滿清入關天下再度陷入戰火之中，清軍所到之處大肆屠殺，導致中國人口銳減幾千萬，赤地千里，餓殍遍野。
自康熙到雍正再到乾隆，實行嚴酷的文字獄，對於這段清初在中國的屠殺進行掩蓋和美化，因此對於那段歷史一直以來被人們忽視。
但是，到了近代以後，隨著大量文獻和歷史文物的發現，清軍在入關初年大屠殺的真相逐漸披露，那段血腥的歷史開始被人們重新認識。
公元1644年，吳三桂勾結滿清擊敗李自成，隨後大舉南下，攻入中原腹地。
滿清自努爾哈赤時代便在關外有屠殺漢人的傳統，據統計，自後金崛起到滿清入關，八旗軍在關外屠殺了大約一百多萬人。
皇太極在崇禎朝屢次攻入中原山東等地，掠奪屠殺漢人也是數以百萬計，這些大多被分配給滿洲八旗兵做了奴隸，其中很多人不堪羞辱而自殺，即便到了康熙朝，每年自殺的八旗漢人奴隸還多達兩千多人，“八旗家丁每歲以自盡報部者不下二千人。”
可見淪為滿洲八旗奴隸的漢人多麼悲慘。
滿清入關後，曾在河北的三河、良鄉、潼關、揚州、嘉定、無錫、崑山、嘉興、江陰、常熟、金華、涇縣、贛州、同安、平海、南昌、邵武、湘潭、南雄、信豐、曹州、蒲城、大同、廣州、潮州、永昌等地展開慘絕人寰的大屠殺，少則殺人數千，多則屠殺幾十萬。
另外，吳三桂的關寧軍夥同滿洲八旗在四川也展開了大屠殺，幾乎將四川人殺絕，致使滿清後來不得不遷徙湖廣之人填充四川。（滿清篡改歷史，將這個鍋扔給了張獻忠，但根據四川本地的文獻和出土文物碑刻可以知道，張獻忠是被冤枉的）
清軍屠殺的手段十分殘暴，包括斬首、分屍、活埋、剝皮、鞭打、釘死、燒死、集體刺殺等一系列酷刑，至於強姦輪姦婦女更是司空見慣，屠殺之處，遍地死屍，嬰兒也不能倖免，到處嚎哭，一片狼藉。
“取陰肉或割乳頭，驗功之所，積成丘阜”，“舟中俱有婦人，自揚州掠來者，裝飾俱羅綺珠翠，粉白黛綠.....淫慾無厭......製作長押床，裸姬妾數十人於床，次第就押床淫之。復植木樁於地，銳其表，將眾姬一一簽木樁上，刀剜其陰，以線貫之為玩弄，拋其屍於江上。”
鄭成功的母親就成了清軍強姦的受害人，鄭成功搶回母親屍體刨開內臟清洗，意思是為母親洗刷汙穢。
著名的“揚州十日，嘉定三屠”指的就是這個階段的慘劇。
滿清在北方的屠殺多出於掠奪和立威，南方屠殺則是因為多爾袞受到漢奸慫恿，下達“剃髮易服”令，所謂“留頭不留髮，留髮不留頭”，招致江南漢人的堅決反抗。
滿清八旗進攻受到抵抗，死傷很多人，八旗軍便將怨氣發洩到平民身上。
面對手無寸鐵的老弱婦孺，滿洲八旗窮兇極惡，殘暴至極，經常滿城屠殺，成村滅族。
據統計，從1644年滿清入關，到康熙初年，清軍共屠殺三千多萬人，導致中國人口銳減，土地荒蕪，經濟遭到毀滅性破壞。
後來被吹上天的“康乾盛世”，其實就是在亂世人口銳減的基礎上人口自然增長，再度開荒種田的必然結果，漢朝唐朝明朝這個過程只用了幾十年，清朝卻用了一百多年，這也算是功績？
特別要說明的是，清軍不止有滿洲八旗，主力其實是投降滿清的漢軍，比如吳三桂的關寧軍和明朝的前北方邊防軍，這批人對本族人的屠殺和虐待絲毫不遜滿洲八旗，在那場人間地獄式的慘烈屠殺中，漢奸再次充當了主力部隊。
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