當時正值太平天國運動和同治陝甘回變, 新疆被俄羅斯佔領。
清朝皇帝多次派人前往收回腹地，可是一直攻打不下.
名滿天下的林則徐對左宗棠十分器重，兩人曾在長沙徹夜長談，對治理國家的根本大計，特別是關於西北軍政的見解不謀而合。林則徐認定"西定新疆"，非君不能成也，特地將自己在新疆整理的寶貴資料全部交付給左宗棠。後來，林則徐還多次與人談起這次會見，極口稱讚左宗棠是"非凡之才"、"絕世奇才"，臨終前還命次子代寫遺書，一再推薦左宗棠人才難得。
最終，左宗棠擔起了收復新疆的大任!
左宗棠用一年半的時間籌措軍餉，積草屯糧，整頓軍隊，減少冗員，增強軍隊戰鬥力。
左宗棠坐鎮肅州，命劉錦棠、金順分兵兩路，先後率師出關。他把大軍分作千人一隊，隔日進發一隊，劉錦棠走北路，金順走南路，到哈密會齊。 劉錦棠率領西征軍主力自肅州入新，至哈密行程約1700裡，很順利地進入哈密。部隊各營到達哈密後，把從肅州等地陸續運往哈密的軍糧再輾轉搬運，翻過東天山九曲險道，分運至巴里坤和古城(今奇台)。
很快，劉錦棠的前鋒部隊，已佔據了距離烏魯木齊只有不足三百里的濟木薩(今吉木薩爾縣)。
光緒三年(1877年)三月，又先後收復達板城和托克遜城。
不久，左宗棠軍又收復吐魯番，阿古柏一看通往南路的門戶打開，自知大勢已去，乃服毒自殺(一說被毒殺)。阿古柏的長子胡裡為爭權奪位殺死其弟，率領殘部逃往喀什。白彥虎率領餘眾逃竄到開都河一帶。
僅一年多時間，左宗棠就指揮西征軍，攻克了被外寇侵佔的南疆八城，收復了除伊犁以外的新疆領土。事畢，左宗棠上表申奏朝廷，光緒帝和慈禧太后嘉其功，詔封二等侯爵。新疆各地也於大小村鎮建立左公祠，燒香禮拜。
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