明朝在東北設立的最早的行政機構是奴兒干都指揮使司（簡稱“奴兒干都司”），是在1409年由明成祖朱棣下旨設立的。努兒幹都司管轄範圍大致包括了現在的吉林省、黑龍江省、內蒙古東北部分及以西俄羅斯局部、烏蘇里江以東、外興安嶺及以北。
奴兒干都司下轄很多衛所，有的衛所都是明朝軍隊駐紮，但是距離遠的衛所就直接任命當地少數民族頭領為衛所長官了，比如後金的創始人努爾哈赤祖上的猛哥帖木兒就曾是明朝的建州衛都指揮使。而努爾哈赤本人還曾被明朝封為龍虎將軍，所以歷史學家定義努爾哈赤是反叛，不是沒有道理的。
位於海參崴的永寧寺現在很多人說明朝對
有人說明朝對東北沒有實際管轄權，這根本不對，1411年-1433年(明永樂九年至宣德八年)的22年中，明朝政府曾十次派太監前往視察奴兒干都司，對都司、衛所官員授予官職、印信，賞賜衣物錢鈔。並在奴兒干都司的山頂上，修建了永寧寺，先後留有"敕建永寧寺記"和"宣德八年重建永寧寺記"兩塊石碑(現藏於俄羅斯海參崴博物館)。這兩塊石碑有力的證明了明朝管理東北的事實。
位於吉林市的摩崖石刻介紹
朱棣一再強調黑龍江流域是“鎖鑰之地”，並非對此地不聞不問。而且在今天的吉林市豐滿區江南鄉阿什村的松花江北岸，有兩塊摩崖石刻，詳細記載了明朝驃騎將軍、遼東都指揮使劉清3次率領數千官兵、工匠來吉林造船的事蹟，證明吉林市是明朝造船運糧基地，由此也可見，明朝政府對東北具有實際的掌控能力。等到了明成祖之後的仁宣二帝，明朝戰略全面收縮，南方放棄安南、東北內遷奴兒干都司、對外解散了下西洋人員。也從這之後，明朝對東北的政策由實際掌控轉變為懷柔羈縻，客觀上造成了日後的劫難。
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