当时正值太平天国运动和同治陕甘回变, 新疆被俄罗斯占领。
清朝皇帝多次派人前往收回腹地，可是一直攻打不下.
名满天下的林则徐对左宗棠十分器重，两人曾在长沙彻夜长谈，对治理国家的根本大计，特别是关于西北军政的见解不谋而合。林则徐认定"西定新疆"，非君不能成也，特地将自己在新疆整理的宝贵资料全部交付给左宗棠。后来，林则徐还多次与人谈起这次会见，极口称赞左宗棠是"非凡之才"、"绝世奇才"，临终前还命次子代写遗书，一再推荐左宗棠人才难得。
最终，左宗棠担起了收复新疆的大任!
左宗棠用一年半的时间筹措军饷，积草屯粮，整顿军队，减少冗员，增强军队战斗力。
左宗棠坐镇肃州，命刘锦棠、金顺分兵两路，先后率师出关。他把大军分作千人一队，隔日进发一队，刘锦棠走北路，金顺走南路，到哈密会齐。 刘锦棠率领西征军主力自肃州入新，至哈密行程约1700里，很顺利地进入哈密。部队各营到达哈密后，把从肃州等地陆续运往哈密的军粮再辗转搬运，翻过东天山九曲险道，分运至巴里坤和古城(今奇台)。
很快，刘锦棠的前锋部队，已占据了距离乌鲁木齐只有不足三百里的济木萨(今吉木萨尔县)。
光绪三年(1877年)三月，又先后收复达板城和托克逊城。
不久，左宗棠军又收复吐鲁番，阿古柏一看通往南路的门户打开，自知大势已去，乃服毒自杀(一说被毒杀)。阿古柏的长子胡里为争权夺位杀死其弟，率领残部逃往喀什。白彦虎率领余众逃窜到开都河一带。
仅一年多时间，左宗棠就指挥西征军，攻克了被外寇侵占的南疆八城，收复了除伊犁以外的新疆领土。事毕，左宗棠上表申奏朝廷，光绪帝和慈禧太后嘉其功，诏封二等侯爵。新疆各地也于大小村镇建立左公祠，烧香礼拜。
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