東晉孝武帝太元二年（377年），由於前秦已一統北部中國，東晉王朝受到空前的軍事壓力，因此招聘天下猛將訓練精兵抵禦北方。朝廷任命謝玄為建武將軍、兗州刺史、領廣陵相、監江北諸軍事，鎮廣陵
那時廣陵和京口聚居著大量逃避北方戰亂而來的流民，謝玄到任後，在這些人中選拔驍勇士卒，劉牢之就是這時候被選拔的，建立了一太元四年（379年），謝玄改鎮京口，因為當時京口又名北府，所以這支軍隊稱為北府兵 北府軍在歷史上最露臉的一戰就是肥水之戰，史書記載八萬北府軍攻克九十萬前秦大軍 
但是太元十二年（387年），謝玄被解除了北府軍的領導權，司馬恬、王恭先後代之，北府軍軍閥化。晉安帝隆安元年（397年），王恭率北府軍起兵反晉，次年劉牢之殺之，代之為北府軍領袖
此後北府軍主要致力於鎮壓孫恩、盧循的天師道起義軍。晉安帝元興元年（402年），北府軍奉命征討在荊州割據的桓玄，劉牢之隨即投降桓玄，桓玄稱帝后削減劉牢之兵權，劉牢之意圖起兵對抗桓玄，然由於投降桓玄早已喪失人心，眾叛親離下自殺 
元興三年（404年），原北府軍參軍劉裕率餘部在京口起兵反抗桓玄，並殺之。此後，北府軍成為劉裕的軍事支柱。420年，劉裕稱帝，建立宋，北府軍成為其皇家軍隊的主力
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