皇太極在位時，是後金和蒙古關係最好的時期。皇太極就是因為得到了元朝皇帝的玉璽才改元稱帝，建立大清的；皇太極稱帝后，後宮冊封的一後四妃都是蒙古人，其中就包括大名鼎鼎的莊妃，也就是後來的孝莊太后，皇后則是莊妃的姑姑，叫格 格。明朝末期，後金和蒙古的關係經歷了一個非常複雜的關係，關係到蒙古、後金、藏傳佛教等諸多因素。我們先把當時的情況做個介紹。
皇太極
1.中國古代中原、草原、東北三個地區的長期博弈
在一般的中學歷史課本，總是把中原王朝作為主體進行敘述，而把長城以北的地區統稱為遊牧地區，其實這種說法是不對的。中國北方的遊牧民族主要指蒙古草原上的民族，即今天的內蒙古和外蒙古，而東北地區的生活方式包括遊牧、農耕、漁獵等多重方式。
長城
從大的範圍來看，中原地區為農耕區，蒙古草原為遊牧區，東北地區是一個遊牧和農耕的過渡地帶。不同的經濟方式決定了不同的統治方式，中原農耕區財富較多且易於徵稅，可以統治較為穩定的帝國，皇帝的繼承是父死子繼；蒙古草原上主要是遊牧部落，組織較為鬆散，即使建立了統一的聯盟，大可汗也是名義上的頭領，需要通過不斷地掠奪來維持聯盟的堅固，大可汗的繼承方式以兄終弟及為主。東北地區則兼具這兩種地區的特別，既有大片的土地可以耕作，也有大片的森林用於遊牧漁獵。
蒙古草原上先後崛起過匈奴、柔然、突厥、蒙古等帝國，東北地區則先後崛起過鮮卑、烏桓、靺鞨、契丹、女真等少數民族。在明朝以前，女真和蒙古先後入主中原，女真建立了統治中原107年的金國，蒙古建立了統治97年的元帝國。從大的空間上來看，整個中國幾千年的歷史，就是中原、草原、東北三個地區不斷博弈，最後歸於統一的歷史。
2.明朝末年，蒙古大汗法統的分裂
蒙古歷史上最偉大的可汗當然是成吉思汗，他帶領蒙古騎兵四處征戰，建立了疆域無比遼闊的蒙古帝國。後來，成吉思汗的孫子忽必烈建立了元朝，統一了整個中國。蒙古人雖然統治了中國，但治理水準卻出奇地差，他們把人分成四類，蒙古人、色目人、漢人和南人，沒有很好地運用儒家思想來治理中原，還險些把中原的耕地變成牧場，真是滑天下之大稽。後來，朱元璋領導紅巾軍起義，拉起了“驅除韃擄，恢復中華“的口號，將元朝統治者趕回了蒙古大漠。後來，明朝在邊境上設立了九邊，用來防止蒙古南下。
在中原待了一百多年，使蒙古的大可汗的繼承製度發生了變化，就是隻有成吉思汗黃金家族的後代才有資格繼承蒙古大汗的地位。因為成吉思汗的影響太大了，後來這一原則又窄化到了只有託雷這一系的才子才有繼承權。
但是時間長了，蒙古沒有足夠多的財富，也就瓦解成了成吉思汗統一前的狀態。正牌大可汗的力量也不足以壓倒其他部落。這個時候黃金家中的小支中出了一位俺答汗，非常能打，幾乎統一了蒙古。但他因為血統原因不能當大汗，於是他就動起了別的心思。他打到青海以後，發現一種新的武器，那就是藏傳佛教，他發現的是其中一支叫黃教。俺答汗和黃教的領袖索南嘉措合作，分別稱對方是巴思巴轉世和忽必烈轉世，巴思巴曾是藏族國師，做過忽必烈的老師。於是他們在蒙古大力宣傳黃教，在藏族佛教轉世思想的影響下，蒙古的俺答汗因為是忽必烈轉世，所以獲得了最大的正統性，終於可以明正言順地繼承大汗之位。
俺答汗
藏傳佛教
但是這樣做也產生了副面作用，那就是藏傳佛教教派眾多。既然俺答汗能和黃教的首領合作用轉世獲得大汗地位，其他的部位可汗也就能有樣學樣跟著做。這樣一來，蒙古的法統就分裂了，草原出現了眾多的轉世大可汗，部落也就進一步分裂。
3.後金的崛起和皇太極繼承蒙古法統
蒙古的這樣一種分裂局面，就為後金的崛起提供了一個難得的時機。於是就有了我們熟悉的努爾哈赤以十三副盔甲起兵，經過幾十年的爭戰，統一了女真部落。
到了皇太極統治的時候，蒙古內部又發生了一系列內鬥。事件的核心在林丹汗，他是託雷的直系子孫，最有資格統一蒙古做大汗的，元朝的玉璽就在他手裡。但是經過了法統分裂的幾十年動亂，蒙古部落對林丹的正統性不感冒了。林丹汗先是通過翻譯佛經，將大量的藏傳佛教經典翻譯成蒙文，又通過武力統一各部落。但是效果非常差，很多失敗的部落都投降了皇太極。皇太極於是聯合蒙古的眾多部落，打敗了林丹汗。這時，蒙古內部的大可汗繼承人無望了，而皇太極卻逐漸征服了各個部落。後來，林丹汗到青海時病死了。他的王后看走投無路，就投降了後金。皇太極拿到了元朝皇帝的玉璽。至此，皇太極正式繼承蒙古大可汗的地位，成了滿盟兩個民族共同的大汗。同時也這一年，皇太極改元稱帝，建立了大清王朝。可以，皇太極是通過藏傳佛教的轉世說，從法統和軍事兩個方面都取得了勝利，從而建立起了較為堅固的滿蒙聯盟。
林丹汗
佛寺
清朝皇帝對蒙古的統治最好的做法就是繼續鼓勵蒙古人信仰藏傳佛教。從皇太極開始，歷代清朝皇帝都在為蒙古人修廟，因為藏傳佛教的基本教義是信教要從屬於某個寺廟。寺廟無法移動，也就限制了蒙古騎兵的機動性，減輕了他們對朝廷的威脅。
皇太極的做法只是一個開始，由於他的繼承人是蒙古人孝莊生的兒子順治，所以從此清朝皇帝都有蒙古人血統，康熙的母親是漢軍旗人，所以又注入了漢人的血統。
清朝在入關統一天下後，統治的法統進一步確立。清朝皇帝也就成了各個不同的區域共同的最高統治者。對於中原漢人來說，他是皇帝，是聖君，是儒家思想的最高提倡者；對於滿人來說，他是旗主是可汗；對蒙古人來說，他是大汗，是成吉思汗的正宗繼承人；對西藏雪域高原來說，他是文殊菩薩轉世，和西藏的達賴和班禪具有同樣的地位。後來，乾隆皇帝平定大小各卓兄弟叛亂，收復新疆，清朝皇帝又成了“伊斯蘭的保護者。”集眾多最高統治角色於一身的清朝，也就成了各個不同區域共同的精神領袖。
大清
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