MS-06E強行偵察型扎古Ⅱ
MS-06E 強行偵察型扎古Ⅱ原本是以MS-06C型為基礎而開發的偵察機。在本機進行量產時，吉恩軍的主力MS已由C型改為F型，因此E型主要是在F型的生產線上生產的。由於大幅度削減了不必要的裝備，使E型的燃料搭載最大限度增加了10%；另外還採用了新型的發動機，使機體的推力大幅度上升；原先裝備在機體右肩的盾牌以及左肩的裝甲都被取消了，而代之攝像機各一架，大腿間也加設了一架攝像機；機體內部還裝有其他的探測系統；此外，本機的胸部裝備了緊急脫離用火箭推進器。強行偵察型扎古Ⅱ沒有裝備實戰所使用的武器，但可以選裝CE-16TX型攝像槍。大戰中期以後，本機的塗裝漸由綠色改為低視度的濃灰色，更方便進行偵察工作。雖然投入戰場的時間比較早，但由於造價相當高，本機只生產了100架左右。由於性能優良，本機後被聯邦軍接收並配備給了泰坦斯，用於情報收集工作。
MS-06F2 扎古Ⅱ 後期型
一年戰爭開戰初期，作為吉恩軍主力量產、投入戰鬥的傑作機MS-06F，在大戰中，接受了各種各樣專用機的改裝。
一年戰爭終戰協定締結後，MS-06F2大多被解除武裝，由聯邦軍接收，作為訓練機使用。但是之後，聯邦軍又對此類機型進行了再考察。考察結果，便是次世代MS——RMS-106 高扎古的誕生。
MS-06M 試作型水中用扎古
吉恩軍的開發人員最初是以MS-06J 陸戰型扎古Ⅱ為母體來開發水陸兩用型機體的，最初完成的試作型新機體被命名為“MS-06M 水中用扎古試作型”（後來水陸兩用型MS的形式種別統一採用“MSM”時番號又改為MSM-01），但實際上與普通扎古在外觀上已有很大的區別：頭部原先的管子由兩條變成了三條（增加了一條導氣管）、單眼的玻璃框也改換成大型殼狀的樣式、還追加了兩門火神炮及短距離通信天線；對肩部的裝甲做了減少阻力的調整；對各關節做了防水處理；兩腕追加了輔助推進器；大腿後部、脛內側、脛後部設置了壓艙水箱、脛後部還設置了吸排水口。可以說MS-06M僅僅是水中戰用機體的實驗機，由於防水加工上的問題，在北大西洋潛水艦隊“海蛇”完成測試任務後總計只生產了7架（5架MS-06M-1及2架MS-06M-2，兩型的主要區別在於前者追加武器的不同）機體後就放到倉庫裡去了。
MS-06RD-4 宇宙用高機動試驗型扎古
本機是在月面的格拉納達軍工廠製造的宇宙戰用試作型MS，完成後移交給了戰術實驗部隊。因為次期宇宙戰用主力機體MS-14 勇士開發的延遲，吉恩軍軍部命令在MS-14完成以前，必須開發出一種能與聯邦軍MS匹敵的宇宙戰用MS。在軍部的示意下，茲瑪德公司以老對頭吉恩尼克公司所設計的MS-06F的上半身及本公司設計的MS-09的腳部為基礎開發出了這款試驗機。
雖然下半部使用了MS-09的構件，但本機仍可以歸於MS-06系的範疇中。由於本機的開發目的並非為了戰鬥，而是進行數據的收集工作，所以去除了機體右肩的盾牌及左肩的釘甲；為了防止在測試中遭遇敵人，只保留了120mm扎古機關炮及熱能斧這兩種最低限度的必要武器。
MS-07B-3 改良型老虎
MS-07B3 改良型老虎是作為“MS-07B老虎”的改良型而生產的特製機。擁有很強白兵戰能力的07B，沒有裝備遠距離武器，僅裝備了左手的內藏式5連裝75mm機關炮作為中距離武器，其結果是雖使戰鬥力得到了大幅的提高但失去了MS具有的泛用性這一長處。B3型將原內裝有5連裝機關炮的左手，改為了通常的遙控臂，加裝了外掛式3連裝35mm機關炮，以恢復它的泛用性。成了一臺適應全天候戰鬥的機體配備到了各部隊。
MS-07H 飛行試驗型老虎
參考MS-07C-3的實驗數據、以MS-07B為基礎進行徹底的輕量化並搭載熱核噴氣引擎製造出4架實驗機，這就是通稱為“飛行試驗型老虎”的MS-07H。本機的單體飛行實驗雖然成功了，但滯空時間與飛行距離均過短，達不到期望的要求。軍方對此非常失望，縮小了研究的規模，只保留了3號機和4號機（MS-07H-4）繼續進行研究。
MS-07H-8 飛行試驗型老虎
繼承MS-07H-4型的設計思想開發出兩架改良型的MS-07H-8。MS- 07H-8強化了揹包及腰部的推進器，腳部的熱核引擎經過換裝後出力也得到了提高。可動式安定翼的安裝解決了空中姿勢制御問題，使MS-07H-8成為 MS-07H系裡具有最穩定的飛行能力的機體。不過，本機仍未能解決熱核噴氣式引擎的冷卻及推進劑搭載量過少等問題，在高空進行高速飛行時飛行時間極短，根本無法進行長距離的飛行。
MS-06FZ 扎古Ⅱ改
本機是吉恩軍在實施了MS生產改進方案——“統合整備計劃”後生產出的MS-06F型的改良型機體。FZ型改進了駕駛艙，增強了助推器，從而獲得了比F型更靈活的運動性，但是持續戰鬥時間還是減少到了原來的一半。
MS-06R-1A 高機動型扎古Ⅱ
為了解決MS-06R-1的推進器故障頻發的問題，在開發主任雷姆的強烈要求之下，MS-06R-1A採用了競爭對手茲瑪德（ツィマッド）公司所開發的推進器；另外將R-1型的燃料槽改為彈筒式，又對機體的背部及腳部進行了優化處理，使整備性大為提高，強化了機體的一線作戰能力。
MS-06R-2 高機動型扎古Ⅱ
本機在MS-06R-1A型的基礎上強化了腳部裝甲，駕駛艙內部管理方式也進行了變更。由於在次世代主力機的競爭時輸給了MS-09R，因此本型只生產了4架後計劃就終止了。畢竟06型機體的性能已達到了極限，本型機的失敗並不出人意料；但本型機的推進劑槽等相關問題、推進器的裝甲防禦等設計構想為以後 MS-14S的設計提供了參考。
MS-06S 指揮官用型扎古Ⅱ
MS-06S是以MS-06F型為基礎專門為中隊指揮官以上的王牌駕駛員製造的機體。在技術改進方面，主要提高了推進劑的燃燒效率、制御系統的控制效率以及通信系統等。燃燒效率的提高不僅使機體的推力較普通的F型上升了30%，而且也提高了燃料的裝載量。本型生產了100架左右，駕駛員中最為著名的當屬 “赤色彗星”夏亞·阿茲納布。
MS-07B 老虎
將YMS-07B予以量產就得到了MS-07B。除了部分裝甲的形狀略有不同之外，MS-07B與YMS-07B並沒有什麼大的區別。
MS-09 大魔
MS-09F 大魔 Funf
MS-09F是唯一一種不需要對基礎機體進行大幅改動即可實現不同作戰配置的多姆。可以在幾個小時內改裝成新環境作戰配置。包括：880mm雷可頓火箭筒，90mm突擊步槍，90mm機關槍以及一支3聯裝導彈發射器。
MS-09RⅡ 加大魔Ⅱ
合整備計劃實施後，技術人員對MS-09R進行了再次調整，設計出完全的空間戰用機體——MS-09RⅡ 加大魔Ⅱ，但參戰數量不多。
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