乙型肝炎病毒、已被感染的肝細胞以及宿主自身的免疫應答 是推動慢性乙肝疾病進展的“三駕馬車”，它們之間的相互作用會決定患者疾病的進展和預後情況。
慢性乙肝患者其自身比較弱的抗乙肝病毒免疫應答是阻礙臨床痊癒的主要障礙，只有通過免疫調節恢復患者自身的抗病毒免疫應答，才能幫助患者取得較好的治療效果。
乙肝病程分期
根據病毒和宿主之間相互作用的結果，可將慢性乙肝的自然病程分為免疫耐受期、免疫激活清除期和恢復期3個階段。
免疫耐受期內，機體的免疫系統和乙肝病毒和平共處，幾乎不對病毒進行攻擊，病情相對穩定，疾病進展緩慢。而當機體對病毒的免疫耐受狀態被打破後，免疫系統會馬上開始對病毒進行攻擊，如此一來，肝臟在不斷地在修復、損傷，乙肝病毒持續複製與機體免疫應答相互影響，導致慢性乙肝的發生、發展。
在免疫清除晚期，患者通常會獲得HBeAg消失或血清學轉換，這說明機體的免疫應答有效地控制了病毒複製，並且進入恢復期。最終發生HBsAg血清學轉換的這些患者， 才真正達到了病毒複製的完全控制，宿主免疫應答獲得了最終的勝利。
清除病毒的最重要因素
免疫應答對病毒的清除有著重要作用，而在慢性乙肝患者體內這些免疫應答卻存在著缺陷，使得機體不能清除病毒，導致病毒反覆感染，病情遷延。
特異性T淋巴細胞免疫應答是清除病毒的最重要因素，在乙肝病毒急性感染轉向慢性感染的患者， 缺乏早期的乙肝病毒特異性細胞毒性T淋巴細胞(CTL) 反應，並且其特異性T細胞功能也是衰竭的，無法起到清除病毒的作用。
作為抗原提呈功能最為強大的樹突狀細胞(DC)在慢性乙肝患者體內數量和功能均存在缺陷， 髓系樹突狀細胞(mDC)和漿細胞樣樹突狀細胞(pDC) 表面的共刺激分子CD80、CD 86及MHC(主要組織相容性複合體)-Ⅱ類分子的水平也明顯降低，輔助T淋巴細胞反應的能力降低， 因而不能協助CTL有效地清除體內乙肝病毒。除了正向免疫應答在慢性乙肝患者體內發生功能缺陷，負向免疫調節因素反而增強，抑制了有效的免疫應答，使得乙肝病毒在體內持續複製。
免疫應答低下是乙肝治療目前的主要問題
免疫應答不僅對清除病毒至關重要，並在一定程度上決定了患者的抗病毒治療的效果。慢性乙型肝炎患者進行抗病毒治療後，通常有3種預後：完全應答，部分應答和無應答。隨訪研究發現3種不同應答方式的患者，在治療過程中產生的抗乙肝病毒免疫應答的動態變化有顯著的差別。
對抗病毒治療無應答者，機體抗乙肝病毒免疫應答能力持續低下，部分應答者抗乙肝病毒免疫應答能力輕微升高，而完全應答者其抗病毒免疫應答能力顯著升高。乙肝病毒複製、肝臟炎症和機體抗乙肝病毒免疫應答低下是橫亙在慢性乙肝患者面前的“三座大山”。
目前的抗乙肝病毒治療和保肝抗感染治療，只是針對了前兩座大山。而對第三座大山，機體抗乙肝病毒免疫應答低下，目前很難逾越。
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