洪武五年明军北征，遭受重大挫败，使朱元璋和他的大将们清醒认识到残元的实力，单纯依靠明军的武力，无法根除来自对方的威胁，必须做出新的尝试。
洪武六年初，朱元璋再一次任命徐达为征虏大将军，李文忠、冯胜、邓愈、汤和四人为副将，但这一次不是让他们率军北征，而是分别在山西、北平练兵防御。而这一年，王保保分别派兵攻打雁门关和大同，徐达派兵迎击，双方没有更大规模的交战。
此后多年，双方交战不多。洪武八年，徐达、李文忠等人依然轮流镇守北平和山西，残元方面也没有太的动作。
洪武九年的秋天，伯颜帖木儿率军进犯延安，被傅友德打败并投降。
明军也有过小规模的出击，比如洪武七年四月，蓝玉在白酒泉打败元军，攻占兴和。另一次是七月，李文忠在大宁、高州打败元军。
积极防御的同时，朱元璋也不断向残元方面释放善意。
洪武四年九月，朱元璋给二儿子、秦王朱樉娶了王保保的妹妹做王妃，意图再明显不过，就是希望改善与残元的关系。
洪武六年六月，朱元璋使用他一贯的手法，派元军的降将卢道兴充当使者，前去招降残元的太尉伯颜不花，结果被王保保的弟弟脱因帖木儿杀死。
洪武七年，朱元璋又派李思齐去招降王保保。李思齐曾经是王保保的政敌，洪武二年四月在临洮向冯胜投降，朱元璋任命他为江西行省左丞，以后又让他跟随徐达出征西北。现在他以中书平章的身份去见王保保。
王保保对这位老对手还算客气，没有杀他，但也不接受劝降。后来的故事我们都知道了，王保保派军校护送李思齐返回，分别时，按照王保保的要求，军校砍断李思齐的一条手臂。李思齐身受重伤，被送回南京之后不久就死去。
当年李思齐据守陕西时，朱元璋派降将前去劝降，结果使者被李思齐凌迟处死。现在李思齐自己也被朱元璋用做使者，侥幸没被王保保处死，到底还是挨了一刀，所谓天道好还，就是这个道理。
洪武七年还有一件比较重要的事，九月，朱元璋让元顺帝的孙子、崇礼侯买的里八剌离开南京，回归大漠，并带去朱元璋给元嗣君爱猷识理达腊的一封书信。
洪武八年的八月，最让明军头痛的王保保死了。自从元顺帝逃出大都之后，王保保的军队就是对明军最有威胁的一支力量，他曾经重创明军，也几次在惨败中逃脱。现在，这个打不死的王保保终于死在了哈剌那海的衙庭，妻子毛氏也自杀而死。
到了洪武十一年四月，元嗣君爱猷识理达腊离世，儿子脱古思帖木儿继承了皇位，朱元璋派使者前去吊唁。四年前，朱元璋放回元嗣君的儿子、崇礼侯买的里八剌，是希望他能发挥一些作用，缓和残元与明朝的关系。现在，元嗣君选了其他儿子做继承人，朱元璋的希望落空了。
在这期间，明朝内部也有了许多重要的变化，比如，卫国公邓愈在洪武十年死去，李文忠也失去朱元璋的宠信，慢慢与统帅的位置分离开，汤和则被进封为信国公。
洪武十一年二月，秦王、晋王分别就藩西安、太原，洪武十三年燕王朱棣就藩北平，朱元璋的儿子们长大成人，他也开始构建以亲王为核心的北部边防体系，逐步锤炼他们的统帅能力。
也是在洪武十三年，朱元璋开始清查胡惟庸一案，明朝统治集团内部开始了一场巨大的动荡，而且持续多年。
北方平静多年，到了洪武十三年冬天，残元的完者不花、乃儿不花率军来犯永平，其中这位乃儿不花曾经投降明军，在大同附近做过官山卫的指挥同知。驻守永平的指挥刘广战死。最终明军击败元军，生擒完者不花。
洪武十四年，朱元璋任命徐达为征虏大将军，汤和、傅友德为副将军，率军讨伐乃儿不花。北方形势缓和将近十年之后，这是最大的一次行动。明军取得了胜利，但是，北方的麻烦照旧，而且看不到根本的解决办法。
于左 撰
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