光緒二十四年正月初三日，總理大臣特意約見康有為。這五位大臣是李鴻章、翁同和、榮祿、廖壽恆和張蔭桓。五大臣陣容嚴整，說明對這次約見的重視，因為幕後導演這次會見的正是光緒帝本人，他想在召見康有為之前，對康的變法思想做更為系統的瞭解。這次約見，從午後3時直到黃昏。第二天，光緒帝迫不及待地召見了大臣，焦急地垂詢五大臣約見康有為的詳細情況。翁同和上奏了約見的全過程，光緒帝聽罷，很感欣慰。
光緒帝極想立即召見康有為，但恭親王奕訢認為不妥，加以阻攔。光緒帝面對資深權重的奕訢的反對，無可奈何，只得同意，便下諭命康有為條陳所見，並進呈康有為自撰的《日本變政考》和《俄大彼得變政記》。然而，光緒帝並不擁有真正的皇權，他處處受制於慈禧。像實行變法這樣關係國家前途命運的頭等大事，當然必須首先徵得慈禧的同意。
光緒帝到頤和園面見慈禧，慈禧直視光緒帝，嚴肅地說：“你要搞的新政，只要不違背祖宗大法，無損滿洲權勢，我就不阻止。”這是慈禧在國家政治改革方面的重大許諾。但是，政治經驗豐富的慈禧對光緒帝的變法仍然採取了嚴密防範措施。她脅迫光緒發佈了四道上諭：第一道諭旨是罷免翁同和；第二道諭旨是重申收回二品以上大臣的任命權；第三道諭旨是慈禧準備秋天到天津閱兵；第四道諭旨是任命榮祿為署直隸總督。這四道諭旨是慈禧給光緒套上的四條枷鎖，光緒變法一開始就舉步維艱。
光緒二十四年（1898年）四月二十八日，光緒終於如願以償地召見了康有為。這次召見是光緒對康有為的第一次，也是惟一的一次召見。這次召見後，百日維新便大張旗鼓地開展起來了。
同年七月十九日，光緒下發了“百日維新”以來的一個最重要上諭：罷免禮部六堂官，這無疑引起了整個官僚階層的震動。光緒的舉動嚴重觸犯了慈禧在四月二十七日所作的“二品以上高級官員到其面前謝恩”的懿旨。這是慈禧太后不允許光緒帝觸動的一個底線。
七月二十二日，慈禧開始進入政變前的準備階段。七月二十六日發生了兩件非同尋常的事，一是光緒帝明發上諭召見袁世凱，二是日本首相伊藤博文抵達天津。這兩件事榮祿都是當事者，前者榮祿是負責轉達諭令，後者是榮祿曾宴請伊藤。榮祿為慈禧的親信，他把所掌握的有關情報完全電告慈禧。從這一天起，慈禧態度大變。
光緒帝敏感地注意到了這一點。二十八日，光緒赴頤和園請安，但當他向慈禧請安時，慈禧沒有像往常一樣答話，而是一言不發，把個光緒嚇得沒敢說話。光緒自頤和園回宮便於當日召見楊銳，授以密諭：“……我皇帝的位置恐怕保不住了，你趕緊聯繫康有為、林旭、譚嗣同、劉光第等人，商量對策，想辦法挽回局面。”楊銳接讀密詔，十分“震恐”，竟把十萬火急的密詔壓了下來。
自七月二十八日給楊銳一密詔，至八月初二日，已是六天，但遲遲沒見迴音。光緒焦急異常，他擔心康有為的安危，又無法取得聯繫，只得冒險明發上諭，告訴康有為迅速離京，否則凶多吉少。同時，光緒又急召林旭，由他帶出另一密詔，給康有為，一明諭，一密詔，都是敦促康有為儘快出京。但是當天康有為沒有見到密詔，只於晚間看到了明諭。
八月初三日早林旭持密詔來，康有為跪誦後才感到事態極其嚴重。林旭不僅帶來了促康出京之密詔，還帶來了在楊銳手中擱了六天的密詔，也交給了康有為。康有為急找來譚嗣同一起讀研密詔，他們從密詔中分明清晰地聽到了光緒帝垂危的呼救聲。於是，急找來梁啟超、康廣仁等商量對策。大家想到了袁世凱，決定由譚嗣同去找袁世凱，將他拉攏到維新一派之中。但此時的袁世凱已決定把寶押在慈禧身上。他找到榮祿，迫不及待地盡洩內情，將康有為等的“圍園劫後”的密謀和盤托出，出賣了維新派。榮祿不敢怠慢，當夜電告慈禧。慈禧勃然大怒，於翌晨匆匆返宮。這一天，即八月初六。
八月初八，光緒率百官在勤政殿恭賀慈禧訓政。同時，慈禧禁皇帝於瀛臺。光緒除了每天被拉去早朝外，便不得自由出入了。慈禧把原來皇帝身邊的太監一律撤走看押，另派其心腹太監20餘名監視皇帝，皇帝成了被軟禁的囚徒。
光緒二十四年八月十三日（1898年9月28日），慈禧下令殺害了楊深秀、楊銳、林旭、譚嗣同、劉光第、康廣仁。史稱“六君子”。自戊戌政變後，慈禧實行第二次訓政，實則是第三次垂簾，直到光緒三十四年（1908年）駕崩。
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