火。寺僧了鑑求募於蜀藩王朱懷園，王“因憫古佛道場不可費毀，捐資命工重為修建。越三年己丑（1469年）而工畢，峻傑弘麗，於舊尤加。”（朱懷園《重修普光殿記》）又如毀於嘉靖年間的普賢寺，萬曆間奉慈聖皇太后詔新建，“遣中貴二，鼎新一創之，盡革其故。”萬曆三十年（1602年）完工，“上差中使立碑，御書題其額曰‘聖壽萬年寺’，蓋為慈聖祝禧之意。”（袁子讓《遊大峨山記》）這就是保存到今天的萬年寺無樑磚殿。再如峰頂滲金銅殿的建造，緣起於妙峰禪師禮峨眉山鐵瓦殿，發願“鑄三大士滲金像，而以銅殿供之”，“遂杖錫謁潞安沈王，王出萬金……中使銜命，宣慈旨，賜尚方金錢”，銅殿於萬曆癸卯（1603年）秋建成，“王額其寺曰‘永明華藏寺’。”（王毓宗《大峨山永明華藏寺新建銅殿記》）以後妙峰禪師又募造銅殿二座，分別送往五臺山、寶華山。
在帝王們的大力倡導和不斷賜金建寺的帶動下，峨眉山出現了前所未有的建寺高潮。洪武永樂間，繼寶曇重建峰頂鐵瓦殿、廣濟修建清音閣後，僧弘義、圓道相繼重建光林寺（後復舊名靈巖寺）；僧廣圓重修華嚴寺並掘得宋“華嚴堠”碑；僧惠光再建普賢寺併到江西景德鎮募造“盧舍那”瓷佛回山供奉（現今保存於慈佛寺）。宣德天順間，珏禪師開建普賢寺圓寂殿，僧楚山開建千佛禪院（今洪椿坪），後由僧銳峰續建二十餘年始成。成化正德間，繼蜀王朱懷園捐資重建普光殿後，僧本印歷時十載擴建靈巖寺，使其殿宇多達四十八重，接著有僧法堂重建大乘寺，僧宗寶重建永明萬壽禪林。
嘉靖年間，雖然明世宗崇道抑佛，峨眉山的佛寺建設卻因為別傳等高僧的不懈努力而得到發展。《別傳禪師塔銘》記載了別傳禪師的功績：“乙巳歲（1545年）於雙飛橋飯僧，結十方淨緣……飾新（鐵瓦殿）舊宇，創建新殿，瓦以銅者一，前為板殿七，後為板屋五，環以廊廡。鑄普賢銅像一，銅佛六十五，鹹奉之峨頂。又於白水建伽藍殿一，鑄銅佛大像三，費數千金。先後鑄銅鐘三，一置白水、永壽，一置老寶樓。樓鍾最巨，重以斤計二萬五千。丙寅（1566年）闢雙飛橋路，闊一丈，長二里許。隆慶丁卯（1567年），植松柏杉楠十萬八千株，蔭覆巖岫。”
今天我們見到的萬年寺明代三身銅佛、報國寺鳳凰堡上的聖積寺銅鐘以及白龍洞“古德林”，就是別傳禪師的千秋之功。嘉靖間，還有僧大智開建淨土庵，僧德統開建卓錫庵，僧性天開建大峨寺，僧無瑕創建雷音寺。
萬曆時，峨眉山佛寺建設達到高潮。明神宗即位後，奉行其父明穆宗崇奉佛教的政策，其母慈聖皇太后更是禮佛甚勤。《明史》記載：慈聖太后“顧好佛，京師內外多置梵剎，動費鉅萬，帝亦助施無算”。相傳慈聖皇太后曾經到峨眉山向普賢菩薩祈嗣。第二年，她身邊的一個宮女便為明神宗生下了太子朱常洛。於是明神宗和慈聖皇太后對峨眉山佛教恩寵有加，極力扶持，除賜金修建大佛寺、聖壽萬年寺、永明華藏寺之外，敕賜寺額、佛經、法物和外國供物給峨眉山寺廟和僧人，也是明代其他帝王不可比的。而峨眉山僧人為感謝聖恩浩蕩，特地修建慈聖庵供奉慈聖皇太后聖像，修建萬行庵（今太子坪）供奉太子朱常洛像。萬曆間，峨眉山興建的寺宇還有通天大師開建護國草菴寺，無窮大師創建大佛寺，僧大用開建新開寺，僧道德開建降龍院，僧德佑重建保寧寺，僧月公開建龍門院，以及四川巡撫赫嬴開建純陽殿（奉祀呂洞賓，清初改為佛寺），陽光道人建會宗堂（今報國寺前身）等等。據胡世安《登峨山道里記》記載，明末峨眉山佛寺已達八十餘座，較南宋范成大《峨眉山行記》中記載的寺廟數量增長一倍有餘，達到空前的規模。
峨眉山在明代演變成為國中朝拜普賢的勝地，還表現在這一時期峨眉山高僧輩出方面。繼明初寶曇和尚和廣濟禪師住錫峨眉山，倡導佛學大行，峨眉山高僧輩出。除前面提及的明神宗賜號“洪濟禪師”的別傳，賜號“真正佛子”的妙峰之外，以通天大師和其弟子無窮大師最為顯著。
通天大師（1525—1601年），陝西同州（今大荔）潘氏子，十四歲即“送至五臺九龍岡禮翠峰和尚為師……隆慶戊辰（1568年），從滇南入蜀，禮普賢大士”，“至千佛頂前，卜隙地棲焉。弔影孤單，宴坐終日，老熊為伴，煙霧為鄰。萬曆癸酉（1573年）就天門石下，構一海會禪林以安眾”。“後道日增新，等心利物，海內英賢，參叩不絕”。明神宗於“萬曆丁亥（1587年）賜紫衣袈裟及龍藏一部，復遣太監本張公，持送帑金，莊嚴經閣，以鐵為瓦，敕賜額曰‘護國草菴寺’。”時建“梵剎凡八：草菴寺之外，有大佛寺、慈聖庵、回龍寺、蓮花庵、十方院、太子坪、法會庵、師之餘蔭也。”（王在公《通天大師塔銘》）
無窮大師（1536—1603年），重慶銅梁縣田氏子，萬曆癸酉來峨眉山禮通天和尚，祝髮受具。“有廣元王捐金造滲金大士三尊，奉師供養。師復於楚蜀二地，募造大悲千手觀音一尊，法身高三丈餘，載至峨眉。”萬曆辛卯（1591年）“奏請慈宮，出帑金若干兩，敕建大佛寺及大悲正殿，前三門，進五層，巨棟雕樑，為宇內之壯觀。後建藏經閣，以貯大藏及水陸聖像一堂，規模嚴飾。又於萬年寺側，創建慈聖庵一所，樓高五級，接待雲水，以作光相寺之化城也。”明神宗“前後欽賜五大典一十二部，百吉幡二幢，聖母親持《華嚴經》一部、《法華經》一部、皆宮錦裝成，非人間所有。”無窮在京師圓寂後，“朝廷差內使姜公、蘇公、發送靈骨回山，瘞於缽盂山文麓。”（王在公《無窮大師塔銘》）
明代峨眉山遊山道路的改善，為八方僧人信士來朝提供了便利條件。南宋時，萬年寺以上山道十分艱險。范成大《峨眉山行記》寫到：“又無復磴蹊，斫木作長梯，釘巖壁，緣之以上。意天下登山險峻，無此比者。”到了明代，因“峨眉之山，四方緇白朝禮者無需日，乃其盤道，曲折險峭，登陟艱難”，很有修改的必要。傅光宅《峨山修改盤路記》詳細記述了明萬曆年間由中貴王禮（號覺巖居士）主持的一次大規模改建山道的經過：“有覺巖居士者，登此山，遂發弘願。歲在壬寅，遇制府司馬王公，司禮太監丘公，皆乘夙願，莊嚴此山。始攜資鳩工，鮂幽深，窮高遠，而得其捷徑寬衍處，修治之。起自伏虎寺，而至涼風橋，解脫坡，次至華嚴寺前，建坊表之。至五十三步，次至中峰前，再建坊表之。三望坡，建涼亭，為憩息所。次至白水寺，繞弓背山上頂。重修虎渡橋，次至黑水寺，至麻子壩，蕨坪，建公館。上至雷洞坪，合舊路。至八十四盤，至大歡喜。”
這次改建山道“始於萬曆三十年壬寅（1602年）秋，竣於癸卯（1603年）冬。”從此“自峨眉縣城，至絕頂，俱無險峻艱難之苦”，天險之道變通途，便利於遊人達到“普賢示現”之絕頂。同時，因千佛禪院的開建而有由清音閣經牛心寺至洪椿坪道路的修建，因仙峰寺的建造而有由九嶺崗至九老洞道路的建成，進而有九老洞至洪椿坪坡道的修築。於是，中山區形成了一條由清音閣經牛心寺、洪椿坪、九老洞，合於九嶺崗的新的登山道路。
在明代朝拜名山之風盛行的情況下，“四方信士禮敬普賢者，亦莫不指歸峨眉。”當時，入禮峨眉的中外僧人，可謂是史不絕書。國內的如別傳禪師初為雲夢僧人，通天大師原為五臺山僧，妙峰為山西平陽人，初戒中條山，無窮原籍重慶銅梁縣。國外的如洪武年間日本德始禪師來禮峨眉，嘉靖年間斯里蘭卡僧人禮峨眉留贈“佛牙”，萬曆年間印度梵僧朝峨眉贈給慈聖庵貝葉經一函。至今，“佛牙”及貝葉經仍供奉在萬年寺，成為中外佛教文化交流的見證。有些國外僧人甚至在峨眉山結廬修行。胡世安《登峨山道里記》雲，在伏虎寺“左有西域和尚靜室，其和尚年九十七，康健甚，言西域事頗悉。”正如《通天大師塔銘》所言：“常聚禪侶千百餘，法道大盛。五竺梵僧，聞風踵至。”
至於普通僧人禮敬峨眉，可從萬年寺“居僧常至數百”及靈巖寺殿宇多達四十八重，略見一斑。而一般信眾朝禮峨眉，可從峰頂臥雲庵下有“足飲千人”的半月池（即井絡泉）間接獲知。總之，“禪者、講者、誦習者、精戒律而苦行者，鹹於此山發大誓願，成大因緣。”
“山水立勝，以人益彰。非遊無以得其真，非文無以成其趣。”朝禮峨眉山的八方信眾中，有不少的達官貴人和文人墨客，他們在遊覽後，寫下了許多的詩詞歌賦、碑文遊記。單從《樂山歷代詩集》卷67至卷74中所輯錄的明人峨眉山詩，就達93人258首之多。再如陳文燦、範淶、毛起、王士性、袁子讓、曹學佺、尹伸、胡世安等明人遊記，對宣傳峨眉山的秀美風光和傳承峨眉山的歷史文化起到了重要作用。特別是全面記載峨眉山歷史文化的“山志”，更是不可多得。明以前僅有北宋張開《峨眉志》，到了明代，先有嘉靖年間張庭撰寫《岷峨志》，繼有萬曆年間袁子讓撰寫的《嘉州二山志》，後有崇禎年間喻廣文撰寫的《峨眉山志》十卷和胡世安撰寫的《譯峨籟》。
經過明代帝王們的大力扶持，峨眉山佛寺建設的規模前所未有。據胡世安《登峨山道里記》記載，明代峨眉山佛寺已達八十餘座。大小寺廟“莫不崇奉普賢菩薩，四方信士禮敬普賢者，亦莫不指歸峨眉”。傅光宅《峨眉山普賢金殿碑》雲：“峨眉者，山之領袖。山起脈自崑崙，度蔥嶺而來也。結為峨眉，而後分為五嶽。”袁子讓《二山圖記》更進一步講到：“神州有三大道場，為震旦佛國：一曰峨眉，二曰五臺，三曰補陀，則峨眉又神州第一山也！”明代的峨眉山不光以“秀甲天下”的自然優勢條件，更以佛教的興盛蓋過了五臺、普陀，位居神州第一山。
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