当谈起日本人的起源，很多国人便会想起那个故事—秦始皇派遣江湖术士徐福率领三千童男童女渡海至蓬莱仙岛寻求长生不老药，徐福本来就是江湖骗子，哪里找得到什么长生不老药，回去既是死罪，于是他便继续向东航行最终到达了日本列岛，这三千童男童女成为了日本人的祖先，真相真的是这样吗？
其实自明治维新开始，包括西方学者和日本人在内，都对日本人种 的起源做了深入的研究，如平静钲五郎的“人种交替论”、清野谦次的“混血论”等，但都有各自的理论缺陷，无法解释日本作为一个整体民族的内部差异，如阿伊努人、冲绳人和本土人的差异，关东人和关西人的差异。
中日韩主要人种基因分析
随着现代基因技术的发展，这给人种起源的研究带来了巨大契机，通过对比中日韩主要人种基因分析，我们可以看到，东亚地区只有日本人携带“D2”基因，让人意想不到的是另一批还携带这一基因的竟然是印度的土著安达曼人，也就是说东南亚的安达曼群岛和日本列岛曾经生活过同一批人；再看韩国人与日本和族O2b基因有非常大的交叉，这说明这两支人种有过密切联系；反观汉人与日本人的基因交叉并大大。
由此我们基本上可以分析出现代日本民族究竟是如何演变而来的。大约在3万年前，地球还处于最后一次冰期的时候，海平面较低，日本列岛还通过大陆桥与亚洲大陆相连，东南亚地区的矮黑人（携带D2基因的人群突出特点是身材矮小皮肤黑，这可能是为了适应热带雨林的环境）开始沿着大陆桥迁徙到日本列岛，这是最先出现在日本的人种，即日本绳文人的祖先。
身材矮小的安达曼人
随着冰川的融化，大陆架被淹没，使得大陆与日本列岛的联系变得十分困难，日本便进入一个独立发展的时期，即绳纹时代。绳文时代一直持续到约公元前300年，绳纹时代末期日本人突然从石器文明直接过渡到了拥有铁器的农耕文明了，这种进步太过诡异，根本不可能是自身完成的。其实是来自朝鲜半岛的扶余人、三韩人和小部分汉人进入到了日本，这些“渡来人”首先进入到日本西部地区，他们利用先进的生产技术使得人口不断增加，这些人不断的同化和驱逐土著绳文人，建立了“大和”朝廷，日本进入到了弥生时代，最终土著绳文人收缩到了北海道，成为了现在的阿伊努人的祖先。到了公元3世纪，古倭国派遣使者到汉朝朝贡，汉光武帝赐倭国金印，这时候的日本进入到所谓的古坟时代，古倭国一开始通过朝鲜半岛的百济开始吸收汉文化，到后来派遣“遣隋使”而进入到了汉化时代，倭国改名日本，大王改名天皇。可以看出，日本虽自称单一民族，但日本本土人与北海道的阿伊努人、冲绳人还是存在很大差异的，本土人存在着更多的东北亚系特征，而阿伊努人和冲绳人则保留着更多的东南亚系特征。
阿伊努人
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