明朝在东北设立的最早的行政机构是奴儿干都指挥使司（简称“奴儿干都司”），是在1409年由明成祖朱棣下旨设立的。努儿干都司管辖范围大致包括了现在的吉林省、黑龙江省、内蒙古东北部分及以西俄罗斯局部、乌苏里江以东、外兴安岭及以北。
奴儿干都司下辖很多卫所，有的卫所都是明朝军队驻扎，但是距离远的卫所就直接任命当地少数民族头领为卫所长官了，比如后金的创始人努尔哈赤祖上的猛哥帖木儿就曾是明朝的建州卫都指挥使。而努尔哈赤本人还曾被明朝封为龙虎将军，所以历史学家定义努尔哈赤是反叛，不是没有道理的。
位于海参崴的永宁寺现在很多人说明朝对
有人说明朝对东北没有实际管辖权，这根本不对，1411年-1433年(明永乐九年至宣德八年)的22年中，明朝政府曾十次派太监前往视察奴儿干都司，对都司、卫所官员授予官职、印信，赏赐衣物钱钞。并在奴儿干都司的山顶上，修建了永宁寺，先后留有"敕建永宁寺记"和"宣德八年重建永宁寺记"两块石碑(现藏于俄罗斯海参崴博物馆)。这两块石碑有力的证明了明朝管理东北的事实。
位于吉林市的摩崖石刻介绍
朱棣一再强调黑龙江流域是“锁钥之地”，并非对此地不闻不问。而且在今天的吉林市丰满区江南乡阿什村的松花江北岸，有两块摩崖石刻，详细记载了明朝骠骑将军、辽东都指挥使刘清3次率领数千官兵、工匠来吉林造船的事迹，证明吉林市是明朝造船运粮基地，由此也可见，明朝政府对东北具有实际的掌控能力。等到了明成祖之后的仁宣二帝，明朝战略全面收缩，南方放弃安南、东北内迁奴儿干都司、对外解散了下西洋人员。也从这之后，明朝对东北的政策由实际掌控转变为怀柔羁縻，客观上造成了日后的劫难。
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