創辦於1919年，司徒雷登任校長，知名校友：黃華、黃昆、謝婉瑩、孫道臨等 校訓因真理，得自由，以服務(Freedom Through Truth For Service)1952年院系調整，學校民族學系、社會學系、語文系（民族語文系）、歷史系併入中央民族學院（今中央民族大學），法學院併入北京政法學院（今中國政法大學）、中國人民大學，經濟學系併入中央財經學院（今中央財經大學），其他文科、理科多併入北京大學，工學院併入清華大學，醫學系併入中國協和醫學院。校舍由北京大學接收，現在其建築仍為燕京大學古蹟。
金陵大學是美國教會1888年在中國南京創辦的私立教會大學，1928年向中華民國教育部註冊。1951年與私立金陵女子文理學院合併為公立金陵大學。教育家陶行知、諾貝爾文學獎獲得者賽珍珠、哲學家方東美、文學史家程千帆等著名校友均出自於此。在美國加利福尼亞大學對外人在華所辦大學編類中，金陵大學是教會大學中唯一的A類，持有金陵大學學位的畢業生有資格直接進入美國大學的研究生院。是當時社會評價為“中國最好的教會大學”，享有“江東之雄”、“鐘山之英”的美譽。在1952年的院系調整中，金陵大學各院系分別併入南京大學、南京農學院、南京師範學院、南京工學院等高等院校，原私立金陵大學校舍歸南京大學，原私立金陵女子文理學院校舍歸南京師範學院。 知名校友南懷瑾、陶行知、杭立武、 牟復禮等
1903年，法國天主教會在徐家彙天文臺舊址創辦震旦學院，由耶穌會獎學基金提供支持，馬相伯神父為創始校長。震旦是印度對中國舊稱，英、法文校名分別為Aurora University和Université l'Aurore。1903年2月27日，學校在一個小房間裡開學，一開始只有24名學生，所設學科有語文、象數、格物、致知四門。耶穌會的P. François Perrin任副校長，另外還有兩個學院教父協助。1952年院系調整， 校訓：從震旦到光明創辦時間：1903年2月27日知名校友：胡文耀、翁文灝、高平子、馬君武、戴望舒、徐悲鴻、何振梁等
震旦大學各院系分別歸併上海市各有關高等學校（復旦大學、上海交通大學、同濟大學等）。
之江大學是基督教美北長老會和美南長老會在中國杭州聯合創辦的一所教會大學。也是中國的十三所基督教大學之一。林漢達、金仲華、朱生豪（翻譯家）等知名人士都是之大校友。1951年，之江大學被浙江省文教廳接管，美籍教員離校回國。在1952年院系調整中解散，院系拆分至浙江師範學院、浙江大學、復旦大學等。
齊魯大學，正式校名為山東基督教共和大學。為1904年至1952年在中國山東省辦學的一所綜合性教會大學，由來自美國、英國以及加拿大的多個基督教差會聯合開辦。學校包括文科、理科、醫科、神科、社會教育科、天文科、農科等科系和國學研究所，校園面積達800畝（含醫學院）。鼎盛時號稱“華北第一學府”，與燕京大學齊名，有“南齊北燕”之稱。大陸許多知名學者如老舍先生、歷史學家顧頡剛、墨學大師欒調甫、戲劇學家馬彥祥等紛紛到此執教。1952年，齊魯大學在院校調整中被撤銷，原校址為今山東大學趵突泉校區。其各學科分別被併入山東大學、山東師範大學、山東農業大學、中國藥科大學、南京大學等高校。 校訓：爾將識真理，真理必釋爾（約翰福音8:32）創辦時間：1864年知名校友:老舍、錢穆、顧頡剛等:
校訓:Light＆Truth（光與真理）；學而不思則罔，思而不學則殆創辦時間:1879年
聖約翰大學是19世紀末到20世紀初中葉，美國聖公會在中國上海創辦的一所享有盛譽的高等教育學府，是在華辦學時間最長的一所教會學校，被稱為“東方哈佛”。她是中國首個全英語授課的大學，以“光與真理”為校訓。上海聖約翰大學前身是創建於1879年的聖約翰書院，1905年升格為聖約翰大學，是中國近代最著名的大學之一，也是在華辦學時間最長的一所教會學校。1952年院系調整中，被分拆至上海各大名校後解散，原校址分給華東政法大學。該校培育了林語堂、張愛玲、鄒韜奮、顧維鈞、宋子文、榮毅仁、劉鴻生、貝聿銘、施肇基等一大批影響中國歷史的傑出人物。該校解散以後，上海聖約翰大學校董會主席歐偉國會同廣州嶺南大學校長李應林和香港教會團體，合併包括上海聖約翰大學在內的中國大陸原13所著名基督教大學，創立崇基學院；崇基學院於1963年被併入“香港中文大學
嶺南大學是在美國美北長老會海外差會同意下，1888年於中國廣州創立的一所不隸屬於任何教派的基督教大學。前身為格致書院，開創了中國華僑教育的先河。1952年的中國院系調整中，與原國立中山大學合併組成中山大學，中山大學主校區遷至原嶺南大學康樂園校址。1967年“嶺南教育擴展會”於香港以嶺南書院名義覆校，並在1999年複稱嶺南大學。 校訓:作育英才，服務社會創辦時間:1888年知名校友:梁羽生、陳少白、史堅如等
除此之外還有 東吳大學（蘇州大學前身）、滬江大學（併入復旦大學）、之江大學（併入浙江大學）、福建協和大學（福建師範大學）、長沙雅禮大學（併入湖南大學）、湖北文華大學（華中師範大學前身）、華西協和大學（四川大學華西醫學中心）等
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