1916年，蔡元培被任命為北京大學校長，1917年，蔡元培到北京大學上任，開始了他對北大的改革。
在任北京大學校長期間，蔡元培博採眾議，厲行革新，將具有濃厚官僚氣息的舊北京大學改造為一所充滿生機的中國最高學府，並在此基礎上形成了頗具特色的大學教育理論。
杜威評價蔡元培：“拿世界各國的大學校長來比較，牛津、劍橋、巴黎、柏林、哈佛、哥倫比亞等等，這些校長中，在某些學科上，有卓越貢獻的不乏其人；但是，以一個校長身份，而能領導那所大學對一個民族、一個時代，起到轉折作用的，除蔡元培而外，恐怕找不出第二個。”
蔡元培之所以能取得這樣的成就，與他在上任之前就充分了解北京大學的現狀不無關係。
辦學願景的確立，需要在充分了解學校發展現狀的基礎之上，綜合考慮影響大學發展的各種因素，進而指明大學的發展方向。
對於是否出任北大校長，當時在蔡元培的朋友之間有兩種意見，一種是贊成他任職，認為北大腐敗，應該進去整頓，就算失敗了，也算盡力；一種是不贊成，認為北大太腐敗，進去任職，整頓不成功，反而有損聲譽。其中，不贊成他任職北大的人佔據多數。
在回憶任職北大時的經歷時，蔡元培說：“民國五年冬，我在法國，接教育部電，促回國，任北大校長。我回來，初到上海，友人中勸不必就職的頗多，說北大腐敗，進去了，若不能整頓，反於自己的名聲有礙。這當然是出於愛我的意思。但也有少數的說，既然知道它腐敗，更應進去整頓，就是失敗，也算盡了心。這也是愛人以德的說法。”
蔡元培知難而上，力排眾議，本著教育救國的宏願，毅然出任北大校長。
當然，這個決定並不是一時的心血來潮，而是建立在他對當時北大的狀況有著非常清晰的認識基礎之上的。他認為，擔任大學校長不是做官，因而抱著整頓腐敗的決心出掌北大。
蔡元培在《復吳敬恆函》中寫道：“弟到京後，與靜生、步洲等討論數次，覺北京大學雖聲名狼藉，然改良之策，亦未嘗不可一試，故允為擔任。”
在蔡元培出任北大校長之前，北大的狀況是不容樂觀的。
在回憶自己執掌北大的經歷時，蔡元培對當時北大的情況描述道：“北京大學的學生，是從京師大學堂老爺’式學生嬗繼下來。他們的目的，不但在畢業，而尤注重在畢業以後的出路。所以專門研究學術的教員，他們不見得歡迎；要是點名時認真一點，考試時嚴格一點，他們就借個話頭反對他，雖罷課也在所不惜。若是一位在政府有地位的人來兼課，雖時時請假，他們還是歡迎得很；因為畢業後可以有闊老師做靠山。這種科舉時代遺留下來的劣根性，是於求學上很有妨礙的。”
由此可見，當時北大的情況十分糟糕，大部分學生讀書的目的是為了升官發財，混得文憑和資歷，而對研究學問沒有興趣。
教員中不少人不學無術，講課內容陳舊，敷衍塞責，因此，學校裡缺少學術研究的空氣。
在出任北大校長兩週後，蔡元培在給友人的信中，分析了北京大學的問題：“大約大學之所以不滿人意者，一在學課之凌雜，二在風紀之敗壞。救第一弊，在延聘純粹之學問家，一面教授，一面與學生共同研究，以改造大學為純粹研究學問之機關。救第二弊，在延聘學生之模範人物，以整傷學風。”
由此可見，在任北大校長時，蔡元培已經對北大的狀況有著明確瞭解，他己經發現了當時北大出現的問題主要在於學業科目的雜亂和學習風氣的敗壞，並初步提出瞭解決這些問題的舉措，即聘請有真才實學的教授，給學生上課並加強學術研究。
也就是說，在上任伊始，蔡元培就已經做好了充分的準備工作，在接下來的時間裡，他幵始對北京大學進行改革整頓，帶領北大走在了民國時期眾多高校的發展前列。
辦好一所大學，應從確立辦學理念、準確定位辦學目標始。大學校長領導力的作用首先體現為設立科學明晰的發展目標。
雖然在蔡元培出掌北大之前，辛亥革命的歷任北大校長，他們都有辦好北大的良好願望，也為之積極努力，在經費籌劃、基礎設施建設、管理改革等方面都有一定的作為。
但是涉及到大學發展的一些根本性問題，諸如何為大學，大學的指導思想是什麼，如何才能將北京大學辦成名副其實的全國最高學府等方面，缺乏清醒的認識。
也就是說，北京大學的進一步發展和改革，需要一位視野開闊、頭腦清晰、思想敏銳的人來主持，蔡元培就是在北京大學的發展處於重要轉折時期而出任校長職務的。
在《北大1918年開學式演說詞》中，蔡元培說：“大學為純粹研究學問之機關，不可視為養成資格之所，亦不可視為販賣知識之所。學者當有研究學問之興趣，尤當養成學問家之人格。”
以“純粹研究學問”為目的的大學，其具體可見的表現特徵是什麼呢？蔡元培做了清晰的描繪：“大學是擇以終身研究學問者為師，而學生於研究學問之外，別無何等之目的。”
在蔡元培的眼中，其執掌的北大將是擁有一群以研究學問為終身志趣的教授以及以研究學問為專一目的的學生。
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