事業單位在職人員的工資構成，除了基礎性崗位工資，還有一部分是獎勵性績效工作，根據單位的性質，每月扣發15%—40%，管理類事業單位扣發的比例小，專業技術類事業單位扣發的比例更高一些。管理類事業單位主要是指政府直屬事業單位以及政府部門下屬事業單位，佔了絕大多數，扣發的比例大都在20%左右。而專業技術類事業單位，則主要是指中小學校，中小學教師扣發績效工資的比例一般為30%，也是績效工資扣發、二次分配、拖欠的問題和現象的大戶，經常會因績效工資的發放出現這樣那樣的矛盾和問題。
獎勵性績效工資每月從工資中按比例扣發，半年或者一年集中發放。對於管理類事業單位來講，只要考核合格，扣多少發多少，基本上沒有什麼變化，也不會出現大面積拖欠或者延期發放時間過長的問題。有變化的，是考核“優秀”等次的人員，和考核“不稱職”等次的人員，按規定進行獎勵或者懲罰，基本上都是固定數額。
對於中小學校教師來講，績效工資的發放，就存在極大的變數。有的地區會從扣發的績效工資總額中首先扣除班主任津貼部分，用來給班主任發放，這就統一減少了績效工資返還的絕對數額。雖然數額不大，而且更多的地方這筆津貼直接由財政承擔，但也是事實存在的違規問題。其次是各地甚至各校，都會根據每學期或者每學年，教師承擔的工作量、完成任務數、工作質量等進行考核，根據考核打分的高低，確定等次，按等次確定不同的績效工資發放比例或者數額。這就意味著，工作優秀的教師績效工資會增加，工作合格的教師績效工資數額可能不變或者微調，而工作任務完成度較低的，或者考核打分過低的教師，其績效工資就會減額髮放。形成用扣發的工資，獎勵工作優秀的教師，用自己的錢獎別人，從而造成許多矛盾。
另外，在一些經濟欠發達地區，財政收支矛盾大，為了保重點項目，勢必造成財政支出困難，出現拖欠職工工資的現象，或者為了減少工資支出，扣發事業人員績效工作的現象，這些都是違反《勞動合同法》，和《事業單位工資管理辦法》、《事業單位績效工資管理辦法》等法律法規規定的。職工對工資拖欠、工資發放方式或者績效工資考核發放模式不滿的，或者認為違法違規的，可以向主管部門或者人事部門反映，要求解決。如果個人利益被侵犯的，可以直接申請勞動仲裁。
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